Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7AGG	11779	2024-06-25	2020-09-22	3.3	3.68	—	3.6	0.007	0.79	0.0	0.05	13.16	0.01	1.980	6.95	0.00	4.2	95.8	0.0	-1.18	0.83	0.80	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8252	1056	5	0	0	0	0	logfile
✘	7D3S	30566	2024-06-25	2020-09-20	2.9	2.73	2.75	2.8	0.004	0.64	0.0	0.04	13.88	0.00	2.237	10.24	0.00	4.0	96.0	0.0	-2.28	0.56	0.75	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8338	1048	6	0	0	0	0	logfile
✘	7AFA	11758	2024-06-29	2020-09-19	2.95	3.82	2.97	2.9	0.008	0.81	6.0	0.05	21.60	0.02	1.456	11.42	0.00	2.9	97.1	0.0	-1.10	0.86	0.88	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18482	1101	11	456	26	0	0	logfile
✘	7K57	22676	2024-06-29	2020-09-16	3.7	4.17	3.78	4.0	0.007	1.03	0.0	0.06	15.81	0.01	2.107	6.10	0.94	5.9	94.1	0.0	-4.46	0.85	0.83	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70104	8892	12	0	0	0	0	logfile
✘	7D1T	30547	2024-06-24	2020-09-15	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52994	5312	108	0	196	2432	0	logfile
✘	7K45	22660	2024-06-24	2020-09-14	3.7	3.90	3.76	3.9	0.014	1.42	0.0	0.08	9.35	0.01	2.568	0.35	0.00	2.2	97.8	0.0	0.92	0.79	0.78	4.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3038	419	4	0	2	0	0	logfile
✘	7D0J	30536	2024-06-29	2020-09-10	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68860	5923	56	0	453	0	0	logfile
✘	7K0P	22606	2024-06-29	2020-09-04	3.1	3.68	—	3.6	0.005	0.71	0.0	0.04	13.77	0.00	2.183	5.21	0.00	2.5	97.5	0.0	0.92	0.69	0.82	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18572	2342	14	0	15	0	0	logfile
✘	7K0K	22600	2024-06-25	2020-09-04	2.6	2.96	—	2.9	0.006	0.68	0.0	0.05	12.49	0.00	1.915	7.43	0.00	2.2	97.8	0.0	0.53	0.68	0.85	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7615	964	4	0	2	0	0	logfile
✘	7CUW	30475	2024-06-26	2020-08-25	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9839	1199	6	0	9	0	0	logfile
✘	7CUQ	30474	2024-06-26	2020-08-24	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9834	1199	6	0	9	0	0	logfile
✘	7CUM	30472	2024-06-30	2020-08-23	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22214	1358	4	0	19	0	10852	logfile
✘	7CUB	30471	2024-06-26	2020-08-22	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9842	1199	7	0	9	13	0	logfile
✘	7JVA	22497	2024-06-24	2020-08-20	3.6	3.93	3.68	3.9	0.016	1.51	0.0	0.09	13.10	0.01	2.398	0.80	0.30	1.0	98.8	0.2	0.87	0.84	0.81	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3248	420	4	0	3	0	0	logfile
✘	7JRo	22447	2024-06-27	2020-08-12	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12747	1492	17	0	26	0	0	logfile
✘	6ZZY	11589	2024-06-25	2020-08-05	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54609	4594	44	0	379	0	0	logfile
✘	6ZZX	11588	2024-06-25	2020-08-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56369	4684	68	0	403	99	0	logfile
✘	7CoY	30420	2024-06-25	2020-08-05	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57966	6096	66	0	279	84	0	logfile
✘	7JNA	22403	2024-06-25	2020-08-04	3.6	3.74	—	3.8	0.005	0.72	0.0	0.05	12.95	0.03	2.215	12.10	0.00	4.3	95.7	0.0	-3.83	0.63	0.71	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6432	834	9	0	15	0	0	logfile
✘	7JN3	22400	2024-06-28	2020-08-03	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15666	1807	14	68	8	0	0	logfile

• ← previous
• Page 27 of 36
• next →