Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8TZ3	41732	2024-08-09	2023-08-26	2.31	2.43	2.37	2.5	0.011	0.99	0.0	0.05	16.56	0.01	2.262	1.78	0.00	2.8	97.0	0.2	-3.08	0.62	0.80	5.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24810	1599	9	0	18	15	12165	logfile
✘	8TXR	41704	2024-08-07	2023-08-24	3.8	3.13	—	1.5	0.004	0.46	0.0	0.04	11.55	0.00	1.930	3.65	0.59	1.8	98.2	0.0	0.92	0.88	0.81	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19020	2388	20	0	0	0	0	logfile
✘	8Q8S	18259	2024-08-04	2023-08-18	2.68	2.07	2.67	2.3	0.011	2.11	3.0	0.10	9.52	0.01	2.513	0.47	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.68	0.30	0.74	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10611	684	9	0	0	0	5409	logfile
✘	8TVi	41643	2024-08-06	2023-08-18	3.2	3.45	3.22	3.5	0.012	1.27	0.0	0.06	10.01	0.01	1.868	1.14	0.00	2.4	97.6	0.0	0.52	0.76	0.87	4.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15324	2052	8	0	8	0	0	logfile
✘	8Q84	18246	2024-08-08	2023-08-17	3.15	3.94	3.45	3.5	0.003	0.74	0.0	0.04	15.74	0.00	2.054	12.03	0.58	2.3	97.6	0.1	3.51	0.69	0.85	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21802	3115	25	0	0	0	0	logfile
✘	8Q7L	18219	2024-08-02	2023-08-16	2.82	2.80	2.86	2.9	0.011	1.90	4.0	0.11	11.68	0.01	2.159	2.03	0.00	4.4	95.6	0.0	-2.15	0.34	0.80	5.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3375	441	6	0	0	0	0	logfile
✘	8KFX	37207	2024-08-03	2023-08-16	2.96	2.23	3.09	2.0	0.004	0.61	0.0	0.04	16.55	0.00	2.189	11.28	0.51	2.5	97.5	0.0	0.90	0.79	0.79	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9001	1139	6	0	1	0	0	logfile
✘	8TTB	41604	2024-08-08	2023-08-13	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21924	1376	5	0	2	0	10922	logfile
✘	8TTH	41608	2024-08-02	2023-08-13	3.54	3.67	3.52	3.7	0.003	0.69	0.0	0.04	16.67	0.00	2.174	12.41	0.20	2.9	97.1	0.0	0.88	0.60	0.75	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4620	603	3	0	0	0	0	logfile
✘	8ToA	41441	2024-08-09	2023-08-03	3.69	4.05	3.88	4.0	0.007	1.08	0.0	0.06	14.71	0.01	1.051	12.20	1.62	7.4	92.3	0.3	-2.84	0.71	0.63	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16570	2109	15	0	11	0	0	logfile
✘	8KA8	37006	2024-08-03	2023-08-02	2.96	2.36	3.03	2.2	0.003	0.64	0.0	0.04	13.59	0.00	2.017	5.93	0.15	6.2	93.8	0.0	-0.68	0.79	0.79	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6481	790	5	0	7	0	0	logfile
✘	8TNL	41422	2024-08-09	2023-08-02	3.62	3.85	3.61	3.8	0.004	0.84	0.0	0.05	14.39	0.01	2.215	5.48	0.06	5.1	94.9	0.0	-1.98	0.70	0.71	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16478	2112	12	0	7	0	0	logfile
✘	8K9K	36989	2024-08-03	2023-08-01	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8923	1142	8	0	2	0	0	logfile
✘	8K77	36935	2024-08-03	2023-07-26	3.11	3.30	—	3.4	0.008	0.99	0.0	0.05	16.52	0.00	2.160	9.40	0.00	3.3	96.7	0.0	0.80	0.60	0.79	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8192	1012	4	0	6	0	0	logfile
✘	8K6N	36924	2024-08-03	2023-07-25	3.2	2.28	3.18	2.1	0.004	0.66	0.0	0.05	13.23	0.00	2.211	11.71	0.10	5.7	94.3	0.0	0.15	0.71	0.69	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9291	1186	6	0	0	0	0	logfile
✘	8TJR	41309	2024-08-10	2023-07-24	3.29	3.62	3.35	3.6	0.005	0.77	0.0	0.05	15.51	0.00	2.196	2.72	0.10	5.0	95.0	0.0	-2.10	0.60	0.65	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18283	2196	25	0	78	0	0	logfile
✘	8K46	36878	2024-08-10	2023-07-17	3.37	3.91	3.31	3.6	0.007	0.93	2.0	0.07	19.29	0.02	2.197	18.65	6.08	11.2	87.1	1.7	-2.62	0.84	0.85	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28908	3620	21	0	49	0	0	logfile
✘	8PS1	17842	2024-08-10	2023-07-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29787	3781	5	0	4	0	0	logfile
✘	8K1M	36795	2024-08-03	2023-07-11	2.9	3.42	2.91	3.3	0.007	1.08	3.0	0.06	14.61	0.01	2.303	4.19	0.42	8.3	91.7	0.0	-1.85	0.62	0.86	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7148	951	4	0	2	0	0	logfile
✘	8K1D	36792	2024-08-02	2023-07-10	3.53	3.93	3.62	4.0	0.003	0.71	0.0	0.04	16.89	0.00	2.230	11.65	0.57	1.4	98.6	0.0	1.26	0.46	0.68	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4902	610	2	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 39
• next →