cryo-EM Re-Refine

Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# other	# water	# H	Logfile
✘	8QUD	18660	2024-06-27	2023-10-16	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12806	1580	12	22	108	0	logfile
✘	8QU9	18658	2024-06-30	2023-10-15	2.88	2.61	2.88	2.8	0.003	0.56	0.0	0.03	17.55	0.00	0.000	10.00	0.00	0.0	100.0	0.0	-2.00	0.74	0.87	3.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72756	8836	141	94	47	0	logfile
✘	8QQK	18594	2024-06-26	2023-10-05	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9978	1227	6	9	0	0	logfile
✘	8WM6	37642	2024-06-26	2023-10-03	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61164	5216	74	415	139	0	logfile
✘	8UEV	42172	2024-06-28	2023-10-02	3.7	4.20	3.71	4.0	0.009	1.07	1.0	0.04	18.83	0.01	1.465	29.72	0.63	6.7	93.0	0.2	-0.86	0.62	0.77	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67103	8241	63	33	0	0	logfile
✘	8UBX	42108	2024-06-25	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	4	68	3328	logfile
✘	8U87	42016	2024-06-25	2023-09-16	3.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8575	1067	4	10	0	0	logfile
✘	8U86	42015	2024-06-25	2023-09-15	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7623	892	4	13	0	0	logfile
✘	8U7Y	42013	2024-06-25	2023-09-15	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8803	1206	4	13	0	0	logfile
✘	8U85	42014	2024-06-26	2023-09-15	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10203	1264	6	11	0	0	logfile
✘	8U4Z	41904	2024-06-24	2023-09-11	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2466	313	2	1	0	0	logfile
✘	8TZR	41767	2024-06-25	2023-08-27	3.5	4.05	3.67	4.0	0.006	0.84	0.0	0.05	16.98	0.01	2.229	6.61	0.53	4.5	95.5	0.0	-0.18	0.55	0.74	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8821	1079	6	9	0	0	logfile
✘	8Q99	18272	2024-06-25	2023-08-20	2.7	2.49	2.59	2.7	0.011	1.82	0.0	0.10	11.76	0.01	2.486	0.00	0.00	2.7	97.3	0.0	-2.40	0.42	0.84	5.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6642	426	6	0	0	3396	logfile
✘	8TVE	41639	2024-06-26	2023-08-18	3.9	4.16	3.79	4.1	0.013	1.52	0.0	0.09	9.81	0.01	2.433	3.65	0.33	2.2	97.8	0.0	0.30	0.76	0.82	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9090	1227	6	6	0	0	logfile
✘	8TUN	41626	2024-06-30	2023-08-16	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22046	2725	13	1	0	0	logfile
✘	8KEF	37154	2024-06-29	2023-08-11	3.44	3.70	3.36	3.5	0.015	1.90	30.0	0.11	14.96	0.01	1.989	8.10	1.44	6.0	94.0	0.0	-0.51	0.45	0.73	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17802	2226	12	0	0	0	logfile
✘	8Q5H	18179	2024-06-26	2023-08-09	4.5	4.83	4.50	4.3	0.004	0.82	0.0	0.04	15.49	0.01	2.072	15.56	0.00	3.5	96.5	0.1	0.62	0.66	0.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9574	1173	7	0	0	0	logfile
✘	8Q4H	18148	2024-06-26	2023-08-07	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9694	1184	8	10	14	0	logfile
✘	8TP9	41470	2024-06-29	2023-08-04	3.1	3.33	3.17	3.4	0.020	1.82	7.0	0.11	10.91	0.01	2.334	2.44	0.00	1.9	98.1	0.0	0.64	0.71	0.76	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17118	2142	15	15	0	0	logfile
✘	8Toi	41453	2024-06-27	2023-08-03	2.64	2.63	2.63	3.0	0.010	1.86	0.0	0.05	24.38	0.01	2.318	2.95	0.00	3.6	96.4	0.0	-1.60	0.80	0.84	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11414	1298	4	40	0	0	logfile