Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7BYL	30244	2024-06-28	2020-04-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16332	2000	16	0	8	12	0	logfile
✘	6WLW	21844	2024-06-30	2020-04-20	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22145	2749	35	0	61	0	0	logfile
✘	6WM2	21847	2024-06-30	2020-04-20	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73243	9171	56	0	63	0	0	logfile
✘	6YP7	10865	2024-06-30	2020-04-15	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71784	7002	77	0	325	0	0	logfile
✘	6WJV	21701	2024-06-29	2020-04-14	3.5	3.60	—	3.5	0.009	1.66	1.0	0.08	15.51	0.01	1.466	5.97	0.05	7.2	92.8	0.0	-5.50	0.75	0.66	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19593	2567	5	0	1	0	0	logfile
✘	6YMY	10848	2024-06-28	2020-04-10	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1766	19	0	16	0	0	logfile
✘	6WHG	21672	2024-06-29	2020-04-08	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17116	2092	8	0	12	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2024-06-29	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6WDR	21644	2024-06-30	2020-04-01	3.7	3.72	—	3.4	0.013	1.27	2.0	0.07	23.90	0.01	2.181	8.79	1.35	11.7	88.2	0.1	-5.01	0.85	0.81	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74473	4984	32	1647	0	0	0	logfile
✘	6WB8	21586	2024-06-28	2020-03-26	3.24	3.55	—	3.5	0.011	0.91	0.0	0.05	8.89	0.00	2.124	16.94	0.00	5.9	93.9	0.2	-3.70	0.73	0.79	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14888	1852	8	0	12	0	0	logfile
✘	7BR7	30158	2024-06-30	2020-03-26	4.3	3.99	—	4.0	0.006	0.94	0.0	0.06	15.20	0.01	1.573	8.92	0.70	6.8	93.2	0.0	-4.57	0.44	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73138	9263	21	0	0	0	0	logfile
✘	6W64	21552	2024-06-25	2020-03-16	3.9	4.06	—	4.0	0.003	0.58	0.0	0.04	16.24	0.00	2.196	9.67	1.29	7.0	92.9	0.1	0.30	0.74	0.70	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8505	928	3	56	0	0	0	logfile
✘	6M5U	30093	2024-06-26	2020-03-11	3.8	3.78	—	3.8	0.007	0.86	1.0	0.05	16.07	0.00	2.210	18.52	5.59	9.0	90.8	0.2	-3.03	0.62	0.81	1.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10549	1359	5	0	5	0	0	logfile
✘	6VYH	21460	2024-06-25	2020-02-26	3.0	3.13	—	3.1	0.013	1.11	1.0	0.06	14.40	0.01	1.922	11.42	2.00	8.8	90.0	1.2	-4.54	0.66	0.81	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6093	860	5	0	2	1	0	logfile
✘	6Y5R	10703	2024-06-27	2020-02-25	3.76	3.87	3.73	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	12.77	0.00	2.147	7.90	0.07	4.4	95.6	0.0	-2.26	0.68	0.85	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13592	1758	6	0	8	0	0	logfile
✘	6M1D	30041	2024-06-30	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.005	1.20	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.67	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile
✘	6VY2	21456	2024-06-30	2020-02-25	4.86	6.05	—	5.2	0.007	1.11	0.0	0.08	22.30	0.00	2.056	18.44	4.96	5.7	93.8	0.5	-2.41	0.82	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	2442	66	0	180	0	0	logfile
✘	6XZP	10664	2024-06-27	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZR	10666	2024-06-27	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZD	10659	2024-06-26	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile

• ← previous
• Page 29 of 36
• next →