Table showing results for April 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7ZRZ	14923	2025-04-28	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.01	—	—	—	1.91	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	7XK2	33241	2025-04-29	2022-04-19	3.1	3.31	3.12	3.3	0.005	1.02	0.0	0.06	16.48	0.01	2.251	6.29	0.32	6.7	93.3	0.0	-2.41	0.64	0.76	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8791	1128	6	0	1	0	0	logfile
✘	7ZKi	14763	2025-04-28	2022-04-13	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7120	688	5	77	2	0	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2025-04-28	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	870	8	24	4	232	0	logfile
✘	7XiB	33201	2025-04-28	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	0	logfile
✘	7XGY	33189	2025-04-27	2022-04-07	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4555	574	8	0	4	0	0	logfile
✘	7UL5	26592	2025-04-26	2022-04-03	3.1	3.32	3.08	3.3	0.004	0.64	0.0	0.04	11.76	0.01	2.404	3.68	0.00	3.1	96.9	0.0	-1.07	0.64	0.85	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2773	371	2	0	0	0	0	logfile
✘	7UGV	26497	2025-04-27	2022-03-25	2.94	3.59	2.93	3.4	0.003	0.57	0.0	0.04	9.13	0.00	2.111	3.29	0.00	0.7	99.3	0.0	2.34	0.50	0.85	4.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3107	418	2	0	3	0	0	logfile
✘	7Z24	14457	2025-04-29	2022-02-25	3.32	2.74	3.27	3.3	0.007	1.05	2.0	0.08	18.10	0.01	2.387	7.61	2.07	2.8	97.2	0.0	-0.18	0.57	0.71	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8303	929	4	36	1	0	0	logfile
✘	7X1R	32947	2025-04-28	2022-02-24	3.9	3.98	—	3.9	0.007	0.76	0.0	0.05	14.25	0.00	2.205	9.01	0.25	2.3	97.7	0.0	-0.91	0.74	0.82	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7608	970	4	0	4	0	0	logfile
✘	7U16	26279	2025-04-26	2022-02-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	405	6	0	12	0	0	logfile
✘	7WSC	32753	2025-04-26	2022-01-28	3.78	4.01	—	4.0	0.013	1.68	5.0	0.10	15.34	0.01	1.600	41.09	4.99	14.7	81.6	3.6	-4.09	0.65	0.78	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3369	422	4	0	2	0	0	logfile
✘	7WPC	32682	2025-04-28	2022-01-23	2.57	2.17	—	2.0	0.004	0.72	0.0	0.05	17.02	0.01	2.253	2.54	0.12	4.2	95.8	0.0	-4.19	0.69	0.72	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8057	980	6	0	9	0	0	logfile
✘	7TMW	26003	2025-04-28	2022-01-20	3.2	2.40	3.16	3.2	0.003	0.70	0.0	0.05	13.22	0.01	2.193	9.31	0.00	2.6	97.4	0.0	-0.28	0.71	0.64	1.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7320	930	4	0	0	0	0	logfile
✘	7THE	25893	2025-04-27	2022-01-10	3.87	4.06	3.94	4.0	0.013	1.88	0.0	0.11	13.76	0.02	2.548	0.15	0.00	8.2	91.8	0.0	-2.01	0.67	0.75	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3305	423	4	0	1	0	0	logfile
✘	7WHZ	32516	2025-04-28	2022-01-01	3.42	3.64	—	3.7	0.007	0.94	0.0	0.06	14.21	0.01	2.276	5.93	0.40	8.4	91.6	0.0	-4.20	0.67	0.81	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6810	887	8	0	1	0	0	logfile
✘	7T6X	25730	2025-04-30	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	2.01	0.0	0.13	15.96	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7QDo	13922	2025-04-26	2021-11-27	3.6	3.83	3.27	3.7	0.005	0.82	0.0	0.05	11.62	0.00	2.038	7.51	0.00	10.0	90.0	0.0	-0.82	0.71	0.74	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3304	424	2	0	0	0	0	logfile
✘	7STX	25438	2025-04-29	2021-11-15	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8611	1049	5	0	30	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2025-04-30	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.63	0.0	0.05	14.79	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile

• ← previous
• Page 8 of 12
• next →