Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8J7Z	36054	2024-05-07	2023-04-28	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7088	543	6	0	57	0	0	logfile
✘	8J7A	36036	2024-05-16	2023-04-27	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34246	3121	30	0	198	0	0	logfile
✘	8J7B	36037	2024-05-16	2023-04-27	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35077	3213	30	0	201	0	0	logfile
✘	8oUW	17204	2024-05-13	2023-04-25	3.75	3.90	3.25	3.5	0.006	0.91	0.0	0.05	14.71	0.01	2.008	0.19	0.38	2.0	98.0	0.0	0.31	0.81	0.65	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53754	6564	25	67	13	0	0	logfile
✘	8SKV	40568	2024-05-13	2023-04-20	3.1	3.28	3.10	3.3	0.003	0.57	0.0	0.04	14.90	0.00	2.020	4.46	0.08	5.9	94.0	0.1	-0.35	0.67	0.75	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23561	1632	15	0	15	0	11341	logfile
✘	8SL0	40570	2024-05-06	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8J4T	35977	2024-05-12	2023-04-20	3.6	3.75	3.63	3.7	0.002	0.54	0.0	0.04	13.80	0.00	2.190	10.72	0.00	4.3	95.5	0.1	0.04	0.74	0.75	1.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22628	2776	8	0	0	0	0	logfile
✘	8J4F	35975	2024-05-09	2023-04-19	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12419	1446	7	0	30	0	0	logfile
✘	8Si2	40496	2024-05-17	2023-04-14	2.19	2.32	2.33	2.4	0.012	1.13	0.0	0.06	20.10	0.01	2.026	2.74	0.20	8.8	91.0	0.3	-3.93	0.63	0.73	3.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39022	4420	12	0	74	168	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2024-05-06	2023-04-13	3.3	4.10	3.20	3.9	0.030	1.93	0.0	0.05	28.59	0.00	2.043	8.92	0.28	7.1	92.9	0.0	-1.02	0.73	0.64	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	5	90	1	0	0	logfile
✘	8SGS	40466	2024-05-09	2023-04-13	3.15	3.84	3.19	3.6	0.082	3.74	0.0	0.04	15.17	0.02	1.737	12.86	1.41	1.1	98.9	0.0	1.80	0.85	0.81	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11720	1524	8	0	8	0	0	logfile
✘	8J1B	35918	2024-05-11	2023-04-12	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19427	2388	8	0	5	0	0	logfile
✘	8SGi	40456	2024-05-07	2023-04-12	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7694	982	4	0	10	1	0	logfile
✘	8SGo	40462	2024-05-16	2023-04-12	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34702	2121	19	0	33	0	16960	logfile
✘	8J1D	35919	2024-05-18	2023-04-12	3.59	4.05	3.62	3.9	0.003	0.59	0.0	0.04	14.25	0.00	1.963	15.46	0.09	9.4	89.7	0.9	-1.13	0.58	0.63	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40688	2516	4	0	0	0	20492	logfile
✘	8J0D	35899	2024-05-09	2023-04-10	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9105	711	8	0	74	0	0	logfile
✘	8oPN	17077	2024-05-14	2023-04-07	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28543	3555	13	0	40	0	0	logfile
✘	8oPo	17078	2024-05-14	2023-04-07	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28965	3585	18	0	57	0	0	logfile
✘	8oPM	17076	2024-05-15	2023-04-07	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29802	3582	42	0	123	0	0	logfile
✘	8iY5	35814	2024-05-08	2023-04-04	2.8	2.81	2.81	3.0	0.003	0.68	0.0	0.04	13.17	0.00	2.166	11.68	0.00	3.9	95.9	0.3	-0.34	0.47	0.57	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9176	1177	6	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 54
• next →