Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8D9F	27260	2024-06-28	2022-06-09	2.71	3.74	2.92	3.4	0.010	0.94	0.0	0.06	15.70	0.01	2.015	10.10	0.06	3.3	96.6	0.1	0.50	0.82	0.83	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16163	1912	4	33	4	0	0	logfile
✘	8D7R	27231	2024-06-26	2022-06-07	3.9	4.13	3.91	4.0	0.003	0.54	0.0	0.04	15.03	0.00	2.345	5.62	0.00	8.1	91.9	0.0	-3.25	0.60	0.56	0.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9627	1167	12	0	16	0	0	logfile
✘	8D85	27247	2024-06-25	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	19.55	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	0	11	0	0	logfile
✘	7XYB	33516	2024-06-30	2022-06-01	3.7	4.48	3.71	3.3	0.005	0.75	1.0	0.05	16.73	0.00	1.956	17.39	0.62	4.8	95.0	0.2	-0.49	0.87	0.82	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22525	3187	10	65	1	0	0	logfile
✘	8D2S	27148	2024-06-25	2022-05-30	2.9	3.02	2.89	3.0	0.011	1.35	0.0	0.05	26.51	0.01	2.297	6.89	0.80	5.0	95.0	0.0	-1.07	0.70	0.81	4.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7071	879	5	0	21	27	0	logfile
✘	8D1B	27121	2024-06-25	2022-05-27	3.57	3.85	3.45	3.8	0.006	1.09	0.0	0.05	14.42	0.01	2.084	19.71	0.28	24.1	75.9	0.0	-6.32	0.76	0.81	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6724	874	4	0	0	0	0	logfile
✘	7XW5	33491	2024-06-27	2022-05-26	2.96	3.19	2.99	3.2	0.014	1.88	8.0	0.10	12.54	0.02	2.119	2.60	0.53	4.6	95.4	0.0	-0.98	0.61	0.73	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12618	1522	10	0	27	0	0	logfile
✘	7ZZ6	15036	2024-06-25	2022-05-25	2.15	2.39	2.12	2.1	0.006	0.68	0.0	0.04	17.30	0.00	1.385	8.71	3.48	2.9	97.1	0.0	0.64	0.91	0.90	4.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8257	1017	6	0	6	157	0	logfile
✘	7ZZ2	15032	2024-06-24	2022-05-25	2.48	2.80	2.37	2.1	0.005	0.76	0.0	0.05	17.25	0.01	2.132	4.21	3.27	2.2	97.8	0.0	-0.30	0.90	0.89	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4366	541	1	0	3	57	0	logfile
✘	8CY7	27069	2024-06-25	2022-05-23	2.9	3.84	3.06	3.3	0.003	0.76	10.0	0.17	13.02	0.00	2.018	5.28	0.26	3.7	96.1	0.1	0.96	0.83	0.76	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54932	3513	21	0	74	0	26549	logfile
✘	8CYi	27078	2024-06-28	2022-05-23	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14621	932	3	0	2	0	7191	logfile
✘	7ZXY	15017	2024-06-28	2022-05-23	3.15	2.97	3.04	3.0	0.006	0.94	0.0	0.05	16.23	0.01	2.106	10.77	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.44	0.74	0.81	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15606	1913	25	0	23	0	0	logfile
✘	8CTK	26993	2024-06-24	2022-05-15	3.52	3.87	3.55	3.9	0.003	0.69	0.0	0.05	14.37	0.00	2.347	4.69	0.00	3.8	96.2	0.0	-1.07	0.54	0.70	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3042	376	2	0	0	0	0	logfile
✘	7XSU	33435	2024-06-26	2022-05-15	3.4	3.68	3.45	3.7	0.011	1.61	9.0	0.11	19.27	0.01	1.440	12.45	5.06	5.5	94.1	0.4	1.66	0.55	0.75	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8969	1152	3	0	13	0	0	logfile
✘	8CSW	26973	2024-06-24	2022-05-13	2.5	2.22	2.46	2.3	0.007	0.86	0.0	0.06	14.46	0.01	2.219	5.03	2.33	1.2	98.8	0.0	0.83	0.64	0.88	6.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5332	657	1	0	0	165	0	logfile
✘	7UZE	26886	2024-06-28	2022-05-09	2.4	2.27	2.42	2.3	0.003	0.58	0.0	0.04	14.97	0.00	2.040	3.56	0.68	3.0	96.6	0.4	1.69	0.66	0.88	6.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14969	988	12	0	4	113	7392	logfile
✘	7UY7	26866	2024-06-28	2022-05-06	4.2	4.18	4.04	3.2	0.002	0.56	1.0	0.04	15.12	0.00	2.203	13.96	0.18	3.8	96.2	0.0	-0.53	0.73	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15161	1808	7	10	1	0	0	logfile
✘	7ZRZ	14923	2024-06-25	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7ZRi	14915	2024-06-27	2022-05-04	3.5	3.62	3.50	3.6	0.006	0.92	0.0	0.05	16.16	0.01	2.196	7.56	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.22	0.70	0.82	1.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11014	1450	6	0	9	0	0	logfile
✘	7XoL	33351	2024-06-24	2022-05-01	3.26	4.02	3.37	3.4	0.002	0.49	0.0	0.04	13.50	0.00	2.224	10.95	0.00	0.5	99.5	0.0	2.40	0.89	0.88	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53970	7336	14	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 9 of 21
• next →