Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8FLK	29281	2024-05-12	2022-12-21	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20356	1276	6	0	4	0	10124	logfile
✘	8HTU	35018	2024-05-14	2022-12-21	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57715	5089	51	0	366	2	0	logfile
✘	8FLM	29282	2024-05-12	2022-12-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20272	1272	8	0	6	0	10060	logfile
✘	8C0Z	16376	2024-05-10	2022-12-19	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15083	1972	10	0	17	0	0	logfile
✘	8FJ5	29215	2024-05-11	2022-12-19	2.9	3.03	2.92	3.0	0.004	0.62	0.0	0.04	11.79	0.00	2.391	3.19	0.00	3.4	96.6	0.0	1.51	0.55	0.86	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18980	2660	20	0	0	0	0	logfile
✘	8C06	16355	2024-05-13	2022-12-16	2.7	2.32	2.57	2.7	0.003	0.76	0.0	0.05	13.59	0.01	2.333	2.28	0.00	5.5	94.5	0.0	-1.51	0.67	0.75	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25324	3298	8	0	6	0	0	logfile
✘	8HRN	34979	2024-05-06	2022-12-15	3.9	4.18	3.98	4.0	0.005	0.91	0.0	0.05	17.07	0.01	2.080	24.49	0.95	3.4	96.6	0.0	-1.15	0.76	0.69	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4870	597	1	0	0	0	0	logfile
✘	8HRL	34977	2024-05-07	2022-12-15	2.8	3.03	2.84	3.1	0.004	0.73	0.0	0.05	18.12	0.01	2.124	7.19	1.59	4.7	95.3	0.0	-1.16	0.64	0.73	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6412	791	2	0	0	0	0	logfile
✘	8C02	16353	2024-05-06	2022-12-15	4.09	4.26	4.03	4.2	0.004	0.83	0.0	0.04	13.16	0.01	2.225	19.86	0.44	4.1	95.9	0.0	1.51	0.58	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4242	549	2	0	0	0	0	logfile
✘	8FHD	29082	2024-05-09	2022-12-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12686	1467	6	0	35	0	0	logfile
✘	8FHQ	29099	2024-05-07	2022-12-14	2.81	3.05	2.83	3.1	0.008	0.82	0.0	0.05	13.69	0.01	2.303	4.02	0.65	3.5	96.5	0.0	-1.14	0.62	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7306	950	4	0	4	0	0	logfile
✘	8HQ7	34946	2024-05-08	2022-12-13	2.7	2.88	2.96	2.8	0.003	0.72	0.0	0.05	12.54	0.01	2.131	5.95	0.00	4.8	95.2	0.0	0.23	0.77	0.85	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8292	1082	6	0	2	0	0	logfile
✘	8HPU	34944	2024-05-08	2022-12-13	2.56	2.71	3.21	2.6	0.003	0.69	0.0	0.05	13.60	0.01	2.215	10.12	0.11	5.0	95.0	0.0	-0.21	0.72	0.75	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8281	1080	6	0	1	0	0	logfile
✘	8HPD	34930	2024-05-08	2022-12-12	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7949	651	6	0	56	0	0	logfile
✘	8HPF	34931	2024-05-08	2022-12-12	2.34	2.45	2.94	2.4	0.003	0.68	0.0	0.04	17.78	0.01	2.244	10.57	7.09	5.0	95.0	0.0	-0.06	0.71	0.75	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8268	1079	6	0	1	0	0	logfile
✘	8FFN	29048	2024-05-11	2022-12-09	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19871	2408	8	0	17	0	0	logfile
✘	8FFQ	29051	2024-05-11	2022-12-09	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19675	2408	8	0	13	0	0	logfile
✘	8HNL	34915	2024-05-07	2022-12-08	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8944	1135	6	0	3	0	0	logfile
✘	8BX5	16308	2024-05-09	2022-12-07	4.2	4.41	4.00	4.3	0.003	0.78	1.0	0.06	14.22	0.01	2.218	14.11	0.63	3.9	96.1	0.0	-0.69	0.60	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12527	1630	13	0	4	4	0	logfile
✘	8BVR	16269	2024-05-06	2022-12-05	3.52	4.00	3.61	3.9	0.005	0.72	0.0	0.04	17.01	0.01	2.178	12.22	0.19	4.6	95.4	0.0	0.64	0.62	0.78	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4806	617	3	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 11 of 54
• next →