Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8KEF	37154	2024-05-11	2023-08-11	3.44	3.70	3.36	3.5	0.015	1.90	30.0	0.11	14.96	0.01	1.989	8.10	1.44	6.0	94.0	0.0	-0.51	0.45	0.73	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17802	2226	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Q5H	18179	2024-05-08	2023-08-09	4.5	4.83	4.50	4.3	0.004	0.82	0.0	0.04	15.49	0.01	2.072	15.56	0.00	3.5	96.5	0.1	0.62	0.66	0.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9574	1173	7	0	0	0	0	logfile
✘	8TP9	41470	2024-05-10	2023-08-04	3.1	3.33	3.17	3.4	0.020	1.82	7.0	0.11	10.91	0.01	2.334	2.44	0.00	1.9	98.1	0.0	0.64	0.71	0.76	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17118	2142	15	0	15	0	0	logfile
✘	8TKP	41356	2024-05-10	2023-07-25	2.9	3.69	3.00	3.2	0.005	0.91	3.0	0.05	16.84	0.01	1.152	7.90	0.94	2.1	97.9	0.0	2.30	0.59	0.61	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14666	1698	14	0	54	0	0	logfile
✘	8PWL	17994	2024-05-09	2023-07-20	4.73	5.25	4.85	4.8	0.002	0.51	0.0	0.04	13.55	0.00	2.250	5.28	0.00	2.0	98.0	0.0	-0.12	0.83	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12266	1541	2	0	0	0	0	logfile
✘	8PW7	17991	2024-05-12	2023-07-19	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115528	14151	122	0	90	0	0	logfile
✘	8PW5	17989	2024-05-16	2023-07-19	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	130520	15957	144	0	112	0	0	logfile
✘	8PW6	17990	2024-05-12	2023-07-19	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115643	14146	123	0	94	0	0	logfile
✘	8K3C	36849	2024-05-08	2023-07-15	2.88	3.12	2.93	3.1	0.014	1.17	0.0	0.07	10.35	0.01	2.138	11.02	0.57	7.8	92.1	0.1	-3.08	0.48	0.67	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10813	1395	4	0	0	0	0	logfile
✘	8PT4	17867	2024-05-08	2023-07-13	3.33	4.03	3.35	3.8	0.002	0.53	0.0	0.04	11.88	0.00	2.215	11.04	4.94	3.1	96.3	0.6	-0.51	0.75	0.66	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11438	1437	4	0	0	0	0	logfile
✘	8PSJ	17853	2024-05-15	2023-07-13	3.4	3.41	3.38	3.3	0.014	1.91	0.0	0.09	14.92	0.01	2.072	5.29	0.62	7.7	92.0	0.3	-3.68	0.72	0.86	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29695	3788	5	0	2	0	0	logfile
✘	8TGK	41239	2024-05-06	2023-07-12	3.7	2.41	3.64	2.2	0.005	0.97	1.0	0.05	17.06	0.01	2.204	20.27	0.81	1.7	97.6	0.7	0.74	0.76	0.78	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5772	766	4	0	2	0	0	logfile
✘	8JZR	36751	2024-05-06	2023-07-06	3.25	3.52	3.29	3.5	0.007	0.77	0.0	0.05	12.74	0.01	2.381	4.82	0.00	3.8	95.7	0.4	0.75	0.64	0.79	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3474	456	2	0	1	0	0	logfile
✘	8TDW	41175	2024-05-08	2023-07-05	3.04	3.24	3.20	3.2	0.005	0.56	0.0	0.05	14.08	0.00	2.217	6.55	0.00	5.6	94.4	0.0	-0.08	0.39	0.50	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.26	—	—	—	2.73	11359	1830	8	12	2	0	0	logfile
✘	8PoG	17791	2024-05-06	2023-07-04	4.15	4.36	4.10	4.3	0.003	0.59	0.0	0.04	15.83	0.01	2.242	5.44	0.00	2.3	97.7	0.0	0.40	0.77	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4964	624	4	0	0	0	0	logfile
✘	8JYM	36726	2024-05-13	2023-07-03	2.79	3.39	2.76	3.2	0.004	0.55	0.0	0.05	12.78	0.00	0.546	6.93	0.00	3.6	96.4	0.0	0.19	0.83	0.85	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24924	3099	12	0	48	0	0	logfile
✘	8PN7	17777	2024-05-16	2023-06-30	2.03	2.46	2.13	2.4	0.044	1.46	0.0	0.04	13.01	0.00	1.664	8.62	0.35	1.5	98.5	0.0	1.20	0.72	0.85	5.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34872	4308	36	0	12	1476	0	logfile
✘	8JVM	36677	2024-05-06	2023-06-28	3.86	4.13	3.89	3.9	0.006	1.08	1.0	0.06	14.54	0.01	2.138	27.03	1.75	16.3	82.1	1.6	-3.56	0.64	0.54	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3726	498	3	0	0	0	0	logfile
✘	8JVH	36674	2024-05-08	2023-06-28	3.19	3.79	3.33	3.7	0.005	0.78	0.0	0.05	9.56	0.00	2.195	2.24	0.18	8.6	91.4	0.0	-4.48	0.65	0.74	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9699	1205	1	0	0	0	0	logfile
✘	8PKD	17735	2024-05-06	2023-06-26	2.33	2.42	2.31	2.4	0.003	0.44	0.0	0.04	15.00	0.00	2.246	3.95	0.00	2.7	97.3	0.0	1.55	0.65	0.81	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4844	600	8	0	0	16	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 39
• next →