Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7N33	24137	2025-06-14	2021-05-31	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16524	2076	12	12	0	0	0	logfile
✘	7N1T	24122	2025-06-24	2021-05-28	3.11	2.80	—	2.2	0.015	1.87	13.0	0.11	16.47	0.01	1.917	6.01	0.96	6.0	93.3	0.7	-1.65	0.83	0.82	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27717	3345	39	0	114	0	0	logfile
✘	7EWR	31363	2025-06-29	2021-05-26	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25779	2516	6	0	0	0	6804	logfile
✘	7EWL	31351	2025-06-12	2021-05-25	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13784	994	2	0	0	0	6756	logfile
✘	7EWP	31360	2025-06-21	2021-05-25	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20179	1816	4	0	0	0	6804	logfile
✘	7oMM	12990	2025-06-12	2021-05-24	3.4	3.84	—	3.8	0.010	1.47	6.0	0.10	18.84	0.01	1.818	12.01	16.45	9.3	90.2	0.5	-2.70	0.49	0.47	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13981	1794	4	0	0	0	0	logfile
✘	7MYo	24082	2025-06-09	2021-05-21	2.92	3.27	2.90	3.3	0.005	0.89	0.0	0.05	15.19	0.01	2.225	9.92	0.59	5.9	94.1	0.0	-1.97	0.57	0.66	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10634	1278	3	0	1	0	0	logfile
✘	7EV9	31325	2025-06-26	2021-05-20	2.6	3.08	2.69	3.0	0.007	0.88	0.0	0.06	13.75	0.01	1.593	3.49	0.00	4.4	95.6	0.0	-3.14	0.64	0.84	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17220	2142	15	0	24	0	0	logfile
✘	7MVU	24056	2025-06-22	2021-05-15	3.77	4.87	3.72	4.0	0.002	0.36	0.0	0.03	6.38	0.00	2.187	3.55	0.00	1.1	98.9	0.0	-0.33	0.85	0.73	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25645	1604	2	0	0	0	12841	logfile
✘	7MTE	23984	2025-06-18	2021-05-13	3.2	2.75	3.05	3.1	0.005	0.84	0.0	0.06	9.70	0.01	2.298	2.16	0.04	4.5	95.5	0.0	-3.17	0.74	0.84	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20612	2568	20	0	42	0	0	logfile
✘	7oE3	12860	2025-06-10	2021-05-01	3.35	4.05	3.43	3.4	0.004	0.52	0.0	0.04	15.39	0.00	2.179	5.99	3.39	8.2	91.8	0.0	-2.02	0.92	0.87	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11904	1478	2	0	2	0	0	logfile
✘	7Mo8	23920	2025-06-09	2021-05-01	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9877	1250	3	0	6	0	0	logfile
✘	7MoA	23922	2025-06-11	2021-05-01	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12511	1580	5	0	12	0	0	logfile
✘	7Mo9	23921	2025-06-08	2021-05-01	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9755	1247	4	0	6	0	0	logfile
✘	7Mo7	23919	2025-06-16	2021-05-01	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18135	2329	5	0	6	0	0	logfile
✘	7EPA	31235	2025-06-14	2021-04-26	3.6	4.08	—	3.9	0.002	0.48	0.0	0.04	11.03	0.00	2.274	5.74	0.00	3.3	96.7	0.0	-1.51	0.60	0.70	1.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10635	1564	2	0	0	0	0	logfile
✘	7EoR	31228	2025-06-21	2021-04-22	4.0	4.40	—	4.1	0.002	0.45	0.0	0.04	9.48	0.00	2.227	7.42	1.64	3.2	96.8	0.0	0.66	0.86	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24204	3030	8	0	16	0	0	logfile
✘	7Mi5	23840	2025-06-13	2021-04-16	3.57	3.95	—	3.9	0.010	1.60	4.0	0.06	21.22	0.01	1.662	35.40	11.95	9.4	90.5	0.1	-2.45	0.68	0.65	0.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15469	1785	14	60	7	0	0	logfile
✘	7Mi3	23838	2025-06-08	2021-04-16	3.5	3.72	3.45	3.6	0.012	1.47	0.0	0.08	13.20	0.01	1.978	5.17	1.94	6.8	92.8	0.3	-1.80	0.85	0.86	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9682	1192	2	0	4	0	0	logfile
✘	7MHS	23835	2025-06-18	2021-04-15	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21148	2652	11	0	48	0	0	logfile

• ← previous
• Page 29 of 40
• next →