Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8HZC	35088	2024-06-24	2023-01-08	3.2	3.16	2.79	3.3	0.002	0.51	0.0	0.05	13.53	0.00	2.497	11.14	0.00	11.3	88.7	0.0	-5.03	0.39	0.85	4.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3108	450	6	0	0	0	0	logfile
✘	8FQG	29387	2024-06-25	2023-01-06	3.01	2.41	2.83	3.0	0.015	0.73	0.0	0.06	17.67	0.00	2.233	8.45	0.22	2.3	97.7	0.0	-0.50	0.62	0.85	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8392	1064	16	0	4	10	0	logfile
✘	8FQD	29384	2024-06-25	2023-01-06	3.01	2.62	3.02	3.0	0.015	0.73	0.0	0.06	17.60	0.00	2.264	6.54	0.11	3.3	96.7	0.0	-0.68	0.64	0.83	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8384	1064	14	0	4	2	0	logfile
✘	8FQ2	29375	2024-06-25	2023-01-05	3.14	2.91	2.99	3.1	0.015	0.76	0.0	0.06	15.95	0.00	2.235	9.44	0.67	4.7	95.3	0.0	-0.58	0.56	0.71	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8390	1064	12	0	4	0	0	logfile
✘	8C4T	16428	2024-06-26	2023-01-04	3.23	3.32	3.18	3.3	0.003	0.58	2.0	0.05	16.97	0.00	2.148	8.51	0.36	2.9	97.1	0.0	0.76	0.79	0.84	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10459	1268	3	12	1	0	0	logfile
✘	8FoB	29344	2024-06-30	2022-12-30	2.71	2.96	2.77	3.0	0.024	1.57	0.0	0.54	21.84	0.01	2.073	8.34	0.39	8.3	91.7	0.0	-5.44	0.60	0.72	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20390	2376	12	0	46	52	0	logfile
✘	8FoA	29343	2024-06-30	2022-12-30	2.66	2.96	2.81	2.9	0.023	1.52	0.0	0.53	22.53	0.01	2.298	7.30	0.42	5.2	94.7	0.0	-5.28	0.66	0.84	4.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21287	2448	8	0	53	0	0	logfile
✘	8HWE	35055	2024-06-29	2022-12-29	3.3	3.47	3.28	3.5	0.003	0.61	0.0	0.04	17.84	0.00	1.956	10.09	0.62	8.5	91.5	0.0	-1.52	0.72	0.80	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17247	2112	12	0	11	0	0	logfile
✘	8HWG	35057	2024-06-29	2022-12-29	3.0	3.09	2.85	3.0	0.004	0.66	0.0	0.04	18.54	0.00	1.832	7.63	4.33	6.0	93.9	0.0	-1.90	0.76	0.87	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18110	2209	13	6	12	0	0	logfile
✘	8HW4	35050	2024-06-26	2022-12-28	3.52	3.89	3.62	3.8	0.008	0.89	0.0	0.06	15.42	0.01	2.142	14.67	0.09	8.2	91.8	0.0	-2.38	0.67	0.80	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10746	1364	1	0	2	0	0	logfile
✘	8HTU	35018	2024-06-25	2022-12-21	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57715	5089	51	0	366	2	0	logfile
✘	8FLM	29282	2024-06-30	2022-12-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20272	1272	8	0	6	0	10060	logfile
✘	8C29	16389	2024-06-30	2022-12-21	2.785	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71174	6772	117	0	358	280	0	logfile
✘	8FLK	29281	2024-06-30	2022-12-21	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20356	1276	6	0	4	0	10124	logfile
✘	8C0Z	16376	2024-06-28	2022-12-19	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15083	1972	10	0	17	0	0	logfile
✘	8FJ5	29215	2024-06-29	2022-12-19	2.9	3.03	2.92	3.0	0.004	0.62	0.0	0.04	11.79	0.00	2.391	3.19	0.00	3.4	96.6	0.0	1.51	0.55	0.86	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18980	2660	20	0	0	0	0	logfile
✘	8C02	16353	2024-06-24	2022-12-15	4.09	4.26	4.03	4.2	0.004	0.83	0.0	0.04	13.16	0.01	2.225	19.86	0.44	4.1	95.9	0.0	1.51	0.58	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4242	549	2	0	0	0	0	logfile
✘	8HRL	34977	2024-06-25	2022-12-15	2.8	3.03	2.84	3.1	0.004	0.73	0.0	0.05	18.12	0.01	2.124	7.19	1.59	4.7	95.3	0.0	-1.16	0.64	0.73	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6412	791	2	0	0	0	0	logfile
✘	8HRN	34979	2024-06-24	2022-12-15	3.9	4.18	3.98	4.0	0.005	0.91	0.0	0.05	17.07	0.01	2.080	24.49	0.95	3.4	96.6	0.0	-1.15	0.76	0.69	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4870	597	1	0	0	0	0	logfile
✘	8FHD	29082	2024-06-27	2022-12-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12686	1467	6	0	35	0	0	logfile

• ← previous
• Page 9 of 36
• next →