Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8HMP	34902	2024-05-07	2022-12-05	2.77	2.61	2.82	2.8	0.005	0.92	0.0	0.06	14.08	0.01	2.228	5.94	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.73	0.63	0.79	3.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8319	1045	6	0	1	0	0	logfile
✘	8FDU	29014	2024-05-09	2022-12-04	3.3	3.75	3.30	3.6	0.005	0.83	0.0	0.05	13.46	0.00	2.212	12.19	0.21	4.1	95.9	0.1	-0.29	0.66	0.78	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13193	1633	4	0	2	0	0	logfile
✘	8BVH	16264	2024-05-17	2022-12-03	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38135	2256	23	41	8	0	18879	logfile
✘	8FD6	29003	2024-05-12	2022-12-02	2.9	3.18	2.95	3.2	0.007	0.74	0.0	0.05	14.43	0.00	1.835	8.75	0.16	3.8	96.2	0.0	0.39	0.64	0.73	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22170	2747	1	0	6	0	0	logfile
✘	8FCN	28987	2024-05-16	2022-12-01	2.95	3.93	4.11	3.5	0.010	0.82	0.0	0.06	12.73	0.00	2.403	0.65	0.11	1.2	98.7	0.1	0.17	0.76	0.64	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35034	4446	18	0	12	0	0	logfile
✘	8FCA	28978	2024-05-17	2022-12-01	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35936	2400	8	0	8	0	17476	logfile
✘	8FC8	28976	2024-05-18	2022-12-01	3.47	3.66	3.49	3.7	0.006	0.68	0.0	0.04	11.82	0.00	2.300	2.67	0.19	2.9	97.1	0.0	1.21	0.60	0.70	1.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39152	2468	8	0	8	0	19384	logfile
✘	8FCL	28982	2024-05-17	2022-12-01	3.51	3.89	3.72	3.9	0.011	0.87	0.0	0.06	12.28	0.00	2.300	0.67	0.10	1.8	98.2	0.0	0.35	0.67	0.63	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36904	4667	13	0	12	0	0	logfile
✘	8HLV	34883	2024-05-10	2022-12-01	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8136	669	6	0	57	0	0	logfile
✘	8HLA	34859	2024-05-12	2022-11-29	2.81	2.68	2.73	2.8	0.011	0.96	0.0	0.06	14.25	0.01	2.027	19.94	0.09	8.2	91.7	0.1	-2.33	0.62	0.83	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20868	2580	20	0	12	0	0	logfile
✘	8HL2	34867	2024-05-06	2022-11-28	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL4	34869	2024-05-06	2022-11-28	4.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HKU	34860	2024-05-10	2022-11-28	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL3	34868	2024-05-06	2022-11-28	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HKX	34862	2024-05-14	2022-11-28	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL1	34866	2024-05-06	2022-11-28	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8F7X	28912	2024-05-07	2022-11-20	3.28	3.38	3.18	3.4	0.004	0.88	0.0	0.05	8.64	0.01	2.274	2.87	0.10	2.1	97.9	0.0	0.54	0.59	0.78	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8902	1145	6	0	0	0	0	logfile
✘	8Hii	34817	2024-05-07	2022-11-20	3.57	2.49	3.54	3.0	0.004	0.80	0.0	0.05	9.45	0.01	2.260	3.48	0.00	5.4	94.6	0.0	-3.43	0.72	0.70	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8212	1055	4	0	0	0	0	logfile
✘	8F6T	28890	2024-05-06	2022-11-17	2.76	3.61	2.91	3.4	0.004	0.63	0.0	0.04	12.87	0.00	2.119	4.79	0.00	5.4	94.6	0.0	0.80	0.65	0.86	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3473	428	1	0	4	0	0	logfile
✘	8F6E	28881	2024-05-08	2022-11-16	3.8	4.02	3.70	4.0	0.003	0.55	0.0	0.04	13.52	0.00	2.060	5.75	0.00	5.4	94.2	0.4	-0.77	0.72	0.75	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10478	1366	8	0	8	0	0	logfile

• ← previous
• Page 12 of 54
• next →