Table showing results for April 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8J1D	35919	2024-04-16	2023-04-12	3.59	4.05	3.62	3.9	0.003	0.59	0.0	0.04	14.25	0.00	1.963	15.46	0.09	9.4	89.7	0.9	-1.13	0.58	0.63	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40688	2516	4	0	0	0	20492	logfile
✘	8J0D	35899	2024-04-07	2023-04-10	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9105	711	8	0	74	0	0	logfile
✘	8SEo	40423	2024-04-15	2023-04-10	3.92	5.00	4.14	3.8	0.005	1.06	0.0	0.06	14.83	0.01	2.203	7.19	3.56	3.1	96.8	0.1	0.13	0.86	0.83	0.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	143016	17932	12	0	8	0	0	logfile
✘	8SET	40428	2024-04-15	2023-04-10	3.42	4.38	3.59	3.3	0.006	1.03	0.0	0.06	14.78	0.01	2.173	5.88	2.98	3.0	96.9	0.1	-0.29	0.85	0.80	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	143048	17940	12	0	8	0	0	logfile
✘	8SEQ	40425	2024-04-15	2023-04-10	3.4	4.26	3.61	3.3	0.006	1.06	4.0	0.06	15.01	0.01	2.188	6.61	3.28	3.4	96.5	0.1	-0.61	0.84	0.81	1.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142952	17932	12	0	8	0	0	logfile
✘	8SER	40426	2024-04-15	2023-04-10	3.42	4.59	3.60	3.3	0.005	0.99	4.0	0.06	14.47	0.01	2.178	5.10	2.55	4.2	95.7	0.1	-0.36	0.89	0.85	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142952	17932	12	0	8	0	0	logfile
✘	8J04	35883	2024-04-14	2023-04-09	2.7	3.05	2.75	3.0	0.003	0.51	0.0	0.03	17.20	0.00	2.033	9.02	0.93	3.6	96.4	0.0	2.30	0.48	0.69	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30824	1900	12	0	8	0	15244	logfile
✘	8J00	35879	2024-04-14	2023-04-09	3.0	3.42	3.20	3.4	0.011	0.92	0.0	0.03	19.38	0.00	1.898	10.29	0.06	2.9	97.1	0.0	2.25	0.59	0.72	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30184	1876	12	0	8	0	14944	logfile
✘	8oPo	17078	2024-04-13	2023-04-07	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28965	3585	18	0	57	0	0	logfile
✘	8oPN	17077	2024-04-13	2023-04-07	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28543	3555	13	0	40	0	0	logfile
✘	8oPM	17076	2024-04-13	2023-04-07	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29802	3582	42	0	123	0	0	logfile
✘	8SAW	40282	2024-04-16	2023-04-02	3.3	3.50	3.30	3.5	0.004	0.65	0.0	0.05	12.11	0.00	2.116	2.03	1.27	3.1	96.8	0.1	-0.32	0.66	0.73	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38332	2463	24	0	48	0	18589	logfile
✘	8iXL	35795	2024-04-07	2023-04-01	3.5	3.61	3.45	3.6	0.012	1.48	0.0	0.10	11.65	0.00	2.568	2.07	0.00	0.4	99.6	0.0	2.40	0.71	0.84	1.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10970	1455	35	0	0	0	0	logfile
✘	8SA5	40265	2024-04-06	2023-03-31	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7649	0	4	345	2	0	0	logfile
✘	8SA3	40263	2024-04-07	2023-03-31	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	0	logfile
✘	8iX2	35787	2024-04-06	2023-03-31	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	0	logfile
✘	8SA4	40264	2024-04-05	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5193	0	3	236	1	0	0	logfile
✘	8SA2	40262	2024-04-07	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	0	logfile
✘	8oMo	16973	2024-04-07	2023-03-31	3.43	2.51	3.47	3.2	0.007	1.36	2.0	0.09	17.68	0.00	1.488	21.48	4.68	8.0	92.0	0.0	-3.82	0.75	0.80	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1288	4	0	4	0	0	logfile
✘	8iX0	35785	2024-04-06	2023-03-31	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 75
• next →