cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# other	# water	# H	Logfile
✘	8JX8	36692	2024-07-23	2023-06-30	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23459	2880	32	100	0	0	logfile
✘	8JXi	36702	2024-07-20	2023-06-30	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11506	1421	11	53	0	0	logfile
✘	8TCF	41153	2024-07-19	2023-06-30	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7050	878	9	22	0	0	logfile
✘	8PN8	17778	2024-07-26	2023-06-30	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34298	4314	36	12	866	0	logfile
✘	8JXA	36694	2024-07-20	2023-06-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11889	1439	13	61	0	0	logfile
✘	8JXE	36698	2024-07-24	2023-06-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23977	2947	32	102	0	0	logfile
✘	8JXB	36695	2024-07-20	2023-06-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10971	1374	9	48	0	0	logfile
✘	8JXF	36699	2024-07-20	2023-06-30	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9618	1162	11	57	0	0	logfile
✘	8TC3	41151	2024-07-18	2023-06-29	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4129	542	5	1	17	0	logfile
✘	8PM6	17758	2024-07-19	2023-06-28	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7029	872	2	9	0	0	logfile
✘	8JVH	36674	2024-07-20	2023-06-28	3.19	3.79	3.33	3.7	0.005	0.78	0.0	0.05	9.56	0.00	2.195	2.24	0.18	8.6	91.4	0.0	-4.48	0.65	0.74	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9699	1205	1	0	0	0	logfile
✘	8JVM	36677	2024-07-18	2023-06-28	3.86	4.13	3.89	3.9	0.006	1.08	1.0	0.06	14.54	0.01	2.138	27.03	1.75	16.3	82.1	1.6	-3.56	0.64	0.54	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3726	498	3	0	0	0	logfile
✘	8JV5	36668	2024-07-19	2023-06-27	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7480	949	6	12	0	0	logfile
✘	8TAi	41136	2024-07-23	2023-06-27	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23516	1448	4	9	0	11607	logfile
✘	8JUY	36666	2024-07-24	2023-06-27	4.34	4.24	4.46	4.2	0.005	0.86	0.0	0.05	15.36	0.01	1.353	19.63	0.15	8.7	91.2	0.1	-1.58	0.73	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24554	3069	11	6	0	0	logfile
✘	8TAL	41137	2024-07-23	2023-06-27	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23516	1448	4	9	0	11607	logfile
✘	8JV6	36669	2024-07-19	2023-06-27	3.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7458	948	6	15	0	0	logfile
✘	8TAG	41134	2024-07-23	2023-06-27	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23516	1448	4	9	0	11607	logfile
✘	8TA5	41129	2024-07-22	2023-06-26	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19775	1250	4	2	0	10041	logfile
✘	8PKD	17735	2024-07-18	2023-06-26	2.33	2.42	2.31	2.4	0.003	0.44	0.0	0.04	15.00	0.00	2.246	3.95	0.00	2.7	97.3	0.0	1.55	0.65	0.81	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4844	600	8	0	16	0	logfile