Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7DTV	30855	2025-06-10	2021-01-06	3.5	3.53	—	3.5	0.009	1.03	0.0	0.07	14.96	0.01	2.189	5.29	0.00	9.8	90.1	0.1	-4.67	0.75	0.83	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11276	1560	10	0	22	0	0	logfile
✘	7DSK	30835	2025-06-06	2020-12-31	2.9	3.17	—	3.2	0.011	1.14	0.0	0.49	23.27	0.01	1.969	4.94	0.63	8.2	91.3	0.5	-3.42	0.69	0.86	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7524	935	8	0	12	12	0	logfile
✘	7DSL	30837	2025-06-06	2020-12-31	2.9	3.28	—	3.2	0.013	1.28	0.0	0.49	22.64	0.01	2.055	6.20	1.14	9.1	90.0	0.9	-3.74	0.70	0.86	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7522	935	8	0	12	8	0	logfile
✘	7DPW	30811	2025-06-15	2020-12-21	2.65	2.76	2.62	2.7	0.008	0.80	0.0	0.05	19.09	0.01	2.044	9.27	7.41	6.1	93.7	0.2	-3.36	0.73	0.82	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17812	2224	12	0	16	32	0	logfile
✘	7L1U	23118	2025-06-07	2020-12-15	3.2	3.71	—	3.7	0.011	1.00	0.0	0.06	13.51	0.01	2.202	3.03	0.78	3.6	96.4	0.0	-3.21	0.67	0.85	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8723	1148	7	0	1	0	0	logfile
✘	7KYA	23073	2025-06-11	2020-12-07	3.5	3.62	—	3.6	0.006	0.66	0.0	0.05	14.65	0.00	1.508	13.49	1.03	7.2	92.6	0.1	-3.21	0.65	0.80	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12656	1545	8	0	17	0	0	logfile
✘	7B6E	12053	2025-06-04	2020-12-07	4.5	2.79	—	5.1	0.005	1.03	0.0	0.05	15.04	0.01	2.129	36.05	0.00	10.9	89.1	0.0	-3.88	0.62	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2205	269	1	0	0	0	0	logfile
✘	7KYB	23074	2025-06-10	2020-12-07	3.2	3.39	—	3.4	0.012	1.24	0.0	0.05	17.75	0.00	1.917	12.45	8.04	7.9	91.9	0.2	-2.75	0.69	0.86	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10814	1322	7	0	14	0	0	logfile
✘	7DF8	30662	2025-06-06	2020-11-06	3.03	3.18	—	3.3	0.006	0.91	0.0	0.06	14.53	0.02	1.986	10.20	0.26	4.8	95.2	0.0	-4.03	0.55	0.81	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7505	918	5	0	20	0	0	logfile
✘	7KJW	22900	2025-06-07	2020-10-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8561	949	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJX	22901	2025-06-07	2020-10-26	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8589	948	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJV	22899	2025-06-07	2020-10-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8361	941	5	44	2	0	0	logfile
✘	7DCR	30640	2025-06-05	2020-10-26	3.15	3.27	—	3.2	0.005	0.89	1.0	0.06	10.49	0.01	2.260	4.10	0.63	3.0	96.7	0.3	-4.71	0.66	0.78	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5653	711	2	0	0	0	0	logfile
✘	7ARM	11887	2025-06-10	2020-10-25	3.6	3.73	—	3.7	0.003	0.70	0.0	0.05	13.16	0.01	2.328	2.77	0.17	4.8	95.2	0.0	-5.79	0.68	0.72	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10971	1438	7	0	2	0	0	logfile
✘	7KiN	22888	2025-06-25	2020-10-23	2.74	3.34	—	3.3	0.016	1.06	0.0	0.07	18.37	0.01	2.047	3.35	7.82	5.9	94.1	0.0	-2.52	0.69	0.80	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29379	3509	11	103	3	0	0	logfile
✘	7KHF	22879	2025-06-10	2020-10-21	3.54	3.94	3.73	4.0	0.010	1.00	7.0	0.07	13.72	0.01	2.179	7.42	0.94	5.7	94.2	0.1	-0.56	0.79	0.86	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11559	1516	12	0	10	0	0	logfile
✘	7KDP	22828	2025-06-14	2020-10-09	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15844	1914	6	0	34	0	0	logfile
✘	7KC0	22803	2025-06-17	2020-10-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19553	2334	10	47	4	0	0	logfile
✘	7D77	30603	2025-06-08	2020-10-03	2.9	3.25	—	3.2	0.008	0.78	0.0	0.06	13.72	0.00	2.107	8.48	0.21	3.7	96.3	0.0	-2.58	0.62	0.80	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8785	1105	7	0	7	1	0	logfile
✘	7K9J	22750	2025-06-26	2020-09-29	3.0	3.59	3.08	3.5	0.005	0.88	1.0	0.06	20.83	0.01	2.084	8.81	0.57	3.8	96.2	0.0	-0.88	0.73	0.78	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29766	3627	54	0	111	0	0	logfile

• ← previous
• Page 31 of 40
• next →