Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7DWQ	30882	2024-06-30	2021-01-17	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19961	1943	18	0	100	0	0	logfile
✘	7BKC	12209	2024-06-26	2021-01-15	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64126	8220	48	0	68	0	0	logfile
✘	7BKB	12206	2024-06-26	2021-01-15	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64126	8220	44	0	68	0	0	logfile
✘	7LC6	23269	2024-06-30	2021-01-09	3.7	4.12	3.73	3.9	0.010	1.12	0.0	0.06	12.51	0.01	2.211	5.74	1.51	7.4	92.6	0.0	-2.96	0.71	0.73	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21891	1440	7	0	3	4	11106	logfile
✘	7DR1	30821	2024-06-30	2020-12-25	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22177	2114	18	0	108	0	0	logfile
✘	7L2i	23129	2024-06-29	2020-12-17	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17432	2124	8	0	4	0	0	logfile
✘	7B5N	12041	2024-06-26	2020-12-05	3.6	3.39	3.52	3.7	0.007	0.79	0.0	0.05	15.39	0.00	1.998	13.46	0.09	9.3	90.7	0.0	-1.35	0.78	0.81	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9965	1229	9	0	10	0	0	logfile
✘	7B5P	12043	2024-06-30	2020-12-05	3.2	3.34	—	3.3	0.009	1.00	1.0	0.06	13.44	0.00	1.894	24.69	1.78	8.9	89.6	1.4	-2.84	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22527	3013	3	0	0	0	0	logfile
✘	7KU7	23035	2024-06-28	2020-11-24	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15666	1807	16	68	8	0	0	logfile
✘	7DFZ	30668	2024-06-25	2020-11-10	3.58	3.82	—	3.8	0.010	0.99	0.0	0.06	15.65	0.03	2.157	18.62	0.00	7.1	92.9	0.0	-3.56	0.63	0.80	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7412	897	7	0	24	0	0	logfile
✘	7DEG	30657	2024-06-27	2020-11-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12852	1520	12	0	18	0	0	logfile
✘	7ATE	11921	2024-06-26	2020-10-30	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9056	1098	10	0	9	145	0	logfile
✘	7KKL	22910	2024-06-24	2020-10-27	2.85	3.36	2.85	3.2	0.020	1.69	0.0	0.12	9.89	0.01	2.377	0.94	0.41	1.5	98.5	0.0	0.96	0.80	0.84	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52461	3360	27	0	63	0	25437	logfile
✘	7ARJ	11884	2024-06-26	2020-10-25	3.2	3.48	—	3.4	0.005	0.80	0.0	0.05	13.52	0.01	2.312	3.21	0.10	5.0	95.0	0.0	-5.75	0.66	0.74	1.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9601	1262	8	0	6	0	0	logfile
✘	7DBH	30631	2024-06-26	2020-10-20	3.6	4.18	—	3.4	0.007	0.74	1.0	0.05	28.57	0.00	1.451	11.99	0.17	3.2	96.8	0.0	0.54	0.91	0.85	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10631	697	10	252	0	0	0	logfile
✘	7AoD	11841	2024-06-26	2020-10-14	4.5	4.61	—	4.5	0.007	0.89	0.0	0.05	14.84	0.01	1.858	27.36	1.95	10.7	88.9	0.3	-4.20	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59256	7466	34	0	12	0	0	logfile
✘	7AiN	11799	2024-06-27	2020-09-28	3.2	3.71	3.29	3.6	0.011	0.93	0.0	0.06	13.50	0.01	2.282	9.81	0.00	2.8	97.1	0.1	-1.55	0.66	0.78	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13904	1808	6	0	8	0	0	logfile
✘	7D5i	30582	2024-06-25	2020-09-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6232	793	3	0	3	0	0	logfile
✘	7AHH	11786	2024-06-27	2020-09-24	3.5	3.59	3.55	3.6	0.008	0.97	0.0	0.07	14.62	0.00	2.213	14.34	0.23	7.6	92.4	0.0	-1.56	0.70	0.79	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12125	1562	7	0	4	0	0	logfile
✘	7AHE	11784	2024-06-26	2020-09-24	4.1	4.22	4.11	4.1	0.007	1.01	0.0	0.08	13.74	0.00	2.205	16.70	0.45	9.6	90.4	0.0	-5.40	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10060	1308	5	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 26 of 36
• next →