Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8BCV	15969	2024-05-17	2022-10-17	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37485	3258	46	0	224	703	0	logfile
✘	8BCW	15970	2024-05-12	2022-10-17	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22313	2029	22	0	114	517	0	logfile
✘	8ESZ	28582	2024-05-17	2022-10-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67757	8114	68	0	95	0	0	logfile
✘	8ES4	28562	2024-05-11	2022-10-13	3.3	3.43	3.25	5.2	0.002	0.49	0.0	0.04	13.99	0.00	0.946	19.53	0.00	3.7	96.2	0.0	0.75	0.36	0.16	0.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	110772	14766	48	0	0	0	0	logfile
✘	8ESA	28573	2024-05-06	2022-10-13	3.4	3.68	3.37	3.6	0.004	0.49	0.0	0.04	14.83	0.00	2.243	5.75	0.30	4.0	96.0	0.0	-0.99	0.65	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3140	384	3	0	0	0	0	logfile
✘	8ERC	28552	2024-05-06	2022-10-11	3.7	3.47	3.08	3.7	0.003	0.67	0.0	0.04	12.91	0.00	2.115	8.25	0.00	2.3	97.7	0.0	1.99	0.51	0.65	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3510	441	1	0	0	0	0	logfile
✘	8B9J	15933	2024-05-09	2022-10-06	3.45	4.21	3.53	3.9	0.005	1.37	0.0	0.05	17.47	0.02	2.019	13.74	1.18	7.2	92.1	0.7	-0.47	0.83	0.73	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6879	864	2	0	3	0	0	logfile
✘	8EoS	28466	2024-05-13	2022-10-04	3.1	3.84	3.11	3.5	0.005	0.57	0.0	0.04	15.24	0.00	1.840	20.11	3.59	5.2	94.7	0.2	-0.81	0.90	0.89	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25606	3069	11	87	5	0	0	logfile
✘	8B8Q	15919	2024-05-08	2022-10-04	2.94	3.52	2.88	3.4	0.004	0.54	0.0	0.04	12.63	0.00	2.126	11.28	7.93	4.8	95.2	0.0	0.94	0.66	0.80	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11370	1382	4	0	6	0	0	logfile
✘	8EP0	28494	2024-05-13	2022-10-04	4.9	6.49	5.04	5.3	0.004	0.79	0.0	0.05	12.19	0.01	2.237	11.79	0.00	3.6	96.4	0.0	0.06	0.70	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24408	3372	8	0	0	0	0	logfile
✘	8ENo	28275	2024-05-10	2022-09-30	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16485	2047	9	0	9	0	0	logfile
✘	8ENM	28273	2024-05-11	2022-09-30	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17722	1999	12	0	8	1693	0	logfile
✘	8ENN	28274	2024-05-10	2022-09-30	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16749	1974	12	0	9	858	0	logfile
✘	8GZR	34402	2024-05-08	2022-09-27	2.8	2.61	2.71	2.8	0.004	0.55	0.0	0.04	15.37	0.00	1.733	4.12	0.09	2.6	97.4	0.0	-0.02	0.73	0.90	4.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11318	1324	5	33	7	0	0	logfile
✘	8EKW	28214	2024-05-14	2022-09-22	2.83	3.09	2.98	3.1	0.006	0.66	3.0	0.05	13.69	0.01	2.207	4.83	0.26	3.2	96.8	0.0	0.13	0.70	0.82	4.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14552	1760	20	0	0	402	0	logfile
✘	8GY3	34369	2024-05-08	2022-09-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10320	1326	6	0	7	0	0	logfile
✘	8B4o	15851	2024-05-07	2022-09-20	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6156	772	2	0	3	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2024-05-12	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8GWA	34307	2024-05-17	2022-09-16	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37660	4006	27	0	160	0	0	logfile
✘	8EEU	28058	2024-05-11	2022-09-07	3.5	2.35	3.42	2.2	0.012	0.94	0.0	0.05	9.27	0.01	1.997	4.04	0.05	10.9	88.9	0.2	-4.71	0.69	0.74	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19127	2471	8	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 14 of 54
• next →