Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6NWA	0524	2024-02-20	2019-02-06	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137509	12666	96	0	771	0	0	logfile
✘	6NR3	0488	2024-02-19	2019-01-22	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25180	3232	8	0	196	0	0	logfile
✘	6Qi8	4552	2024-02-16	2019-01-18	3.75	3.92	—	10.4	0.004	0.91	0.0	0.05	16.35	0.01	1.999	4.27	0.19	5.5	94.5	0.0	-5.84	0.17	0.02	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14789	1907	12	0	6	0	0	logfile
✘	6J6Q	0692	2024-02-19	2019-01-15	3.7	3.85	—	3.7	0.008	0.99	0.0	0.09	17.42	0.01	1.463	18.21	2.93	4.9	94.2	0.9	-3.65	0.62	0.66	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80535	9167	50	549	15	0	0	logfile
✘	6J6H	0687	2024-02-19	2019-01-15	3.6	3.74	—	3.6	0.008	0.97	2.0	0.09	17.34	0.01	1.805	16.37	2.68	4.4	95.1	0.5	-3.20	0.62	0.67	1.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76847	8644	47	551	14	0	0	logfile
✘	6J6G	0686	2024-02-19	2019-01-15	3.2	3.37	—	3.2	0.007	0.94	0.0	0.09	17.09	0.01	1.903	15.53	3.03	4.6	94.9	0.5	-3.38	0.67	0.71	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79042	8981	47	550	14	0	0	logfile
✘	6J6N	0691	2024-02-19	2019-01-15	3.86	3.99	—	3.8	0.008	1.02	1.0	0.09	17.31	0.01	1.820	15.60	2.51	5.1	94.2	0.8	-3.41	0.60	0.63	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	78937	8982	47	544	14	0	0	logfile
✘	6QD8	4521	2024-02-16	2019-01-01	3.3	3.57	3.46	3.5	0.015	1.67	0.0	0.08	16.53	0.01	2.220	5.68	3.96	6.7	92.8	0.5	-2.00	0.62	0.70	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14154	1785	18	0	39	0	0	logfile
✘	6QCM	4508	2024-02-13	2018-12-28	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6NEF	9357	2024-02-21	2018-12-17	3.4	3.55	—	3.5	0.021	1.83	0.0	0.07	16.56	0.01	1.696	41.21	0.04	24.1	72.2	3.7	-6.35	0.42	0.36	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29457	3663	9	0	63	0	0	logfile
✘	6NC3	0434	2024-02-23	2018-12-10	4.5	5.02	4.53	4.5	0.020	1.83	0.0	0.11	16.39	0.01	2.381	0.92	0.15	3.1	96.5	0.4	0.08	0.77	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38904	4686	72	0	162	0	0	logfile
✘	6NB6	0403	2024-02-19	2018-12-06	4.2	4.51	—	4.3	0.017	1.50	4.0	0.11	19.89	0.01	2.264	1.21	0.42	3.3	96.4	0.2	0.22	0.81	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25783	3599	48	0	149	0	0	logfile
✘	6N7S	0362	2024-02-15	2018-11-28	4.6	4.47	—	4.4	0.008	1.20	0.0	0.07	14.87	0.01	1.812	8.33	1.04	12.5	87.5	0.0	-5.07	0.69	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12783	1607	11	13	8	0	0	logfile
✘	6N7R	0361	2024-02-22	2018-11-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35750	2908	19	568	91	0	0	logfile
✘	6i7T	4428	2024-02-23	2018-11-17	4.61	4.75	4.92	4.6	0.006	1.17	6.0	0.07	13.63	0.01	2.245	7.08	2.54	12.0	87.5	0.4	-4.32	0.74	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37004	4682	16	0	0	0	0	logfile
✘	6i52	4410	2024-02-13	2018-11-12	4.7	4.78	—	8.9	0.002	0.57	0.0	0.04	16.56	0.00	2.303	10.11	5.70	11.6	87.5	0.9	-4.07	0.73	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3856	432	4	20	0	0	0	logfile
✘	6N1i	8903	2024-02-15	2018-11-08	3.58	3.63	—	3.6	0.009	1.13	0.0	0.06	9.87	0.01	1.147	27.10	0.00	2.4	97.6	0.0	-6.04	0.42	0.58	0.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11136	1360	16	0	0	0	0	logfile
✘	6N0G	9315	2024-02-13	2018-11-07	3.6	3.75	—	3.7	0.008	0.87	0.0	0.06	8.90	0.01	2.232	6.43	0.18	2.7	97.3	0.0	-3.39	0.81	0.85	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55644	7545	57	0	0	0	0	logfile
✘	6ioL	9696	2024-02-25	2018-10-30	3.76	3.62	3.77	3.8	0.005	0.97	0.0	0.06	10.77	0.01	2.201	5.12	0.33	5.6	94.4	0.0	-4.06	0.63	0.80	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49077	6450	12	0	0	0	0	logfile
✘	6HWH	0289	2024-02-24	2018-10-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40632	4916	40	0	420	0	0	logfile

• ← previous
• Page 40 of 46
• next →