Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8JLC	36392	2024-05-07	2023-06-02	2.88	3.12	2.97	3.2	0.011	1.18	0.0	0.09	12.98	0.01	2.195	10.44	0.00	3.7	96.3	0.0	-0.12	0.48	0.74	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8189	1012	4	0	6	0	0	logfile
✘	8T1E	40961	2024-05-12	2023-06-02	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22115	2516	12	0	43	36	0	logfile
✘	8P76	17519	2024-05-06	2023-05-30	2.0	1.89	2.02	2.0	0.006	0.63	0.0	0.04	17.10	0.00	2.258	6.57	0.90	1.3	98.5	0.2	1.97	0.66	0.79	5.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5261	630	7	0	2	151	0	logfile
✘	8SY7	40864	2024-05-12	2023-05-24	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21159	2737	16	43	3	413	0	logfile
✘	8SY6	40863	2024-05-13	2023-05-24	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23373	2922	10	42	4	0	0	logfile
✘	8JHC	36262	2024-05-07	2023-05-23	3.3	2.39	3.35	2.1	0.004	0.70	0.0	0.05	14.17	0.01	2.227	5.42	0.00	5.7	94.3	0.0	-1.38	0.75	0.76	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7563	986	4	0	0	0	0	logfile
✘	8SXi	40853	2024-05-11	2023-05-22	4.5	4.37	4.48	4.3	0.006	1.00	0.0	0.06	14.40	0.01	1.987	5.43	0.05	6.2	93.4	0.4	-1.44	0.60	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19257	2439	12	0	0	0	0	logfile
✘	8SXA	40829	2024-05-11	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8SX9	40828	2024-05-11	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8P2S	17373	2024-05-08	2023-05-16	2.4	2.06	2.43	1.8	0.003	0.54	0.0	0.04	12.82	0.00	2.120	8.76	3.01	4.7	95.2	0.1	0.29	0.79	0.75	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9694	1201	4	0	6	0	0	logfile
✘	8P23	17357	2024-05-08	2023-05-14	3.17	2.45	3.19	2.2	0.004	0.69	2.0	0.05	13.20	0.01	2.090	5.91	4.71	5.8	93.7	0.5	-0.94	0.75	0.75	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11399	1401	4	0	6	0	0	logfile
✘	8SS4	40743	2024-05-11	2023-05-08	3.3	3.54	3.39	3.5	0.009	1.23	0.0	0.06	10.77	0.01	2.238	3.21	0.36	8.5	91.2	0.4	-5.98	0.61	0.78	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17978	2278	7	0	1	0	0	logfile
✘	8SS6	40745	2024-05-15	2023-05-08	3.01	3.32	3.16	3.3	0.017	1.38	0.0	0.28	19.01	0.01	2.303	4.80	1.05	7.9	91.7	0.4	-5.47	0.68	0.76	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31609	3794	12	0	46	0	0	logfile
✘	8JB5	36141	2024-05-11	2023-05-08	2.9	2.97	2.93	2.9	0.008	0.88	2.0	0.06	17.40	0.01	1.861	14.17	6.34	5.7	94.0	0.3	-1.73	0.68	0.81	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19027	2355	2	0	1	0	0	logfile
✘	8SS7	40746	2024-05-11	2023-05-08	2.76	2.92	2.87	3.0	0.022	1.64	0.0	0.36	22.55	0.01	2.252	6.95	1.45	5.7	93.8	0.5	-5.34	0.68	0.77	4.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19437	2266	12	0	46	0	0	logfile
✘	8SR0	40716	2024-05-08	2023-05-05	3.53	3.69	3.52	3.6	0.005	0.80	2.0	0.05	14.06	0.01	2.139	9.79	0.34	8.0	92.0	0.0	-2.68	0.70	0.72	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11414	816	8	0	2	0	5426	logfile
✘	8J9V	36116	2024-05-09	2023-05-05	2.71	3.58	2.71	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	15.16	0.00	2.053	8.83	0.00	4.1	95.9	0.0	0.57	0.90	0.87	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13918	1556	10	60	4	0	0	logfile
✘	8J8K	36072	2024-05-07	2023-05-01	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6489	855	6	0	3	0	0	logfile
✘	8So3	40646	2024-05-10	2023-04-28	3.61	3.84	3.58	3.8	0.005	0.85	1.0	0.05	13.96	0.01	1.803	10.38	0.68	6.5	93.4	0.2	-1.49	0.73	0.72	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16718	1205	8	0	4	0	7947	logfile
✘	8SoA	40651	2024-05-13	2023-04-28	3.32	3.60	3.37	3.5	0.004	0.63	0.0	0.04	13.20	0.01	2.028	3.87	4.83	6.4	93.4	0.3	-1.21	0.77	0.73	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24039	1481	3	0	1	0	12066	logfile

• ← previous
• Page 5 of 54
• next →