Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6DRA	7991	2024-02-20	2018-06-11	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile
✘	6DR2	7988	2024-02-20	2018-06-11	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile
✘	6DRC	7994	2024-02-20	2018-06-11	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138860	8744	8	0	16	0	69384	logfile
✘	6DQS	7983	2024-02-21	2018-06-11	4.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139314	8750	8	0	8	0	69639	logfile
✘	6DNF	7971	2024-02-16	2018-06-06	3.2	4.05	—	4.0	0.009	1.06	0.0	0.04	9.99	0.01	2.295	2.79	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.20	0.59	0.77	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14119	900	8	0	11	0	6868	logfile
✘	6DG7	7882	2024-02-16	2018-05-17	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16720	1955	29	0	40	5	0	logfile
✘	6DG8	7883	2024-02-16	2018-05-17	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16715	1955	24	0	40	0	0	logfile
✘	5ZWM	6972	2024-02-14	2018-05-16	3.4	3.37	—	3.3	0.007	1.15	10.0	0.06	15.21	0.01	1.786	18.95	0.72	5.9	93.5	0.6	-3.22	0.51	0.43	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111041	12858	61	634	8	0	0	logfile
✘	6GiQ	0004	2024-02-24	2018-05-15	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44120	5439	42	0	57	0	0	logfile
✘	6G53	4351	2024-02-25	2018-03-28	4.5	4.86	—	4.3	0.007	1.44	21.0	0.10	23.24	0.00	1.260	2.52	0.00	7.1	92.2	0.7	-2.88	0.67	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49052	5912	37	1659	0	0	0	logfile
✘	6G2H	4343	2024-02-23	2018-03-23	4.6	4.69	—	4.5	0.013	1.94	46.0	0.11	13.54	0.01	1.921	14.05	2.29	8.3	91.0	0.7	-3.04	0.79	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103896	6454	6	0	0	0	51852	logfile
✘	6CSX	7609	2024-02-19	2018-03-21	3.0	3.08	—	3.1	0.009	1.21	3.0	0.06	13.61	0.01	1.815	9.08	2.42	5.8	93.7	0.5	-5.28	0.68	0.86	3.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23232	2999	6	0	19	0	0	logfile
✘	6CT0	7610	2024-02-13	2018-03-21	3.1	3.17	—	3.2	0.010	1.57	0.0	0.07	17.75	0.01	2.273	14.28	17.87	2.7	97.3	0.0	-2.00	0.74	0.86	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105600	13740	60	0	0	0	0	logfile
✘	5ZJi	6932	2024-02-24	2018-03-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44708	4087	40	0	271	0	0	logfile
✘	6CNN	7538	2024-02-16	2018-03-08	3.5	3.63	—	3.6	0.008	1.07	0.0	0.05	12.90	0.01	2.016	1.24	0.00	4.0	96.0	0.0	-4.29	0.66	0.83	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15740	2024	16	0	28	0	0	logfile
✘	6CNB	7530	2024-02-25	2018-03-08	4.1	4.34	—	4.2	0.007	1.15	2.0	0.06	14.17	0.01	1.836	32.34	0.60	17.4	81.2	1.4	-5.08	0.73	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47837	5695	27	112	69	0	0	logfile
✘	5ZGB	6929	2024-02-22	2018-03-08	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35011	3102	31	0	215	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2024-02-18	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.93	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	5ZCS	6913	2024-02-25	2018-02-20	4.9	5.50	—	6.9	0.003	0.77	0.0	0.05	9.66	0.01	2.281	3.31	0.05	5.6	94.3	0.1	-5.28	0.85	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49176	6644	8	0	278	0	0	logfile
✘	5Z58	6891	2024-02-21	2018-01-17	4.9	5.11	—	4.8	0.011	1.48	31.0	0.10	16.33	0.01	1.766	28.14	4.95	6.4	92.4	1.2	-2.65	0.58	0.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94673	12915	51	390	12	0	0	logfile

• ← previous
• Page 42 of 46
• next →