Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7RoZ	24610	2025-06-06	2021-08-02	3.1	3.60	—	3.3	0.003	0.54	0.0	0.04	13.57	0.01	2.064	11.67	0.00	6.8	93.2	0.0	-1.53	0.82	0.75	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7774	1064	2	0	1	0	0	logfile
✘	7FiG	31596	2025-06-12	2021-07-31	3.9	4.18	—	4.1	0.007	1.11	0.0	0.06	13.42	0.01	2.011	3.48	0.00	5.3	94.7	0.0	-2.06	0.65	0.76	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12839	1632	10	0	5	0	0	logfile
✘	7FFF	31567	2025-06-28	2021-07-23	3.0	3.22	—	3.2	0.011	1.05	4.0	0.07	9.59	0.01	1.924	5.51	0.40	6.6	93.2	0.1	-3.27	0.49	0.80	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34356	4448	24	0	4	0	0	logfile
✘	7FEB	31551	2025-06-20	2021-07-19	2.11	2.54	—	2.6	0.004	0.65	0.0	0.05	15.91	0.01	2.211	11.24	0.30	1.5	98.5	0.0	0.07	0.75	0.82	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24075	3024	9	0	0	0	0	logfile
✘	7F9W	31499	2025-06-04	2021-07-05	3.2	3.72	—	3.6	0.005	0.68	0.0	0.04	12.99	0.00	2.114	9.28	0.63	4.5	95.5	0.0	0.24	0.76	0.80	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4217	547	3	0	0	0	0	logfile
✘	7P1G	13158	2025-06-24	2021-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28580	3620	30	5	25	0	0	logfile
✘	7P1H	13159	2025-06-12	2021-07-01	3.9	4.12	—	3.9	0.005	1.01	0.0	0.05	14.38	0.01	2.016	12.38	0.00	5.7	94.3	0.0	-1.60	0.81	0.60	0.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13966	898	4	0	2	0	6926	logfile
✘	7oZU	13135	2025-06-07	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7oZV	13138	2025-06-07	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7R77	24294	2025-06-13	2021-06-24	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14980	1830	4	25	5	0	0	logfile
✘	7R76	24292	2025-06-13	2021-06-24	3.2	3.43	—	3.3	0.008	1.02	1.0	0.06	14.99	0.01	1.995	12.70	0.38	9.0	91.0	0.0	-2.71	0.74	0.79	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14500	1834	2	0	5	0	0	logfile
✘	7R78	24295	2025-06-14	2021-06-24	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15238	1880	4	18	8	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2025-06-04	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7NAF	24271	2025-06-16	2021-06-21	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18868	1341	17	378	1	2	0	logfile
✘	7N9B	24255	2025-06-21	2021-06-17	3.8	3.45	—	3.5	0.013	1.42	3.0	0.10	13.97	0.01	2.070	14.41	0.07	3.1	96.9	0.0	-0.41	0.70	0.83	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24575	3197	5	0	0	0	0	logfile
✘	7oTP	13064	2025-06-25	2021-06-10	3.4	3.69	—	3.6	0.007	0.87	0.0	0.05	14.61	0.01	2.017	14.76	0.16	8.6	91.2	0.2	-1.62	0.80	0.80	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29039	3636	2	0	23	0	0	logfile
✘	7N76	24221	2025-06-06	2021-06-09	2.9	3.57	2.96	3.3	0.005	0.64	0.0	0.07	12.16	0.00	2.074	5.80	0.00	3.3	96.7	0.0	0.22	0.70	0.83	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7399	1036	2	0	0	3	0	logfile
✘	7N64	24193	2025-06-06	2021-06-07	4.2	3.94	—	3.9	0.009	1.09	0.0	0.06	15.98	0.01	2.157	36.86	1.78	20.8	78.9	0.3	-3.80	0.65	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7189	906	7	0	7	0	0	logfile
✘	7oQC	13029	2025-06-29	2021-06-03	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35050	3078	19	568	53	0	0	logfile
✘	7EZ2	31386	2025-06-07	2021-06-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8698	0	4	406	31	0	0	logfile

• ← previous
• Page 28 of 40
• next →