cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8FE1	29019	2024-04-09	2022-12-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15445	1772	10	0	48	0	0	logfile
✘	8FDU	29014	2024-04-08	2022-12-04	3.3	3.75	3.30	3.6	0.005	0.83	0.0	0.05	13.46	0.00	2.212	12.19	0.21	4.1	95.9	0.1	-0.29	0.66	0.78	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13193	1633	4	0	2	0	0	logfile
✘	8BVH	16264	2024-04-16	2022-12-03	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38135	2256	23	41	8	0	18879	logfile
✘	8FD6	29003	2024-04-11	2022-12-02	2.9	3.18	2.95	3.2	0.007	0.74	0.0	0.05	14.43	0.00	1.835	8.75	0.16	3.8	96.2	0.0	0.39	0.64	0.73	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22170	2747	1	0	6	0	0	logfile
✘	8HLV	34883	2024-04-09	2022-12-01	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8136	669	6	0	57	0	0	logfile
✘	8FCQ	28990	2024-04-16	2022-12-01	3.93	4.35	4.09	4.2	0.011	0.85	0.0	0.06	12.29	0.00	2.387	1.15	0.03	1.7	98.2	0.1	0.31	0.69	0.55	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36904	4667	13	0	12	0	0	logfile
✘	8FCo	28988	2024-04-16	2022-12-01	3.31	3.69	3.60	3.7	0.011	0.89	0.0	0.06	12.14	0.00	2.358	1.13	0.00	1.7	98.3	0.1	0.37	0.67	0.66	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39569	4999	14	0	12	0	0	logfile
✘	8FCL	28982	2024-04-16	2022-12-01	3.51	3.89	3.72	3.9	0.011	0.87	0.0	0.06	12.28	0.00	2.300	0.67	0.10	1.8	98.2	0.0	0.35	0.67	0.63	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36904	4667	13	0	12	0	0	logfile
✘	8FCA	28978	2024-04-15	2022-12-01	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35936	2400	8	0	8	0	17476	logfile
✘	8FC8	28976	2024-04-16	2022-12-01	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39152	2468	8	0	8	0	19384	logfile
✘	8FCN	28987	2024-04-15	2022-12-01	2.95	3.93	4.11	3.5	0.010	0.82	0.0	0.06	12.73	0.00	2.403	0.65	0.11	1.2	98.7	0.1	0.17	0.76	0.64	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35034	4446	18	0	12	0	0	logfile
✘	8FCM	28983	2024-04-16	2022-12-01	3.27	3.63	—	3.7	0.011	0.85	0.0	0.06	12.28	0.00	2.381	1.16	0.00	1.8	98.1	0.2	0.39	0.69	0.67	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36829	4658	13	0	12	0	0	logfile
✘	8HLA	34859	2024-04-10	2022-11-29	2.81	2.68	2.73	2.8	0.011	0.96	0.0	0.06	14.25	0.01	2.027	19.94	0.09	8.2	91.7	0.1	-2.33	0.62	0.83	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20868	2580	20	0	12	0	0	logfile
✘	8HKU	34860	2024-04-05	2022-11-28	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL4	34869	2024-04-05	2022-11-28	4.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL2	34867	2024-04-05	2022-11-28	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL3	34868	2024-04-05	2022-11-28	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HKX	34862	2024-04-06	2022-11-28	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL1	34866	2024-04-05	2022-11-28	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HKV	34861	2024-04-15	2022-11-28	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile