cryo-EM Re-Refine

Table showing results for March 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8E9H	27964	2024-03-23	2022-08-26	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36670	5058	22	0	14	0	0	logfile
✘	8E9i	27965	2024-03-23	2022-08-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35471	5048	22	0	14	0	0	logfile
✘	8E9G	27963	2024-03-23	2022-08-26	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35941	5051	22	0	15	0	0	logfile
✘	8E9B	27962	2024-03-24	2022-08-26	3.5	3.16	3.52	3.4	0.004	0.71	1.0	0.05	15.39	0.01	2.023	10.91	0.24	5.2	94.7	0.1	0.07	0.74	0.77	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39160	4933	25	0	20	0	0	logfile
✘	8E97	27958	2024-03-18	2022-08-26	4.19	3.55	4.21	3.4	0.007	1.06	6.0	0.07	14.17	0.01	1.822	12.52	1.35	13.4	85.9	0.7	-5.58	0.60	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20374	3074	10	0	15	0	0	logfile
✘	8AUV	15674	2024-03-16	2022-08-25	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	131912	4773	72	1638	130	2372	56307	logfile
✘	8E7S	27940	2024-03-12	2022-08-24	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62847	7618	64	0	63	0	0	logfile
✘	8Go3	34171	2024-03-14	2022-08-24	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9739	1203	6	0	6	0	0	logfile
✘	8E6W	27928	2024-03-18	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	8E70	27932	2024-03-18	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	8ASP	15621	2024-03-19	2022-08-20	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24596	2230	20	0	134	0	0	logfile
✘	8ASL	15618	2024-03-22	2022-08-19	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32739	3198	29	0	145	0	0	logfile
✘	7YVU	34138	2024-03-14	2022-08-19	3.2	2.47	3.22	2.2	0.004	0.64	0.0	0.05	14.81	0.01	2.103	6.82	0.29	5.5	94.0	0.5	-0.60	0.76	0.80	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6456	791	4	0	4	0	0	logfile
✘	8E4L	27891	2024-03-11	2022-08-18	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54556	3592	8	0	16	0	26580	logfile
✘	7YUD	34104	2024-03-11	2022-08-17	2.98	3.24	3.03	3.3	0.008	0.95	0.0	0.06	13.24	0.01	2.303	2.09	0.00	4.9	95.1	0.0	-0.42	0.62	0.78	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8441	1105	6	0	1	0	0	logfile
✘	7YUH	34107	2024-03-15	2022-08-17	3.7	3.99	3.78	3.8	0.010	1.18	0.0	0.07	10.78	0.01	2.253	6.61	0.15	10.9	88.9	0.1	-4.68	0.80	0.77	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12432	1596	3	0	0	0	0	logfile
✘	7YS6	34073	2024-03-11	2022-08-11	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8794	1129	6	0	1	0	0	logfile
✘	7YRQ	34064	2024-03-14	2022-08-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9812	1247	4	0	2	0	0	logfile
✘	8APD	15566	2024-03-16	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	8APC	15565	2024-03-16	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	59	0	36	0	62392	logfile