cryo-EM Re-Refine

Table showing results for March 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	7YDQ	33756	2024-03-10	2022-07-04	4.04	4.32	4.02	4.4	0.006	0.83	0.0	0.04	17.50	0.01	2.262	10.34	0.57	3.2	96.8	0.0	1.21	0.46	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4778	598	1	0	1	0	logfile
✘	8DK5	27483	2024-03-16	2022-07-02	2.71	3.29	2.87	3.2	0.011	1.11	3.0	0.07	27.41	0.01	2.088	9.15	0.39	4.6	95.3	0.2	-0.97	0.74	0.79	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15618	1210	12	298	0	0	logfile
✘	7YCA	33737	2024-03-12	2022-07-01	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64832	5632	60	0	450	4	logfile
✘	8DJM	27461	2024-03-11	2022-07-01	3.23	3.66	3.31	3.6	0.029	1.53	2.0	1.04	32.65	0.00	1.844	8.23	0.82	3.7	96.3	0.0	-2.26	0.49	0.75	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7032	862	7	0	8	0	logfile
✘	8DJK	27460	2024-03-11	2022-06-30	3.33	3.77	3.32	3.7	0.029	1.52	1.0	1.03	32.03	0.01	1.327	7.25	0.82	5.0	95.0	0.0	-1.84	0.48	0.73	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7091	870	7	0	8	0	logfile
✘	7YAE	33710	2024-03-14	2022-06-28	3.37	3.61	3.35	3.7	0.005	0.74	1.0	0.05	14.62	0.00	2.207	12.85	0.92	5.2	94.8	0.0	-0.26	0.58	0.64	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9031	1146	7	0	4	0	logfile
✘	8A94	15269	2024-03-21	2022-06-27	2.4	2.82	2.71	2.7	0.007	1.10	1.0	0.07	14.51	0.01	2.046	6.57	0.66	5.3	94.7	0.1	-0.60	0.67	0.57	0.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30862	3864	19	0	57	0	logfile
✘	8DH6	27430	2024-03-15	2022-06-25	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12901	1560	16	0	17	0	logfile
✘	7Y8T	33685	2024-03-17	2022-06-24	2.9	3.12	2.98	3.1	0.004	0.63	1.0	0.04	16.97	0.00	2.218	4.76	1.21	6.0	93.8	0.2	-0.46	0.74	0.85	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16754	1978	4	37	4	0	logfile
✘	8DGC	27421	2024-03-17	2022-06-23	3.4	3.02	3.70	3.0	0.006	0.96	2.0	0.05	13.97	0.01	1.993	1.47	0.14	1.9	98.1	0.0	-0.33	0.51	0.52	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81600	10216	16	0	16	0	logfile
✘	7Y8A	33683	2024-03-10	2022-06-23	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53404	4518	49	0	502	0	logfile
✘	7Y89	33682	2024-03-11	2022-06-23	3.02	3.56	3.18	3.4	0.007	0.76	0.0	0.05	14.49	0.00	2.092	11.46	1.29	8.2	91.5	0.4	-1.39	0.69	0.85	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8641	1110	5	0	0	0	logfile
✘	7Y7D	33661	2024-03-20	2022-06-22	2.58	2.12	2.57	2.5	0.010	0.77	0.0	0.05	22.54	0.02	1.795	7.63	0.00	4.0	95.9	0.1	-0.60	0.52	0.76	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141917	5591	63	4557	260	0	logfile
✘	7Y7B	33659	2024-03-11	2022-06-22	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60515	5082	55	0	562	0	logfile
✘	8DFC	27404	2024-03-18	2022-06-21	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20713	2548	18	0	15	483	logfile
✘	7Y75	33652	2024-03-19	2022-06-21	3.1	3.35	3.04	3.3	0.008	0.80	0.0	0.05	16.44	0.00	1.927	10.11	4.43	7.1	92.7	0.2	-2.95	0.75	0.86	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25186	3042	26	0	46	0	logfile
✘	7Y6i	33641	2024-03-11	2022-06-20	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8176	938	8	0	37	6	logfile
✘	8DDU	27342	2024-03-22	2022-06-19	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32230	3872	12	0	82	0	logfile
✘	8A6T	15212	2024-03-18	2022-06-19	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21132	2704	12	0	28	0	logfile
✘	8DDV	27343	2024-03-22	2022-06-19	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32230	3872	12	0	82	0	logfile