Table showing results for March 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8AJL	15482	2024-03-26	2022-07-28	2.77	3.00	2.84	3.0	0.006	0.73	0.0	0.05	12.92	0.01	1.956	1.79	0.03	4.7	95.3	0.0	-0.64	0.47	0.65	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51875	3327	15	0	63	0	25130	logfile
✘	8DUL	27722	2024-03-16	2022-07-27	4.17	4.34	4.24	4.7	0.005	1.04	0.0	0.07	13.09	0.02	2.317	6.11	0.06	5.3	94.7	0.0	-2.03	0.56	0.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14203	1802	15	0	10	0	0	logfile
✘	8DTB	27695	2024-03-16	2022-07-25	3.14	3.27	3.11	3.2	0.003	0.62	0.0	0.04	18.08	0.00	2.175	9.05	0.99	1.9	98.1	0.0	1.18	0.66	0.74	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13724	1765	9	0	7	0	0	logfile
✘	8DRK	27677	2024-03-17	2022-07-21	2.95	3.45	3.10	3.4	0.006	0.84	0.0	0.05	19.55	0.01	2.212	5.78	0.28	2.0	98.0	0.0	0.83	0.62	0.81	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16443	1901	18	0	21	6	0	logfile
✘	8AGZ	15428	2024-03-27	2022-07-20	2.6	3.24	2.62	2.6	0.006	0.91	7.0	0.05	21.69	0.01	1.172	5.43	1.49	3.7	96.2	0.1	-0.39	0.92	0.89	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	151339	9427	69	3640	41	0	0	logfile
✘	8AG4	15415	2024-03-15	2022-07-19	2.46	2.04	2.48	1.7	0.003	0.49	0.0	0.04	13.59	0.00	2.170	5.34	0.00	3.9	96.1	0.0	0.77	0.82	0.83	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11155	1384	4	0	0	0	0	logfile
✘	8DQ1	27646	2024-03-18	2022-07-18	4.1	3.85	3.29	3.9	0.011	1.10	3.0	0.06	19.21	0.01	2.082	14.69	0.87	5.7	94.3	0.0	-1.40	0.44	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17754	1075	8	36	2	0	8343	logfile
✘	8DQ0	27645	2024-03-18	2022-07-18	3.74	3.61	3.79	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	16.04	0.01	2.203	6.20	1.20	4.9	95.1	0.0	-1.54	0.53	0.72	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17129	1075	6	0	2	0	8445	logfile
✘	8DPN	27639	2024-03-17	2022-07-15	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16067	1998	12	0	8	40	0	logfile
✘	8Do3	27589	2024-03-10	2022-07-12	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4185	534	3	0	1	0	0	logfile
✘	8DNC	27563	2024-03-15	2022-07-11	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10672	1300	6	0	5	0	0	logfile
✘	8ADW	15372	2024-03-11	2022-07-11	2.95	2.93	2.87	3.0	0.009	1.46	0.0	0.07	22.42	0.01	2.469	8.01	23.33	7.7	92.3	0.0	-4.02	0.51	0.80	4.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6920	990	10	0	0	0	0	logfile
✘	8DMM	27544	2024-03-14	2022-07-08	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9314	1152	4	0	4	0	0	logfile
✘	7YFC	33785	2024-03-14	2022-07-08	3.0	3.40	3.05	3.4	0.005	0.66	0.0	0.04	18.01	0.00	2.198	5.98	0.09	2.5	97.5	0.0	1.05	0.65	0.82	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9882	1262	7	0	2	0	0	logfile
✘	8AD1	15357	2024-03-20	2022-07-07	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28169	3403	9	71	3	0	0	logfile
✘	8DL7	27498	2024-03-11	2022-07-07	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6586	909	6	0	4	1	0	logfile
✘	8DKU	27491	2024-03-15	2022-07-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10644	1300	5	0	3	0	0	logfile
✘	8AC0	15329	2024-03-20	2022-07-05	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27948	3188	9	143	3	0	0	logfile
✘	8AC2	15331	2024-03-19	2022-07-05	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25611	3184	8	36	3	0	0	logfile
✘	8ABZ	15328	2024-03-20	2022-07-05	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25739	3166	9	47	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 17 of 60
• next →