cryo-EM Re-Refine

Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# other	# water	# H	Logfile
✘	8QN6	18508	2024-05-15	2023-09-25	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32010	4180	110	0	0	0	logfile
✘	8WEY	37480	2024-05-17	2023-09-19	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36163	3113	47	238	560	0	logfile
✘	8WFN	37497	2024-05-15	2023-09-19	4.48	5.02	4.85	4.5	0.003	0.70	0.0	0.05	15.00	0.01	2.228	7.72	5.17	3.7	96.1	0.1	-2.04	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29532	3573	8	0	0	0	logfile
✘	8U87	42016	2024-05-07	2023-09-16	3.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8575	1067	4	10	0	0	logfile
✘	8U7Y	42013	2024-05-07	2023-09-15	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8803	1206	4	13	0	0	logfile
✘	8U85	42014	2024-05-08	2023-09-15	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10203	1264	6	11	0	0	logfile
✘	8U86	42015	2024-05-07	2023-09-15	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7623	892	4	13	0	0	logfile
✘	8U4Z	41904	2024-05-06	2023-09-11	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2466	313	2	1	0	0	logfile
✘	8W6G	37322	2024-05-07	2023-08-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8314	1054	4	6	0	0	logfile
✘	8TZR	41767	2024-05-07	2023-08-27	3.5	4.05	3.67	4.0	0.006	0.84	0.0	0.05	16.98	0.01	2.229	6.61	0.53	4.5	95.5	0.0	-0.18	0.55	0.74	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8821	1079	6	9	0	0	logfile
✘	8TZ6	41735	2024-05-13	2023-08-26	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24849	1599	9	18	3	12165	logfile
✘	8QCB	18328	2024-05-08	2023-08-25	2.8	2.99	2.84	3.0	0.002	0.45	0.0	0.04	12.78	0.00	2.288	3.19	0.00	2.5	97.5	0.0	1.02	0.61	0.76	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11423	1506	5	0	0	0	logfile
✘	8W4U	37270	2024-05-16	2023-08-25	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31768	1988	12	8	0	15620	logfile
✘	8Q99	18272	2024-05-07	2023-08-20	2.7	2.49	2.59	2.7	0.011	1.82	0.0	0.10	11.76	0.01	2.486	0.00	0.00	2.7	97.3	0.0	-2.40	0.42	0.84	5.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6642	426	6	0	0	3396	logfile
✘	8TUN	41626	2024-05-12	2023-08-16	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22046	2725	13	1	0	0	logfile
✘	8TT3	41602	2024-05-12	2023-08-12	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22757	2820	13	1	0	0	logfile
✘	8KEF	37154	2024-05-11	2023-08-11	3.44	3.70	3.36	3.5	0.015	1.90	30.0	0.11	14.96	0.01	1.989	8.10	1.44	6.0	94.0	0.0	-0.51	0.45	0.73	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17802	2226	12	0	0	0	logfile
✘	8Q5H	18179	2024-05-08	2023-08-09	4.5	4.83	4.50	4.3	0.004	0.82	0.0	0.04	15.49	0.01	2.072	15.56	0.00	3.5	96.5	0.1	0.62	0.66	0.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9574	1173	7	0	0	0	logfile
✘	8Q4H	18148	2024-05-08	2023-08-07	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9694	1184	8	10	14	0	logfile
✘	8TP9	41470	2024-05-10	2023-08-04	3.1	3.33	3.17	3.4	0.020	1.82	7.0	0.11	10.91	0.01	2.334	2.44	0.00	1.9	98.1	0.0	0.64	0.71	0.76	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17118	2142	15	15	0	0	logfile