Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7MD3	23764	2024-06-28	2021-04-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45992	3133	13	0	8	0	22961	logfile
✘	7EK1	31165	2024-06-24	2021-04-03	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.75	—	—	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53500	6720	20	0	0	0	0	logfile
✘	7EJ8	31156	2024-06-25	2021-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1100	6	0	1	0	0	logfile
✘	7EJ1	31148	2024-06-30	2021-04-01	3.2	3.37	—	3.3	0.011	1.03	0.0	0.06	16.48	0.01	2.243	6.80	0.00	4.8	95.0	0.1	-5.79	0.83	0.86	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21236	2740	12	0	4	0	0	logfile
✘	7M6Q	23704	2024-06-28	2021-03-26	2.91	3.75	2.97	3.5	0.009	1.16	5.0	0.07	15.90	0.01	2.289	5.71	0.00	3.1	96.9	0.0	-0.39	0.82	0.82	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14725	1800	10	0	10	0	0	logfile
✘	7M6P	23703	2024-06-28	2021-03-26	3.28	3.97	3.27	3.8	0.008	1.27	5.0	0.08	12.69	0.01	2.293	5.19	0.00	3.1	96.9	0.0	0.26	0.78	0.79	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14650	1800	10	0	5	0	0	logfile
✘	7M5X	23684	2024-06-28	2021-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15476	1000	1	0	25	11	7545	logfile
✘	7M5Y	23685	2024-06-28	2021-03-25	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15447	1000	1	0	24	8	7534	logfile
✘	7M5V	23683	2024-06-29	2021-03-24	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16295	1046	1	0	24	6	7985	logfile
✘	7EG0	31103	2024-06-28	2021-03-23	3.4	3.09	—	3.3	0.009	0.78	0.0	0.05	14.94	0.00	1.975	20.60	0.12	13.9	86.0	0.1	-2.98	0.74	0.79	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15246	1878	8	0	8	0	0	logfile
✘	7EFD	31084	2024-06-24	2021-03-21	1.77	1.78	1.82	1.9	0.033	3.16	12.0	0.09	15.32	0.02	0.001	1.61	2.15	1.7	97.5	0.8	-0.54	0.74	0.82	5.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4004	480	4	0	4	156	0	logfile
✘	7M42	23662	2024-06-25	2021-03-19	3.3	3.66	—	3.6	0.002	0.56	0.0	0.04	13.90	0.00	2.128	6.83	1.22	3.5	96.4	0.1	-2.65	0.63	0.65	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8115	1070	6	0	3	0	0	logfile
✘	5BKJ	9406	2024-06-29	2021-03-19	3.5	3.68	—	3.7	0.006	0.81	0.0	0.06	15.41	0.00	2.251	5.00	1.09	4.1	95.9	0.0	-3.93	0.69	0.84	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16939	2156	16	0	7	4	0	logfile
✘	7M3N	23658	2024-06-25	2021-03-18	2.4	2.15	2.40	1.9	0.005	0.63	0.0	0.04	15.95	0.00	2.168	5.79	4.28	4.3	95.6	0.1	-2.53	0.43	0.82	4.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6004	759	3	0	0	0	0	logfile
✘	7NWL	12634	2024-06-27	2021-03-17	3.1	3.95	3.38	3.5	0.013	1.48	0.0	0.11	14.02	0.02	1.790	40.24	0.93	1.9	98.0	0.1	0.97	0.80	0.66	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13904	1747	17	0	40	0	0	logfile
✘	7NUR	12600	2024-06-25	2021-03-13	3.125	3.29	—	3.3	0.007	0.77	0.0	0.05	14.31	0.01	2.174	5.26	0.11	7.7	92.0	0.3	-4.11	0.77	0.87	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8245	1044	1	0	0	0	0	logfile
✘	7M18	23615	2024-06-24	2021-03-12	3.38	4.09	—	4.1	0.007	1.37	0.0	0.17	18.71	0.01	1.728	23.77	0.28	10.4	89.3	0.3	-2.48	0.74	0.73	0.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54064	6904	32	8	16	0	0	logfile
✘	7LYA	23590	2024-06-29	2021-03-06	2.91	3.17	2.99	3.2	0.007	0.67	0.0	0.04	27.35	0.00	1.325	3.62	0.16	2.5	97.5	0.0	-1.91	0.70	0.84	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12098	767	10	293	0	0	0	logfile
✘	7LX2	23564	2024-06-30	2021-03-03	3.12	3.60	—	3.5	0.021	1.72	3.0	0.10	13.14	0.01	2.211	1.58	0.15	1.2	98.8	0.0	0.73	0.79	0.83	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20196	2322	54	0	144	0	0	logfile
✘	7LX0	23563	2024-06-30	2021-03-02	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72462	6699	60	0	447	0	0	logfile

• ← previous
• Page 24 of 36
• next →