cryo-EM Re-Refine

Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# H	Logfile
✘	5Go9	9528	2024-02-23	2016-07-26	4.4	4.59	—	4.4	0.020	1.79	36.0	0.11	12.27	0.01	2.185	7.55	0.88	8.7	90.7	0.6	-4.90	0.78	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105068	13692	8	0	4	0	logfile
✘	5GoA	9529	2024-02-23	2016-07-26	4.2	4.52	—	4.2	0.022	1.86	60.0	0.12	12.40	0.01	1.505	7.29	1.03	8.5	90.9	0.7	-4.96	0.81	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105072	13692	8	0	4	0	logfile
✘	5LJV	4062	2024-02-16	2016-07-21	3.64	3.75	—	3.7	0.030	2.85	85.0	0.16	18.81	0.02	2.070	21.28	11.82	7.4	89.7	2.9	-4.53	0.71	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15000	1950	12	0	12	0	logfile
✘	5GMK	9525	2024-02-18	2016-07-14	3.4	3.52	—	3.5	0.012	1.25	16.0	0.07	16.17	0.01	1.378	19.35	2.77	7.7	91.2	1.0	-3.71	0.47	0.53	1.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75273	8026	51	404	981	0	logfile
✘	5Lii	4053	2024-02-13	2016-07-14	3.8	2.99	—	3.9	0.015	2.41	6.0	0.14	12.69	0.01	1.855	42.83	1.41	16.9	81.9	1.2	-6.10	0.55	0.70	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3098	433	1	0	0	0	logfile
✘	5GM6	9524	2024-02-14	2016-07-12	3.5	3.61	—	3.6	0.012	1.33	11.0	0.08	15.15	0.01	1.303	18.95	3.36	6.6	92.1	1.2	-3.54	0.58	0.83	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112064	12796	55	361	881	0	logfile
✘	5GKY	9518	2024-02-14	2016-07-07	3.8	4.18	—	4.0	0.017	1.70	19.0	0.10	11.29	0.01	1.789	19.04	0.51	5.8	91.8	2.5	-2.71	0.73	0.79	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111036	15068	12	0	4	0	logfile
✘	5GL0	9520	2024-02-14	2016-07-07	4.2	4.40	—	4.2	0.018	1.72	17.0	0.10	11.34	0.01	1.957	21.25	0.51	6.5	90.6	2.9	-2.58	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	logfile
✘	5GKZ	9519	2024-02-14	2016-07-07	4.0	4.10	—	4.0	0.019	1.71	36.0	0.11	11.29	0.01	1.755	15.04	0.51	6.5	91.2	2.3	-2.89	0.72	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	logfile
✘	5GJW	9515	2024-02-18	2016-07-02	3.9	4.02	—	4.0	0.012	1.51	20.0	0.08	12.66	0.01	1.844	12.82	1.50	12.8	85.5	1.7	-5.28	0.55	0.80	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21561	2676	14	0	29	0	logfile
✘	5GJV	9513	2024-02-18	2016-07-02	3.6	3.69	—	3.7	0.013	1.62	32.0	0.08	15.74	0.01	1.695	18.01	4.57	11.6	86.4	2.0	-5.08	0.54	0.79	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21904	2661	14	0	43	0	logfile
✘	5GJR	9512	2024-02-22	2016-07-01	3.5	3.65	—	3.5	0.013	1.53	38.0	0.08	16.77	0.01	1.114	63.72	11.56	13.2	81.8	5.0	-4.66	0.71	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142753	19945	76	0	12	0	logfile
✘	5GJQ	9511	2024-02-22	2016-07-01	4.35	4.02	—	3.8	0.016	1.83	29.0	0.09	16.70	0.01	1.073	47.82	10.02	11.3	84.5	4.2	-4.17	0.79	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98461	13520	54	0	6	0	logfile
✘	3JC7	6536	2024-02-23	2015-11-24	4.8	5.23	—	4.8	0.009	1.57	7.0	0.07	12.16	0.01	0.163	42.92	0.45	8.5	90.1	1.3	-4.10	0.75	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40298	5075	12	0	1	0	logfile
✘	3JC6	6534	2024-02-19	2015-11-24	3.7	4.01	—	3.9	0.009	1.54	0.0	0.06	12.91	0.01	1.203	39.73	0.87	9.8	89.0	1.1	-3.87	0.79	0.76	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23732	2953	12	0	1	0	logfile
✘	3JC5	6535	2024-02-23	2015-11-24	4.7	5.02	—	4.8	0.009	1.54	5.0	0.06	12.17	0.01	0.300	46.29	0.63	9.4	88.9	1.7	-4.21	0.76	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40041	5039	11	0	0	0	logfile
✘	3JBW	6489	2024-02-23	2015-10-21	4.6	4.71	—	4.6	0.013	1.70	1.0	0.08	21.90	0.01	1.977	22.69	4.88	5.6	93.6	0.9	-3.37	0.75	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19997	1946	12	222	2	0	logfile
✘	3JB9	6413	2024-02-20	2015-08-09	3.6	3.70	—	3.6	0.010	1.29	13.0	0.07	18.14	0.01	1.253	18.05	8.06	9.1	87.9	3.0	-3.97	0.52	0.51	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	86551	9194	50	328	1328	0	logfile
✘	5A7U	3079	2024-02-13	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	1	0	1	231	logfile
✘	3JAF	6346	2024-02-16	2015-06-08	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13865	1710	15	0	15	0	logfile