Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7AiP	11801	2025-06-12	2020-09-28	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13535	1734	10	0	14	4	0	logfile
✘	7D4P	30575	2025-06-20	2020-09-24	2.7	3.03	2.85	3.0	0.007	0.80	0.0	0.04	13.90	0.00	2.269	4.62	0.67	1.2	98.8	0.0	2.42	0.58	0.76	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22472	2676	8	0	28	0	0	logfile
✘	7D43	30568	2025-06-26	2020-09-22	4.3	4.40	—	4.3	0.006	0.99	0.0	0.05	14.62	0.01	2.018	28.49	0.31	18.3	81.6	0.1	-6.11	0.83	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31009	4347	14	0	0	0	0	logfile
✘	7AFo	11772	2025-06-29	2020-09-19	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34134	1691	16	971	20	0	0	logfile
✘	7AFi	11766	2025-06-28	2020-09-19	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33803	1387	14	1066	46	0	0	logfile
✘	7AFL	11769	2025-06-29	2020-09-19	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34322	1487	15	1054	25	0	0	logfile
✘	7K5Y	22684	2025-06-17	2020-09-17	2.76	3.18	—	3.1	0.004	0.65	0.0	0.04	27.04	0.00	2.108	7.00	0.00	1.4	98.6	0.0	1.74	0.77	0.81	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18258	1297	13	394	0	0	0	logfile
✘	7K3A	22654	2025-06-18	2020-09-10	4.2	4.49	—	4.2	0.005	0.86	0.0	0.05	14.88	0.00	2.053	12.86	0.17	5.1	94.9	0.0	-0.62	0.85	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	2691	27	0	54	0	0	logfile
✘	7K21	22639	2025-06-10	2020-09-08	3.0	3.25	—	3.1	0.008	0.87	0.0	0.06	10.39	0.01	2.066	5.07	0.00	2.5	97.5	0.0	-4.23	0.72	0.87	4.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11848	1488	8	0	16	0	0	logfile
✘	7JZW	22582	2025-06-21	2020-09-02	3.2	2.44	—	3.2	0.010	0.97	0.0	0.05	17.32	0.01	2.237	5.94	0.13	6.9	93.0	0.0	-3.86	0.85	0.84	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24266	2986	11	61	0	0	0	logfile
✘	7JVR	22511	2025-06-07	2020-08-22	2.8	2.21	—	2.0	0.005	0.85	0.0	0.05	8.95	0.01	2.235	4.75	0.00	2.8	97.2	0.0	-0.85	0.74	0.74	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8872	1126	6	0	1	0	0	logfile
✘	7JPP	22418	2025-06-13	2020-08-09	3.7	3.83	—	3.8	0.007	1.18	0.0	0.06	15.66	0.01	2.061	3.35	0.00	1.6	98.4	0.0	-1.90	0.72	0.78	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14872	1816	7	0	4	0	0	logfile
✘	7CP9	30421	2025-06-07	2020-08-06	3.0	3.22	—	3.2	0.007	1.24	0.0	0.04	17.40	0.00	2.183	8.57	7.05	6.5	93.5	0.0	-2.50	0.57	0.74	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8530	1021	16	0	11	0	0	logfile
✘	6ZY9	11555	2025-06-13	2020-07-30	3.3	3.42	—	3.4	0.004	0.81	0.0	0.05	13.73	0.01	2.174	2.45	0.25	4.7	95.3	0.0	-5.76	0.62	0.71	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14973	1985	14	0	4	0	0	logfile
✘	6XPE	22286	2025-06-04	2020-07-08	4.1	4.23	—	4.2	0.021	0.91	0.0	0.04	14.30	0.00	1.492	20.11	2.08	10.6	88.1	1.3	-5.36	0.60	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4292	554	4	0	8	0	0	logfile
✘	6XN5	22268	2025-06-15	2020-07-02	2.97	3.38	—	3.3	0.007	1.14	0.0	0.06	15.71	0.01	2.211	5.57	0.06	7.4	92.6	0.0	-3.03	0.74	0.80	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17400	2099	8	32	0	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2025-06-10	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.12	—	—	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.86	—	—	—	2.00	10791	1397	4	0	2	0	0	logfile
✘	6XLH	22244	2025-06-12	2020-06-28	2.83	2.93	—	2.9	0.001	0.39	0.0	0.04	7.61	0.00	2.093	5.99	0.13	1.5	98.5	0.0	-3.84	0.73	0.80	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13608	1675	6	0	6	0	0	logfile
✘	6XLC	22239	2025-06-08	2020-06-28	3.66	3.01	—	3.7	0.003	0.52	0.0	0.04	12.92	0.00	2.079	6.07	0.00	1.6	98.4	0.0	-2.69	0.66	0.64	1.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9858	1212	4	0	4	0	0	logfile
✘	6ZGD	11202	2025-06-08	2020-06-18	4.1	4.30	4.01	4.2	0.006	0.62	0.0	0.05	10.93	0.01	2.137	10.94	0.61	4.6	95.4	0.0	-1.11	0.74	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10175	1440	5	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 32 of 40
• next →