cryo-EM Re-Refine

Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	5YZG	6864	2024-02-23	2017-12-14	4.1	4.23	4.20	4.1	0.016	1.80	42.0	0.12	17.73	0.01	1.129	26.62	8.31	4.8	93.5	1.7	-1.79	0.57	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103906	15211	63	408	19	0	logfile
✘	6BPZ	7128	2024-02-18	2017-11-27	3.8	3.99	—	3.8	0.010	1.55	0.0	0.08	11.48	0.01	2.260	3.97	0.14	7.9	91.8	0.2	-4.66	0.55	0.66	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21453	2523	3	0	177	0	logfile
✘	6BNP	7116	2024-02-13	2017-11-17	4.6	4.61	3.78	4.4	0.015	2.10	24.0	0.11	16.18	0.02	1.814	0.55	1.80	8.3	90.3	1.3	-3.94	0.48	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56792	7160	22	0	16	0	logfile
✘	5YLZ	6839	2024-02-19	2017-10-20	3.6	3.71	—	3.7	0.013	1.68	60.0	0.11	17.76	0.01	1.581	22.37	4.17	11.6	86.4	2.0	-4.62	0.55	0.59	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76247	9095	49	373	14	0	logfile
✘	5YKG	6833	2024-02-25	2017-10-14	4.57	4.68	4.39	4.4	0.005	0.71	4.0	0.04	13.81	0.01	2.245	13.33	7.90	4.2	95.6	0.1	-2.42	0.73	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50868	6536	16	0	12	0	logfile
✘	6BAJ	7074	2024-02-19	2017-10-13	3.2	3.67	—	3.6	0.008	1.40	0.0	0.06	16.65	0.01	2.131	6.76	1.74	6.6	93.0	0.4	-4.66	0.60	0.79	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24318	3042	7	0	42	1	logfile
✘	6EoJ	3908	2024-02-15	2017-10-09	3.55	3.58	3.51	3.6	0.007	1.33	7.0	0.09	16.65	0.00	2.526	9.73	4.80	10.1	88.2	1.7	-3.75	0.59	0.78	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13688	1710	4	0	7	0	logfile
✘	5BK4	9400	2024-02-14	2017-09-12	3.9	4.14	—	4.1	0.008	1.24	0.0	0.06	14.59	0.01	2.234	5.12	1.24	12.2	87.6	0.2	-4.81	0.81	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62482	7636	22	120	8	0	logfile
✘	5Y88	6817	2024-02-18	2017-08-20	3.46	3.56	—	3.5	0.011	1.45	25.0	0.11	17.41	0.01	1.112	25.56	5.35	6.2	92.6	1.2	-2.93	0.54	0.64	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72347	9113	50	337	14	0	logfile
✘	5oQJ	3846	2024-02-15	2017-08-11	4.7	4.68	—	4.2	0.007	0.54	0.0	0.04	12.58	0.00	1.336	7.82	0.30	6.5	92.3	1.2	-3.41	0.70	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62931	7649	43	148	557	0	logfile
✘	5ooM	3843	2024-02-21	2017-08-08	3.03	5.11	3.03	4.9	0.016	1.29	1.0	0.07	18.01	0.01	1.296	6.33	0.94	5.4	94.5	0.1	-3.55	0.77	0.61	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	90739	8105	61	1148	80	0	logfile
✘	5WP6	8871	2024-02-20	2017-08-03	3.8	4.03	—	3.8	0.062	4.81	0.0	0.06	10.88	0.01	2.083	3.10	0.30	6.7	93.3	0.0	-3.61	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29036	3908	8	0	8	0	logfile
✘	5oJQ	3566	2024-02-14	2017-07-22	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113346	14364	54	0	0	0	logfile
✘	5W9o	8790	2024-02-22	2017-06-23	4.5	4.59	4.45	4.5	0.013	1.66	0.0	0.08	10.49	0.01	1.325	7.98	0.08	3.9	95.4	0.7	1.29	0.73	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	logfile
✘	5W9J	8785	2024-02-22	2017-06-23	4.8	4.91	5.09	4.7	0.013	1.57	0.0	0.07	11.98	0.02	1.881	5.79	0.90	4.0	94.8	1.2	0.53	0.78	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	logfile
✘	5XTH	6775	2024-02-14	2017-06-19	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115642	14193	113	0	63	0	logfile
✘	5XNM	6742	2024-02-21	2017-05-23	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92842	8712	90	0	486	0	logfile
✘	5XNL	6741	2024-02-22	2017-05-23	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98986	9364	136	0	490	1076	logfile
✘	5XJC	6721	2024-02-15	2017-04-30	3.6	3.69	3.82	3.6	0.013	1.58	25.0	0.10	17.96	0.01	1.113	24.22	8.13	4.9	93.3	1.8	-1.84	0.46	0.53	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	116421	14184	59	405	24	0	logfile
✘	5NUG	3698	2024-02-24	2017-04-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46232	5840	4	0	10	0	logfile