Table showing results for April 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8J8K	36072	2024-04-06	2023-05-01	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6489	855	6	0	3	0	0	logfile
✘	8So3	40646	2024-04-09	2023-04-28	3.61	3.84	3.58	3.8	0.005	0.85	1.0	0.05	13.96	0.01	1.803	10.38	0.68	6.5	93.4	0.2	-1.49	0.73	0.72	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16718	1205	8	0	4	0	7947	logfile
✘	8SoK	40660	2024-04-16	2023-04-28	4.1	4.25	4.03	4.0	0.005	0.76	0.0	0.09	13.71	0.01	2.084	5.31	1.02	9.8	89.7	0.6	-3.40	0.77	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37162	2335	8	10	2	0	18588	logfile
✘	8J7Z	36054	2024-04-06	2023-04-28	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7088	543	6	0	57	0	0	logfile
✘	8SoA	40651	2024-04-11	2023-04-28	3.32	3.60	3.37	3.5	0.004	0.63	0.0	0.04	13.20	0.01	2.028	3.87	4.83	6.4	93.4	0.3	-1.21	0.77	0.73	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24039	1481	3	0	1	0	12066	logfile
✘	8J7A	36036	2024-04-15	2023-04-27	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34246	3121	30	0	198	0	0	logfile
✘	8J7B	36037	2024-04-15	2023-04-27	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35077	3213	30	0	201	0	0	logfile
✘	8SNH	40625	2024-04-17	2023-04-27	2.7	2.39	2.83	2.4	0.007	0.83	1.0	0.06	17.82	0.00	1.908	10.56	1.04	2.9	97.0	0.1	0.51	0.73	0.83	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43557	2992	24	0	24	0	19392	logfile
✘	8J6Z	36021	2024-04-17	2023-04-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43924	3964	38	0	263	0	0	logfile
✘	8oUW	17204	2024-04-05	2023-04-25	3.75	3.90	3.25	3.5	0.006	0.91	0.0	0.05	14.71	0.01	2.008	0.19	0.38	2.0	98.0	0.0	0.31	0.81	0.65	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53754	6564	25	67	13	0	0	logfile
✘	8J5A	35984	2024-04-14	2023-04-21	1.19	1.12	1.22	1.2	0.014	1.48	0.0	0.08	13.93	0.01	1.560	8.49	3.21	0.6	99.4	0.0	3.37	0.51	0.66	8.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56208	4128	24	0	24	3384	17040	logfile
✘	8SKV	40568	2024-04-11	2023-04-20	3.1	3.28	3.10	3.3	0.003	0.57	0.0	0.04	14.90	0.00	2.020	4.46	0.08	5.9	94.0	0.1	-0.35	0.67	0.75	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23561	1632	15	0	15	0	11341	logfile
✘	8J4T	35977	2024-04-11	2023-04-20	3.6	3.75	3.63	3.7	0.002	0.54	0.0	0.04	13.80	0.00	2.190	10.72	0.00	4.3	95.5	0.1	0.04	0.74	0.75	1.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22628	2776	8	0	0	0	0	logfile
✘	8SL0	40570	2024-04-05	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8J4F	35975	2024-04-08	2023-04-19	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12419	1446	7	0	30	0	0	logfile
✘	8SiA	40504	2024-04-12	2023-04-14	2.91	3.13	3.00	3.1	0.013	1.24	0.0	0.09	19.00	0.01	1.993	5.03	0.72	14.5	85.0	0.5	-6.42	0.61	0.69	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74681	4420	8	0	65	0	36144	logfile
✘	8J1Q	35930	2024-04-05	2023-04-13	3.3	4.10	3.20	3.9	0.030	1.93	0.0	0.05	28.59	0.00	2.043	8.92	0.28	7.1	92.9	0.0	-1.02	0.73	0.64	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	5	90	1	0	0	logfile
✘	8SGS	40466	2024-04-07	2023-04-13	3.15	3.84	3.19	3.6	0.082	3.74	0.0	0.04	15.17	0.02	1.737	12.86	1.41	1.1	98.9	0.0	1.80	0.85	0.81	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11720	1524	8	0	8	0	0	logfile
✘	8SGo	40462	2024-04-15	2023-04-12	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34702	2121	19	0	33	0	16960	logfile
✘	8J1D	35919	2024-04-16	2023-04-12	3.59	4.05	3.62	3.9	0.003	0.59	0.0	0.04	14.25	0.00	1.963	15.46	0.09	9.4	89.7	0.9	-1.13	0.58	0.63	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40688	2516	4	0	0	0	20492	logfile

• ← previous
• Page 6 of 75
• next →