Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8BPB	16148	2024-05-07	2022-11-16	2.8	2.48	3.00	2.8	0.004	0.61	0.0	0.04	17.77	0.00	1.755	8.92	2.96	2.5	97.5	0.0	0.64	0.74	0.80	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8384	1030	7	0	6	12	0	logfile
✘	8HH6	34753	2024-05-13	2022-11-16	2.9	3.16	3.03	3.1	0.003	0.58	0.0	0.04	13.71	0.00	2.002	5.07	0.00	2.3	97.7	0.0	1.53	0.80	0.89	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24277	3129	13	0	13	0	0	logfile
✘	8F6C	28879	2024-05-11	2022-11-16	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19344	2396	12	0	12	0	0	logfile
✘	8F6E	28881	2024-05-08	2022-11-16	3.8	4.02	3.70	4.0	0.003	0.55	0.0	0.04	13.52	0.00	2.060	5.75	0.00	5.4	94.2	0.4	-0.77	0.72	0.75	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10478	1366	8	0	8	0	0	logfile
✘	8BoB	16140	2024-05-09	2022-11-15	2.94	3.13	2.90	3.0	0.009	0.87	0.0	0.06	15.31	0.00	2.208	10.38	3.17	4.2	95.5	0.3	-1.98	0.85	0.84	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12712	1604	8	0	4	0	0	logfile
✘	8HG3	34733	2024-05-07	2022-11-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7456	604	6	0	62	0	0	logfile
✘	8HG6	34736	2024-05-07	2022-11-13	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7259	593	6	0	60	0	0	logfile
✘	8HG5	34735	2024-05-07	2022-11-13	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	627	6	0	64	0	0	logfile
✘	8BLo	16110	2024-05-07	2022-11-10	2.9	3.05	2.97	3.1	0.007	0.69	0.0	0.04	17.38	0.00	2.328	7.94	0.98	2.9	96.9	0.3	-1.47	0.67	0.87	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8487	1056	9	0	24	18	0	logfile
✘	8BL2	16100	2024-05-14	2022-11-09	2.3	2.29	2.26	2.2	0.005	0.59	0.0	0.04	16.84	0.00	1.872	11.53	1.01	1.2	98.8	0.0	0.70	0.76	0.75	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57128	7336	42	0	42	2780	0	logfile
✘	8HC8	34655	2024-05-06	2022-11-01	3.95	4.00	3.84	4.0	0.003	0.71	0.0	0.05	16.60	0.01	2.317	5.70	0.56	4.2	95.8	0.0	-1.17	0.64	0.70	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4832	628	4	0	1	0	0	logfile
✘	8HCB	34658	2024-05-18	2022-11-01	4.18	3.75	4.00	3.4	0.003	0.60	0.0	0.05	13.63	0.00	2.231	5.71	0.39	4.5	95.5	0.0	-0.57	0.75	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35187	4449	24	0	54	0	0	logfile
✘	8BHK	16058	2024-05-14	2022-10-31	3.3	3.34	3.25	3.4	0.002	0.36	0.0	0.04	13.09	0.01	2.195	1.28	0.20	1.7	98.3	0.0	1.80	0.68	0.78	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27165	1680	10	0	10	0	13415	logfile
✘	8HAJ	34592	2024-05-10	2022-10-26	4.8	4.66	4.63	3.6	0.003	0.60	0.0	0.03	24.86	0.00	2.213	11.34	0.00	2.3	97.7	0.0	1.21	0.88	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17214	1305	11	326	0	0	0	logfile
✘	8H9V	34583	2024-05-17	2022-10-25	3.02	3.46	—	3.4	0.009	0.78	0.0	0.05	14.50	0.00	2.196	10.67	0.08	6.0	94.0	0.0	-3.18	0.71	0.83	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37921	4953	32	0	10	0	0	logfile
✘	8H87	34531	2024-05-07	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.83	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8H86	34530	2024-05-07	2022-10-21	2.56	2.71	2.58	2.7	0.014	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile
✘	8BE0	15996	2024-05-17	2022-10-20	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36361	2179	14	44	3	95	17924	logfile
✘	8BDR	15984	2024-05-17	2022-10-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36256	2173	8	43	3	0	17940	logfile
✘	8BD3	15973	2024-05-13	2022-10-18	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	117990	10804	166	0	722	224	0	logfile

• ← previous
• Page 13 of 54
• next →