Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8R8T	19009	2024-08-02	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8V48	42968	2024-08-09	2023-11-28	3.68	4.24	3.86	3.7	0.006	0.73	0.0	0.05	11.86	0.01	2.235	4.98	2.49	2.7	97.3	0.0	-0.34	0.81	0.70	1.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25334	3141	15	0	6	0	0	logfile
✘	8X8N	38150	2024-08-06	2023-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17358	1133	7	0	2	0	8589	logfile
✘	8X64	38079	2024-08-02	2023-11-20	3.4	4.16	3.79	4.1	0.006	0.79	1.0	0.05	14.11	0.01	2.290	13.75	0.42	7.5	92.5	0.0	-0.76	0.45	0.61	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2189	263	2	0	1	0	0	logfile
✘	8X4Z	38056	2024-08-09	2023-11-16	3.49	3.81	3.57	3.8	0.005	0.82	0.0	0.06	21.37	0.01	2.094	12.13	0.50	7.7	92.3	0.1	-1.62	0.78	0.82	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25839	3192	24	0	66	0	0	logfile
✘	8R57	18903	2024-08-09	2023-11-16	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25048	1878	29	458	28	357	0	logfile
✘	8X2H	38010	2024-08-07	2023-11-09	2.9	3.07	2.88	3.0	0.005	0.85	1.0	0.05	20.16	0.00	2.037	16.30	13.38	8.7	91.1	0.2	-4.22	0.60	0.58	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19088	2363	2	0	1	0	0	logfile
✘	8X2L	38016	2024-08-03	2023-11-09	2.99	2.32	2.96	3.0	0.006	0.80	0.0	0.05	13.83	0.01	2.102	3.36	0.14	2.6	97.4	0.0	-0.31	0.74	0.76	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7099	885	6	0	9	1	0	logfile
✘	8R34	18860	2024-08-03	2023-11-08	2.62	2.82	2.62	2.9	0.004	0.65	0.0	0.04	19.66	0.00	2.167	7.50	2.41	2.3	97.7	0.0	0.34	0.62	0.83	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7762	970	6	0	14	62	0	logfile
✘	8UW3	42637	2024-08-05	2023-11-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12005	1265	4	73	1	0	0	logfile
✘	8QYL	18757	2024-08-07	2023-10-26	2.67	3.11	2.73	3.0	0.003	0.52	0.0	0.04	13.75	0.01	2.225	3.90	0.00	2.3	97.7	0.0	0.91	0.77	0.87	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20997	2675	13	0	19	0	0	logfile
✘	8URU	42501	2024-08-03	2023-10-26	3.7	3.90	3.70	3.9	0.005	0.98	1.0	0.05	21.44	0.01	2.058	21.18	3.21	10.9	88.1	0.9	-2.97	0.70	0.74	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8895	1001	6	43	1	0	0	logfile
✘	8WUV	37861	2024-08-08	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18899	1779	6	213	0	0	0	logfile
✘	8WUT	37859	2024-08-08	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18316	1766	6	190	0	0	0	logfile
✘	8WUS	37858	2024-08-08	2023-10-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18358	1766	6	192	0	0	0	logfile
✘	8UNo	42411	2024-08-03	2023-10-19	3.3	3.74	3.50	3.7	0.005	0.67	0.0	0.04	13.45	0.00	2.236	5.25	0.17	2.1	97.9	0.0	1.15	0.59	0.82	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6489	894	6	0	2	0	0	logfile
✘	8UNS	42415	2024-08-03	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8UMY	42388	2024-08-08	2023-10-18	2.83	3.06	2.93	3.1	0.003	0.63	1.0	0.04	15.23	0.01	2.080	6.09	2.34	2.2	97.8	0.0	-1.84	0.69	0.83	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2647	15	47	9	0	0	logfile
✘	8UKM	42355	2024-08-09	2023-10-14	4.2	4.65	4.50	4.5	0.004	0.75	0.0	0.05	13.15	0.01	2.220	21.35	0.00	4.5	95.5	0.0	0.17	0.81	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26184	3528	24	0	0	0	0	logfile
✘	8WQH	37745	2024-08-11	2023-10-11	3.44	3.76	3.60	3.7	0.003	0.54	0.0	0.04	14.59	0.00	2.051	8.46	0.00	5.1	94.9	0.0	-0.88	0.78	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24811	3091	14	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 39
• next →