cryo-EM Re-Refine

Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# other	# water	# H	Logfile
✘	7NQK	12528	2024-06-25	2021-03-01	3.5	3.75	3.51	3.6	0.005	0.84	0.0	0.05	14.92	0.00	2.035	16.48	0.90	8.6	91.4	0.0	-1.81	0.58	0.82	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6139	781	2	0	0	0	logfile
✘	7NNL	12478	2024-06-26	2021-02-25	3.1	3.27	3.06	3.2	0.006	0.91	0.0	0.05	16.46	0.01	2.230	6.05	0.00	3.7	96.3	0.0	-1.05	0.70	0.85	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11099	1456	6	13	0	0	logfile
✘	7LUM	23522	2024-06-26	2021-02-22	4.5	4.68	—	4.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.02	0.00	1.970	26.15	0.00	7.5	92.3	0.2	-0.70	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63978	8374	16	0	0	0	logfile
✘	7NKZ	12451	2024-06-25	2021-02-19	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6424	792	4	5	42	0	logfile
✘	7NK9	12434	2024-06-29	2021-02-17	2.9	3.29	—	3.2	0.003	0.50	0.0	0.04	13.03	0.00	2.087	6.80	0.00	2.9	97.1	0.0	1.61	0.68	0.86	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18081	1225	14	0	0	9158	logfile
✘	7E4H	30985	2024-06-26	2021-02-13	3.01	3.56	—	3.4	0.004	0.65	0.0	0.04	11.78	0.00	2.195	5.39	0.00	2.2	97.8	0.0	-0.52	0.64	0.79	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10752	1354	4	0	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2024-06-30	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	9979	logfile
✘	7E2Z	30973	2024-06-25	2021-02-07	3.1	3.34	—	3.4	0.009	1.05	0.0	0.22	14.20	0.01	2.160	5.36	0.00	1.6	98.4	0.0	2.35	0.57	0.74	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6997	870	4	5	0	0	logfile
✘	7NFD	12300	2024-06-27	2021-02-06	3.51	3.83	—	3.8	0.009	1.02	1.0	0.05	16.11	0.00	2.071	25.27	0.37	15.9	84.0	0.1	-5.50	0.62	0.81	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12394	1582	9	5	0	0	logfile
✘	7NF7	12297	2024-06-26	2021-02-05	2.68	2.40	2.58	2.6	0.006	0.71	0.0	0.05	17.23	0.00	2.336	5.26	6.53	4.7	95.1	0.2	-3.11	0.69	0.83	4.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9642	1150	8	18	0	0	logfile
✘	7E0i	30933	2024-06-25	2021-01-28	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8033	677	6	58	0	0	logfile
✘	7E0K	30935	2024-06-25	2021-01-28	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8044	677	6	58	0	0	logfile
✘	7E0H	30932	2024-06-25	2021-01-28	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8017	661	6	57	0	0	logfile
✘	7E0J	30934	2024-06-25	2021-01-28	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8140	672	6	56	0	0	logfile
✘	7DZ8	30926	2024-06-29	2021-01-23	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69460	5986	55	471	0	0	logfile
✘	7DZ7	30925	2024-06-29	2021-01-23	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69647	5998	55	471	0	0	logfile
✘	7BLZ	12228	2024-06-29	2021-01-19	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55800	2817	41	206	249	21916	logfile
✘	7DXA	30902	2024-06-28	2021-01-18	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15162	1629	23	50	0	0	logfile
✘	7DXE	30906	2024-06-30	2021-01-18	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22280	2740	8	20	0	0	logfile
✘	7DXH	30909	2024-06-30	2021-01-18	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20054	2150	31	69	0	0	logfile