cryo-EM Re-Refine

Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	8iXL	35795	2024-05-08	2023-04-01	3.5	3.61	3.45	3.6	0.012	1.48	0.0	0.10	11.65	0.00	2.568	2.07	0.00	0.4	99.6	0.0	2.40	0.71	0.84	1.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10970	1455	35	0	0	0	logfile
✘	8oMo	16973	2024-05-08	2023-03-31	3.43	2.51	3.47	3.2	0.007	1.36	2.0	0.09	17.68	0.00	1.488	21.48	4.68	8.0	92.0	0.0	-3.82	0.75	0.80	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1288	4	0	4	0	logfile
✘	8iWY	35783	2024-05-07	2023-03-31	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8SA4	40264	2024-05-06	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5193	0	3	236	1	0	logfile
✘	8iX2	35787	2024-05-07	2023-03-31	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8SA2	40262	2024-05-08	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	logfile
✘	8iX1	35786	2024-05-07	2023-03-31	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7896	654	6	0	57	0	logfile
✘	8iWZ	35784	2024-05-07	2023-03-31	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8SA3	40263	2024-05-08	2023-03-31	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	logfile
✘	8iWX	35782	2024-05-07	2023-03-31	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8iX0	35785	2024-05-07	2023-03-31	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8SA5	40265	2024-05-07	2023-03-31	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7649	0	4	345	2	0	logfile
✘	8S9C	40239	2024-05-09	2023-03-27	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13534	1565	10	0	33	20	logfile
✘	8S90	40233	2024-05-10	2023-03-27	4.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15323	2096	9	0	1	0	logfile
✘	8S8Z	40232	2024-05-10	2023-03-27	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15707	2096	16	0	9	0	logfile
✘	8S9B	40238	2024-05-09	2023-03-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13409	1565	10	0	29	30	logfile
✘	8oJ7	16907	2024-05-09	2023-03-24	2.46	1.79	—	2.5	0.011	1.42	1.0	0.08	18.84	0.02	1.665	4.05	0.00	3.1	96.8	0.1	-1.25	0.83	0.86	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12026	1355	5	67	3	0	logfile
✘	8iUN	35727	2024-05-13	2023-03-24	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24285	2318	71	0	128	0	logfile
✘	8iUM	35726	2024-05-08	2023-03-24	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9955	1270	6	0	1	0	logfile
✘	8iUG	35721	2024-05-13	2023-03-24	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25238	2356	72	0	133	0	logfile