Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6HWH	0289	2024-02-24	2018-10-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40632	4916	40	0	420	0	0	logfile
✘	6MPH	9189	2024-02-21	2018-10-06	3.8	4.28	—	3.9	0.007	0.93	0.0	0.06	18.40	0.01	2.286	6.16	6.01	5.3	94.6	0.2	-3.46	0.84	0.85	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32092	3843	72	0	155	0	0	logfile
✘	6MN7	9166	2024-02-18	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	17.86	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	6HRA	0257	2024-02-15	2018-09-26	3.7	3.89	3.68	3.8	0.007	0.93	0.0	0.05	9.85	0.01	2.227	6.64	0.18	7.4	92.6	0.0	-5.34	0.70	0.83	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10818	1450	5	0	3	0	0	logfile
✘	6MiX	9132	2024-02-24	2018-09-20	3.6	4.57	—	14.0	0.007	1.19	0.0	0.07	16.40	0.01	2.212	9.79	2.30	14.6	85.0	0.4	-5.69	-0.03	0.00	0.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43120	5348	4	0	0	0	0	logfile
✘	6iCZ	9645	2024-02-22	2018-09-07	3.0	3.12	—	3.1	0.015	1.44	14.0	0.10	15.57	0.01	1.549	8.29	1.39	5.8	93.4	0.8	-2.81	0.53	0.64	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97900	14175	58	418	19	0	0	logfile
✘	6iD1	9647	2024-02-19	2018-09-07	2.86	2.99	—	3.0	0.009	1.35	22.0	0.10	16.99	0.01	1.603	16.93	3.66	6.6	92.5	0.9	-2.72	0.61	0.64	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79882	10720	49	399	16	0	0	logfile
✘	6HiN	0225	2024-02-16	2018-08-30	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14220	1675	20	0	30	0	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2024-02-16	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	6Hio	0226	2024-02-16	2018-08-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16085	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	6AHD	9624	2024-02-20	2018-08-17	3.8	3.84	—	3.7	0.011	1.38	2.0	0.12	17.05	0.01	1.805	14.26	2.52	7.4	91.7	0.9	-3.55	0.51	0.52	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	85302	14082	65	531	3	0	0	logfile
✘	6EDU	9038	2024-02-20	2018-08-11	4.06	4.23	—	4.2	0.008	1.37	20.0	0.08	14.78	0.02	1.242	10.95	2.62	12.1	87.1	0.8	-4.56	0.72	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26271	3261	54	0	123	0	0	logfile
✘	6ACH	9592	2024-02-18	2018-07-26	3.2	3.31	—	3.3	0.016	1.36	0.0	0.07	13.31	0.01	2.261	2.79	1.03	7.2	92.8	0.0	-3.92	0.74	0.81	4.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23240	2912	16	0	8	0	0	logfile
✘	6A96	6998	2024-02-17	2018-07-11	3.51	4.46	—	4.3	0.008	1.02	0.0	0.06	16.06	0.01	2.158	6.24	0.22	7.3	92.7	0.0	-3.71	0.74	0.77	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17049	2043	19	0	44	0	0	logfile
✘	6E1P	8960	2024-02-15	2018-07-10	3.7	3.93	3.55	3.9	0.010	1.30	1.0	0.06	14.00	0.01	1.571	10.25	0.18	6.9	92.9	0.2	-5.32	0.47	0.68	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10697	1292	6	0	21	2	0	logfile
✘	6A69	6987	2024-02-13	2018-06-27	4.11	4.21	—	4.1	0.011	1.48	0.0	0.07	11.87	0.01	2.275	7.51	1.81	13.5	86.4	0.1	-4.69	0.61	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1038	2	0	1	0	0	logfile
✘	6DRA	7991	2024-02-20	2018-06-11	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile
✘	6DQS	7983	2024-02-21	2018-06-11	4.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139314	8750	8	0	8	0	69639	logfile
✘	6DQN	7981	2024-02-20	2018-06-11	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138876	8744	8	0	8	0	69396	logfile
✘	6DRC	7994	2024-02-20	2018-06-11	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138860	8744	8	0	16	0	69384	logfile

• ← previous
• Page 41 of 46
• next →