cryo-EM Re-Refine

Table showing results for March 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8HKV	34861	2024-03-21	2022-11-28	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL3	34868	2024-03-10	2022-11-28	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HKU	34860	2024-03-10	2022-11-28	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL1	34866	2024-03-10	2022-11-28	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL2	34867	2024-03-10	2022-11-28	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8F7X	28912	2024-03-11	2022-11-20	3.28	3.38	3.18	3.4	0.004	0.88	0.0	0.05	8.64	0.01	2.274	2.87	0.10	2.1	97.9	0.0	0.54	0.59	0.78	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8902	1145	6	0	0	0	0	logfile
✘	8HiJ	34818	2024-03-11	2022-11-20	3.54	2.56	3.51	3.0	0.004	0.72	1.0	0.05	9.92	0.01	2.315	3.83	0.00	5.2	94.8	0.0	-3.81	0.69	0.69	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8245	1055	5	0	1	0	0	logfile
✘	8Hii	34817	2024-03-11	2022-11-20	3.57	2.49	3.54	3.0	0.004	0.80	0.0	0.05	9.45	0.01	2.260	3.48	0.00	5.4	94.6	0.0	-3.43	0.72	0.70	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8212	1055	4	0	0	0	0	logfile
✘	8F6T	28890	2024-03-10	2022-11-17	2.76	3.61	2.91	3.4	0.004	0.63	0.0	0.04	12.87	0.00	2.119	4.79	0.00	5.4	94.6	0.0	0.80	0.65	0.86	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3473	428	1	0	4	0	0	logfile
✘	8F6P	28887	2024-03-17	2022-11-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17507	1091	4	0	34	0	8229	logfile
✘	8F68	28877	2024-03-14	2022-11-16	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9666	1198	6	0	6	0	0	logfile
✘	8BPB	16148	2024-03-11	2022-11-16	2.8	2.48	3.00	2.8	0.004	0.61	0.0	0.04	17.77	0.00	1.755	8.92	2.96	2.5	97.5	0.0	0.64	0.74	0.80	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8384	1030	7	0	6	12	0	logfile
✘	8HH6	34753	2024-03-19	2022-11-16	2.9	3.16	3.03	3.1	0.003	0.58	0.0	0.04	13.71	0.00	2.002	5.07	0.00	2.3	97.7	0.0	1.53	0.80	0.89	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24277	3129	13	0	13	0	0	logfile
✘	8F6C	28879	2024-03-17	2022-11-16	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19344	2396	12	0	12	0	0	logfile
✘	8F6E	28881	2024-03-15	2022-11-16	3.8	4.02	3.70	4.0	0.003	0.55	0.0	0.04	13.52	0.00	2.060	5.75	0.00	5.4	94.2	0.4	-0.77	0.72	0.75	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10478	1366	8	0	8	0	0	logfile
✘	8BoB	16140	2024-03-15	2022-11-15	2.94	3.13	2.90	3.0	0.009	0.87	0.0	0.06	15.31	0.00	2.208	10.38	3.17	4.2	95.5	0.3	-1.98	0.85	0.84	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12712	1604	8	0	4	0	0	logfile
✘	8HG5	34735	2024-03-11	2022-11-13	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	627	6	0	64	0	0	logfile
✘	8HG6	34736	2024-03-11	2022-11-13	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7259	593	6	0	60	0	0	logfile
✘	8HG3	34733	2024-03-11	2022-11-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7456	604	6	0	62	0	0	logfile
✘	8BLP	16112	2024-03-14	2022-11-10	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9378	1065	9	0	66	66	0	logfile