Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7JM6	22386	2024-06-30	2020-07-31	2.92	2.96	—	2.9	0.005	0.79	0.0	0.18	14.55	0.00	1.907	6.01	0.72	2.3	97.7	0.0	1.30	0.58	0.81	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21084	1334	6	0	12	72	10504	logfile
✘	6ZY9	11555	2024-06-28	2020-07-30	3.3	3.42	—	3.5	0.004	0.81	0.0	0.05	13.73	0.01	2.174	2.45	0.25	4.7	95.3	0.0	-5.76	0.62	0.71	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14973	1985	14	0	4	0	0	logfile
✘	7CKW	30392	2024-06-28	2020-07-20	3.22	3.34	—	3.3	0.002	0.48	0.0	0.04	13.67	0.00	2.178	15.84	1.74	3.0	97.0	0.0	-3.30	0.58	0.71	1.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8103	1035	5	0	2	0	0	logfile
✘	6XS6	22301	2024-06-29	2020-07-15	3.7	2.21	—	2.2	0.004	0.83	0.0	0.05	14.26	0.01	2.240	4.49	0.00	6.1	93.9	0.0	-1.99	0.57	0.59	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18294	2357	3	0	0	0	0	logfile
✘	6XP5	22284	2024-06-30	2020-07-08	4.2	4.73	—	4.3	0.004	0.90	0.0	0.05	14.32	0.00	2.131	14.90	0.27	15.9	83.2	0.9	-5.23	0.79	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21065	2707	15	0	221	0	0	logfile
✘	7CH8	30371	2024-06-28	2020-07-05	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16213	2122	17	0	12	0	0	logfile
✘	7CH9	30372	2024-06-28	2020-07-05	3.5	3.92	—	3.8	0.005	0.82	0.0	0.04	18.11	0.00	2.032	18.63	10.34	9.6	90.4	0.0	-4.56	0.69	0.78	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15978	2126	19	0	10	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2024-06-26	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XKU	22225	2024-06-27	2020-06-27	4.2	4.32	—	4.2	0.009	1.00	1.0	0.07	13.80	0.01	1.987	25.66	0.16	16.5	83.2	0.4	-4.29	0.75	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	6XKT	22224	2024-06-27	2020-06-27	3.75	3.88	—	3.8	0.009	0.99	1.0	0.07	13.78	0.01	1.732	26.25	0.08	16.5	83.1	0.4	-4.20	0.75	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	6XKJ	22219	2024-06-26	2020-06-26	3.54	3.39	—	3.4	0.009	0.83	0.0	0.05	14.92	0.00	2.246	12.86	0.00	2.4	97.6	0.0	0.54	0.62	0.85	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11056	1360	16	0	0	0	0	logfile
✘	6XiS	22199	2024-06-29	2020-06-21	3.9	4.13	—	4.0	0.009	1.33	0.0	0.08	13.73	0.01	2.225	14.51	3.19	1.8	97.9	0.3	0.47	0.62	0.64	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9436	1240	4	0	0	0	0	logfile
✘	6ZGK	11209	2024-06-27	2020-06-18	3.6	3.77	3.64	3.8	0.006	0.68	0.0	0.05	12.30	0.01	2.111	7.47	0.00	6.6	93.4	0.0	-0.58	0.50	0.54	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11630	1535	5	0	0	0	0	logfile
✘	6XEV	22154	2024-06-26	2020-06-14	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10545	1312	8	0	25	0	0	logfile
✘	6X6A	22074	2024-06-30	2020-05-27	3.6	3.58	—	3.4	0.010	1.29	0.0	0.08	14.43	0.01	2.206	13.75	0.45	7.5	92.4	0.1	-2.80	0.86	0.83	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20240	2524	8	0	0	0	0	logfile
✘	7C77	30294	2024-06-26	2020-05-23	3.3	3.60	—	3.8	0.003	0.67	0.0	0.04	16.65	0.00	2.209	9.34	1.88	5.0	94.9	0.1	-2.63	0.58	0.75	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9762	1183	9	0	20	0	0	logfile
✘	6WXV	21964	2024-06-26	2020-05-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10605	1319	5	0	15	0	0	logfile
✘	6WW7	21929	2024-06-28	2020-05-08	3.4	3.55	3.33	3.5	0.005	0.58	0.0	0.04	15.89	0.00	2.145	6.99	2.92	2.9	97.1	0.0	-2.34	0.76	0.84	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16576	2060	13	0	20	0	0	logfile
✘	6YXR	10995	2024-06-25	2020-05-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31910	2783	20	0	194	0	0	logfile
✘	6WTi	21897	2024-06-26	2020-05-02	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile

• ← previous
• Page 28 of 36
• next →