Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8G5F	29741	2024-05-15	2023-02-13	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30938	1888	18	0	29	0	15176	logfile
✘	8iBZ	35350	2024-05-08	2023-02-10	3.04	3.25	3.07	3.1	0.003	0.60	0.0	0.04	23.46	0.00	2.190	9.49	0.29	4.3	95.6	0.1	0.68	0.73	0.74	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10273	817	3	180	1	0	0	logfile
✘	8G4N	29727	2024-05-11	2023-02-10	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18308	2120	21	0	82	0	0	logfile
✘	8G4o	29728	2024-05-11	2023-02-10	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17353	2094	20	0	39	0	0	logfile
✘	8G4X	29733	2024-05-15	2023-02-10	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31102	1895	19	0	38	0	15204	logfile
✘	8i9G	35270	2024-05-07	2023-02-06	3.2	3.67	3.09	3.6	0.005	0.67	0.0	0.05	16.41	0.00	2.213	4.97	4.97	6.6	93.4	0.0	-3.28	0.72	0.83	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6507	778	9	0	13	0	0	logfile
✘	8CGi	16644	2024-05-11	2023-02-04	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17553	841	20	460	43	948	0	logfile
✘	8G1F	29669	2024-05-16	2023-02-02	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32911	4148	12	0	22	253	0	logfile
✘	8G1S	29676	2024-05-14	2023-02-02	3.7	4.04	3.83	3.9	0.003	0.58	0.0	0.04	16.07	0.00	2.004	17.34	1.07	8.3	91.6	0.1	-1.91	0.80	0.81	1.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26788	3172	9	95	1	0	0	logfile
✘	8G1E	29668	2024-05-16	2023-02-02	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32649	4148	12	0	18	90	0	logfile
✘	8CE7	16600	2024-05-08	2023-02-01	2.7	2.34	2.46	2.7	0.010	1.47	12.0	0.09	13.19	0.01	0.000	16.71	3.33	9.0	91.0	0.0	-3.63	0.44	0.73	6.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10512	1512	24	0	0	0	0	logfile
✘	8G1A	29665	2024-05-09	2023-02-01	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13725	1574	7	0	37	0	0	logfile
✘	8i79	35212	2024-05-13	2023-01-31	2.8	3.87	3.00	3.3	0.003	0.57	0.0	0.04	12.36	0.00	2.195	8.33	0.00	3.0	97.0	0.0	1.30	0.88	0.84	3.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16293	2198	10	0	0	0	0	logfile
✘	8i5X	35197	2024-05-09	2023-01-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13590	1565	8	0	35	0	0	logfile
✘	8i5Y	35198	2024-05-09	2023-01-26	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13617	1565	9	0	39	6	0	logfile
✘	8FYi	29579	2024-05-10	2023-01-26	3.4	3.73	3.49	3.7	0.005	0.68	0.0	0.05	16.64	0.00	2.200	10.41	0.18	3.2	96.8	0.0	-1.26	0.74	0.87	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15364	1844	19	0	56	0	0	logfile
✘	8i5G	35194	2024-05-09	2023-01-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13389	1565	8	0	29	5	0	logfile
✘	8CBN	16546	2024-05-09	2023-01-25	3.34	3.92	3.27	3.7	0.008	0.72	0.0	0.04	25.79	0.01	0.876	6.35	2.28	4.8	95.2	0.0	-5.72	0.71	0.78	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13669	939	12	300	0	0	0	logfile
✘	8i5B	35193	2024-05-09	2023-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13440	1563	8	0	30	0	0	logfile
✘	8FWK	29511	2024-05-08	2023-01-22	3.5	4.25	3.71	4.0	0.005	1.07	2.0	0.06	12.40	0.01	2.289	13.87	1.29	11.6	87.2	1.2	-4.60	0.66	0.72	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9462	1194	2	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 9 of 54
• next →