Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7M71	23707	2025-06-05	2021-03-26	2.66	3.67	2.73	3.0	0.013	1.87	5.0	0.11	12.98	0.02	2.531	0.08	0.41	5.0	95.0	0.0	-0.93	0.52	0.79	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6646	852	6	0	4	0	0	logfile
✘	7M6N	23701	2025-06-13	2021-03-26	2.61	3.47	2.67	3.2	0.009	1.28	0.0	0.08	11.87	0.01	2.228	4.91	0.31	1.7	98.3	0.0	0.23	0.86	0.85	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14700	1810	15	0	5	0	0	logfile
✘	7NV0	12601	2025-06-08	2021-03-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9928	1180	7	53	1	0	0	logfile
✘	7LYT	23601	2025-06-13	2021-03-08	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14354	712	6	92	6	0	6722	logfile
✘	7LX5	23566	2025-06-04	2021-03-03	3.44	3.85	3.41	3.9	0.005	0.62	0.0	0.04	10.10	0.00	2.198	4.72	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.46	0.71	0.81	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3485	448	3	0	0	0	0	logfile
✘	7NK1	12428	2025-06-24	2021-02-17	4.22	4.30	—	4.0	0.004	0.69	0.0	0.04	14.32	0.01	1.907	9.03	0.19	4.3	95.7	0.0	-0.71	0.46	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28747	1791	6	23	0	0	13868	logfile
✘	7LS9	23506	2025-06-27	2021-02-17	3.42	3.90	3.53	3.8	0.005	0.90	9.0	0.06	12.84	0.01	2.232	4.37	0.00	3.0	97.0	0.0	-0.75	0.81	0.75	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32226	4002	33	0	75	0	0	logfile
✘	7LQ6	23482	2025-06-05	2021-02-13	3.28	4.07	3.15	3.5	0.005	0.76	0.0	0.05	15.77	0.00	1.987	9.45	1.41	5.5	94.4	0.2	-4.83	0.90	0.85	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5267	672	1	0	0	0	0	logfile
✘	7NH9	12321	2025-06-11	2021-02-10	3.03	3.58	—	3.4	0.007	0.80	0.0	0.04	14.80	0.00	2.236	12.71	3.31	11.7	88.3	0.0	-2.35	0.75	0.84	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13120	1635	5	0	0	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2025-06-17	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	7NFD	12300	2025-06-11	2021-02-06	3.51	3.83	—	3.8	0.009	1.34	1.0	0.05	16.11	0.00	2.071	25.27	0.37	15.9	84.0	0.1	-5.50	0.62	0.81	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12394	1582	9	0	5	0	0	logfile
✘	7LKF	23405	2025-06-04	2021-02-02	2.9	2.97	—	3.0	0.005	0.67	0.0	0.05	12.76	0.01	2.101	5.26	0.00	4.6	95.4	0.0	-0.59	0.70	0.83	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4139	511	4	0	2	0	0	logfile
✘	7BoF	12241	2025-06-28	2021-01-25	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32814	1238	13	1070	129	0	0	logfile
✘	7NAS	12246	2025-06-27	2021-01-25	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32390	1454	15	974	43	0	0	logfile
✘	7BoD	12239	2025-06-28	2021-01-25	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33389	1289	14	1078	101	0	0	logfile
✘	7BoG	12242	2025-06-28	2021-01-25	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33589	1336	16	1071	105	0	0	logfile
✘	7LGJ	23325	2025-06-23	2021-01-20	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27277	3492	16	0	24	0	185	logfile
✘	7LGQ	23328	2025-06-24	2021-01-20	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27718	3508	16	0	16	0	402	logfile
✘	7DWZ	30890	2025-06-21	2021-01-18	3.3	3.37	—	3.3	0.013	1.47	0.0	0.09	17.98	0.01	1.909	25.24	12.63	10.2	86.4	3.5	-4.12	0.70	0.75	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24598	3019	28	0	71	0	0	logfile
✘	7LB8	23251	2025-06-09	2021-01-07	3.4	3.48	—	3.5	0.002	0.62	1.0	0.04	14.95	0.00	2.093	9.76	2.66	4.7	95.0	0.3	-1.98	0.58	0.72	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10439	1405	4	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 30 of 40
• next →