Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7SBL	24982	2025-06-23	2021-09-25	3.4	2.79	—	2.2	0.014	2.02	19.0	0.13	14.92	0.01	2.197	8.36	2.72	7.8	91.5	0.7	-1.91	0.84	0.76	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27026	3286	35	0	96	0	0	logfile
✘	7PSL	13613	2025-06-08	2021-09-23	3.3	3.77	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	15.10	0.00	2.258	5.27	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.04	0.61	0.76	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9612	1200	4	0	4	0	0	logfile
✘	7VHN	32000	2025-06-22	2021-09-22	3.8	3.96	—	3.8	0.006	0.89	1.0	0.06	13.37	0.02	1.473	11.70	0.72	7.7	92.2	0.1	-2.94	0.85	0.83	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25403	3192	6	0	31	0	0	logfile
✘	7PRo	13609	2025-06-07	2021-09-22	3.0	3.28	3.20	3.2	0.012	1.09	0.0	0.06	13.80	0.01	2.192	7.00	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.61	0.84	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	7VH3	31985	2025-06-11	2021-09-20	3.6	3.70	—	3.7	0.005	1.09	0.0	0.06	11.49	0.01	2.257	7.95	0.90	8.5	91.0	0.4	-4.84	0.68	0.69	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12749	1612	1	0	0	0	0	logfile
✘	7S8P	24900	2025-06-06	2021-09-18	2.6	2.11	2.61	1.8	0.005	0.75	0.0	0.05	12.74	0.00	2.183	3.18	0.00	5.8	94.2	0.0	-2.01	0.73	0.75	4.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8093	1089	6	0	1	0	0	logfile
✘	7PPo	13583	2025-06-09	2021-09-14	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10990	1383	5	0	2	0	0	logfile
✘	7VDD	31914	2025-06-10	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	7PLW	13504	2025-06-09	2021-09-01	3.5	4.05	3.54	3.5	0.005	0.84	0.0	0.05	15.16	0.01	1.732	4.81	0.00	0.2	99.8	0.0	-1.69	0.91	0.83	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10139	1263	6	0	3	0	0	logfile
✘	7VC4	31888	2025-06-14	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7V9A	31813	2025-06-15	2021-08-24	3.94	3.46	—	3.1	0.002	0.58	0.0	0.03	18.98	0.00	2.260	6.87	0.00	5.2	94.8	0.0	-4.05	0.66	0.57	0.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16876	1723	10	146	0	0	0	logfile
✘	7PiJ	13438	2025-06-06	2021-08-20	3.78	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.50	0.53	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile
✘	7RWA	24712	2025-06-14	2021-08-19	4.7	5.66	5.46	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2025-06-07	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7PHG	13415	2025-06-05	2021-08-17	4.3	4.13	—	4.0	0.003	0.68	0.0	0.04	13.71	0.00	1.916	18.40	0.00	11.9	88.1	0.0	-3.68	0.78	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6469	427	3	0	0	0	3160	logfile
✘	7V4H	31711	2025-06-23	2021-08-13	2.9	3.14	—	3.2	0.004	0.59	0.0	0.05	13.65	0.01	2.083	7.28	0.00	3.6	96.4	0.0	-1.11	0.67	0.81	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27340	3520	10	0	0	0	0	logfile
✘	7V2Y	31670	2025-06-19	2021-08-10	3.4	3.56	—	3.5	0.005	0.96	0.0	0.05	16.29	0.01	2.276	3.85	0.34	7.5	92.4	0.1	-6.23	0.69	0.78	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23097	2846	6	0	0	0	0	logfile
✘	7RR0	24649	2025-06-04	2021-08-08	3.12	3.40	—	3.4	0.004	0.97	0.0	0.06	12.28	0.01	2.327	2.79	0.00	1.4	98.6	0.0	0.12	0.75	0.77	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3297	422	4	0	1	0	0	logfile
✘	7PBZ	13314	2025-06-14	2021-08-03	2.79	3.47	2.89	3.2	0.007	1.18	0.0	0.12	15.13	0.01	2.136	4.25	0.00	2.9	97.1	0.0	0.33	0.75	0.86	5.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14822	1773	17	0	37	0	0	logfile
✘	7PBQ	13299	2025-06-27	2021-08-02	3.1	3.08	—	3.0	0.004	0.72	0.0	0.04	14.86	0.01	1.821	1.53	0.19	1.2	98.8	0.0	-0.62	0.81	0.84	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31323	1918	15	30	10	0	15439	logfile

• ← previous
• Page 27 of 40
• next →