Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7CCR	30340	2025-06-25	2020-06-17	4.9	6.57	—	4.8	0.007	0.96	0.0	0.06	24.75	0.01	1.593	7.02	0.11	4.4	95.6	0.0	-2.64	0.83	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29722	2202	22	588	0	0	0	logfile
✘	6ZDG	11173	2025-06-24	2020-06-14	4.7	4.97	—	4.8	0.004	0.51	0.0	0.04	9.08	0.00	1.891	7.24	2.41	3.9	96.1	0.0	0.05	0.71	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28548	1884	12	0	3	0	13995	logfile
✘	6ZD0	11172	2025-06-06	2020-06-13	4.6	4.62	2.79	3.7	0.004	0.91	0.0	0.05	7.55	0.00	2.207	10.05	0.00	10.1	89.8	0.1	-4.73	0.59	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7962	1611	6	0	0	0	0	logfile
✘	6ZBH	11155	2025-06-17	2020-06-08	3.6	4.44	3.79	3.9	0.010	1.21	0.0	0.08	13.65	0.01	2.465	0.97	0.00	1.0	99.0	0.0	0.82	0.86	0.76	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19523	1159	4	0	0	0	9896	logfile
✘	7C7A	30297	2025-06-23	2020-05-24	2.8	3.32	—	3.1	0.004	0.58	0.0	0.04	18.47	0.00	2.157	8.79	0.04	5.9	94.0	0.1	-2.84	0.79	0.71	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27500	2519	16	339	4	0	0	logfile
✘	6X2C	22001	2025-06-19	2020-05-20	3.2	3.70	3.21	3.6	0.013	1.81	6.0	0.09	13.39	0.02	2.550	0.20	3.17	5.3	94.4	0.3	-1.74	0.79	0.81	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22800	2913	3	0	0	0	0	logfile
✘	6Z16	11027	2025-06-25	2020-05-12	2.98	2.98	—	3.1	0.008	1.13	0.0	0.06	13.19	0.01	2.238	3.49	0.10	4.5	95.5	0.0	-2.64	0.73	0.83	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30250	3744	24	0	30	0	0	logfile
✘	6WW7	21929	2025-06-14	2020-05-08	3.4	3.55	3.33	3.5	0.005	0.58	0.0	0.04	15.89	0.00	2.145	6.99	2.92	2.9	97.1	0.0	-2.34	0.76	0.84	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16576	2060	13	0	20	0	0	logfile
✘	6WVR	21924	2025-06-22	2020-05-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WVL	21922	2025-06-22	2020-05-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WVM	21923	2025-06-22	2020-05-06	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WU6	21906	2025-06-19	2020-05-04	3.6	3.59	—	3.7	0.038	2.18	0.0	0.11	16.34	0.01	2.228	26.53	1.34	13.1	86.9	0.0	-4.47	0.51	0.64	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21969	2781	21	0	18	0	0	logfile
✘	6WTD	21894	2025-06-07	2020-05-02	4.2	4.24	—	4.2	0.007	1.17	0.0	0.06	15.33	0.01	2.208	7.39	0.86	7.2	92.8	0.0	-6.31	0.56	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9139	1233	16	0	0	0	0	logfile
✘	6WMT	21852	2025-06-27	2020-04-21	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31942	3741	17	118	150	0	11	logfile
✘	6YPU	10869	2025-06-27	2020-04-16	2.9	2.97	2.78	2.9	0.012	0.99	0.0	0.06	23.55	0.01	1.849	6.04	11.02	9.3	90.5	0.2	-3.96	0.78	0.85	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33322	1496	17	1040	60	0	0	logfile
✘	7BWA	30231	2025-06-10	2020-04-14	4.9	5.10	4.73	4.8	0.004	0.77	0.0	0.05	15.31	0.00	1.970	41.05	0.00	13.4	86.6	0.0	-4.15	0.80	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11670	1444	4	0	0	0	0	logfile
✘	7BW7	30229	2025-06-07	2020-04-13	4.1	4.55	4.25	4.4	0.008	1.06	0.0	0.06	16.20	0.01	2.050	40.13	0.00	23.4	76.6	0.0	-5.62	0.73	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8824	1091	3	0	0	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2025-06-16	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.87	—	—	—	—	18362	3700	2	0	0	0	0	logfile
✘	7BoZ	30137	2025-06-16	2020-03-20	3.8	3.72	—	3.7	0.010	1.85	0.0	0.08	13.23	0.01	2.141	11.02	1.32	13.1	85.3	1.5	-5.40	0.70	0.77	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18516	2328	18	0	0	0	0	logfile
✘	6YBS	10772	2025-06-24	2020-03-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28732	2330	21	501	30	0	0	logfile

• ← previous
• Page 33 of 40
• next →