cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	8SA5	40265	2024-04-06	2023-03-31	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7649	0	4	345	2	0	logfile
✘	8oMo	16973	2024-04-07	2023-03-31	3.43	2.51	3.47	3.2	0.007	1.36	2.0	0.09	17.68	0.00	1.488	21.48	4.68	8.0	92.0	0.0	-3.82	0.75	0.80	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1288	4	0	4	0	logfile
✘	8iWZ	35784	2024-04-06	2023-03-31	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8SA2	40262	2024-04-07	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	logfile
✘	8iWH	35766	2024-04-12	2023-03-30	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75511	7531	95	0	407	0	logfile
✘	8S9B	40238	2024-04-08	2023-03-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13409	1565	10	0	29	30	logfile
✘	8S8Z	40232	2024-04-09	2023-03-27	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15707	2096	16	0	9	0	logfile
✘	8S90	40233	2024-04-09	2023-03-27	4.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15323	2096	9	0	1	0	logfile
✘	8S9C	40239	2024-04-08	2023-03-27	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13534	1565	10	0	33	20	logfile
✘	8oJ7	16907	2024-04-08	2023-03-24	2.46	1.79	—	2.5	0.011	1.42	1.0	0.08	18.84	0.02	1.665	4.05	0.00	3.1	96.8	0.1	-1.25	0.83	0.86	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12026	1355	5	67	3	0	logfile
✘	8iUG	35721	2024-04-12	2023-03-24	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25238	2356	72	0	133	0	logfile
✘	8iUM	35726	2024-04-07	2023-03-24	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9955	1270	6	0	1	0	logfile
✘	8iUN	35727	2024-04-12	2023-03-24	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24285	2318	71	0	128	0	logfile
✘	8oJ8	16908	2024-04-16	2023-03-24	3.3	3.75	3.22	3.3	0.002	0.39	0.0	0.03	22.12	0.00	1.849	3.71	0.09	2.3	97.6	0.0	2.20	0.86	0.86	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	144625	7861	64	3783	225	0	logfile
✘	8oJ5	16905	2024-04-16	2023-03-23	2.9	3.02	2.75	2.6	0.002	0.33	0.0	0.03	22.00	0.00	1.833	2.23	0.39	1.4	98.6	0.0	2.44	0.85	0.88	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145041	8000	61	3742	225	0	logfile
✘	8oiP	16895	2024-04-11	2023-03-23	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72369	6162	47	1041	144	3	logfile
✘	8oiS	16898	2024-04-11	2023-03-23	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72671	6150	48	1034	173	3	logfile
✘	8oiT	16899	2024-04-07	2023-03-23	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113095	9412	79	1704	265	0	logfile
✘	8oiE	16890	2024-04-12	2023-03-22	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26151	3262	25	0	20	465	logfile
✘	8GL6	40191	2024-04-11	2023-03-21	3.2	3.19	3.01	3.1	0.003	0.50	0.0	0.04	11.30	0.00	2.084	6.55	0.87	4.1	95.9	0.0	-0.30	0.77	0.83	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21896	2762	5	0	1	0	logfile