Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8UKM	42355	2024-08-09	2023-10-14	4.2	4.65	4.50	4.5	0.004	0.75	0.0	0.05	13.15	0.01	2.220	21.35	0.00	4.5	95.5	0.0	0.17	0.81	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26184	3528	24	0	0	0	0	logfile
✘	8WQH	37745	2024-08-11	2023-10-11	3.44	3.76	3.60	3.7	0.003	0.54	0.0	0.04	14.59	0.00	2.051	8.46	0.00	5.1	94.9	0.0	-0.88	0.78	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24811	3091	14	0	6	0	0	logfile
✘	8WPF	37715	2024-08-06	2023-10-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16896	1908	11	73	1	0	0	logfile
✘	8WPE	37714	2024-08-06	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16745	1898	11	69	1	0	0	logfile
✘	8WPK	37717	2024-08-06	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16854	1909	11	70	1	0	0	logfile
✘	8QSN	18637	2024-08-02	2023-10-10	3.54	4.23	3.52	4.0	0.002	0.48	0.0	0.03	10.37	0.00	2.269	4.15	3.75	3.5	96.5	0.0	2.22	0.55	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3579	464	1	0	0	0	0	logfile
✘	8WoZ	37703	2024-08-02	2023-10-08	3.25	2.47	3.32	2.2	0.003	0.70	1.0	0.04	16.32	0.01	2.147	10.00	0.15	5.8	94.2	0.0	-0.58	0.75	0.72	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6244	768	3	0	1	0	0	logfile
✘	8WNS	37671	2024-08-03	2023-10-06	3.42	3.80	3.55	3.7	0.003	0.65	0.0	0.04	16.66	0.00	2.207	10.68	0.39	4.0	96.0	0.0	1.29	0.64	0.77	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7226	924	3	0	4	0	0	logfile
✘	8QQZ	18609	2024-08-04	2023-10-06	2.63	2.79	2.65	2.8	0.013	1.53	0.0	0.08	15.82	0.02	2.182	4.98	2.34	0.8	99.2	0.0	-1.99	0.72	0.90	4.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11871	1360	15	0	56	195	0	logfile
✘	8UF0	42181	2024-08-09	2023-10-03	2.02	2.34	2.08	2.2	0.007	0.76	0.0	0.05	17.50	0.01	0.013	4.38	0.54	1.8	98.2	0.0	0.09	0.84	0.89	5.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27000	3456	48	0	0	804	0	logfile
✘	8WLU	37632	2024-08-09	2023-10-01	2.87	2.89	2.77	2.8	0.005	0.82	0.0	0.06	18.01	0.01	1.919	5.60	2.22	2.5	97.5	0.0	0.13	0.84	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27438	3318	54	0	120	0	0	logfile
✘	8UBW	42107	2024-08-03	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	8UBX	42108	2024-08-03	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	8WFN	37497	2024-08-10	2023-09-19	4.48	5.02	4.85	4.5	0.003	0.70	0.0	0.05	15.00	0.01	2.228	7.72	5.17	3.7	96.1	0.1	-2.04	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29532	3573	8	0	0	0	0	logfile
✘	8U8B	42020	2024-08-09	2023-09-16	3.7	4.26	3.89	4.0	0.004	0.77	0.0	0.05	13.63	0.00	2.238	4.96	0.62	7.3	92.7	0.0	-2.19	0.73	0.63	1.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24694	3424	6	2	2	0	0	logfile
✘	8QHC	18407	2024-08-06	2023-09-07	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14829	1764	5	61	2	0	0	logfile
✘	8W9A	37362	2024-08-04	2023-09-05	2.7	2.81	2.62	2.8	0.008	0.80	0.0	0.05	10.21	0.01	2.156	13.98	0.18	5.4	94.6	0.0	-4.40	0.70	0.83	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10289	1245	3	0	1	2	0	logfile
✘	8W9D	37365	2024-08-09	2023-09-05	3.9	3.36	3.69	3.2	0.010	1.13	48.0	0.07	24.44	0.01	1.489	10.95	8.35	4.9	94.4	0.7	-2.31	0.67	0.59	0.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27990	2707	21	294	13	0	0	logfile
✘	8W9E	37366	2024-08-09	2023-09-05	3.6	3.10	3.72	3.0	0.013	0.97	17.0	0.06	23.12	0.01	1.013	14.93	3.59	5.8	93.5	0.6	-2.40	0.57	0.56	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27886	2697	20	294	8	0	0	logfile
✘	8QFS	18383	2024-08-05	2023-09-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13294	1576	4	61	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 39
• next →