Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6Y9Z	10742	2024-08-06	2020-03-10	4.8	5.22	4.55	6.0	0.012	1.07	3.0	0.11	13.05	0.01	1.631	10.65	0.45	1.9	98.0	0.0	-0.96	0.71	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18418	2364	13	0	0	0	0	logfile
✘	6M4N	30079	2024-08-06	2020-03-07	3.8	4.04	—	3.8	0.009	1.17	0.0	0.06	11.94	0.01	2.164	7.82	0.73	10.9	88.9	0.2	-4.50	0.70	0.81	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17836	2254	10	0	2	0	0	logfile
✘	6W1X	21516	2024-08-08	2020-03-04	3.9	4.01	—	3.9	0.011	0.99	0.0	0.08	11.59	0.01	1.879	4.63	0.06	0.3	99.7	0.0	-0.99	0.75	0.72	0.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21735	2874	12	60	0	0	0	logfile
✘	6W17	21502	2024-08-09	2020-03-03	3.9	3.99	3.93	3.9	0.003	0.59	0.0	0.04	13.38	0.00	1.894	5.87	0.00	4.9	95.1	0.0	-3.15	0.87	0.82	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27396	3518	23	0	12	0	0	logfile
✘	6Y5L	10701	2024-08-02	2020-02-25	3.6	3.66	2.91	3.6	0.004	0.70	0.0	0.05	14.31	0.01	2.161	5.91	0.00	7.8	92.2	0.0	-2.14	0.67	0.72	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3855	477	9	0	3	0	0	logfile
✘	6VYB	21457	2024-08-08	2020-02-25	3.2	3.72	—	3.6	0.015	1.38	1.0	0.10	10.14	0.01	2.299	0.53	0.13	2.4	97.5	0.1	0.50	0.77	0.78	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22365	2875	18	0	59	0	0	logfile
✘	6M1D	30041	2024-08-08	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.005	1.20	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.67	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile
✘	6M17	30039	2024-08-09	2020-02-24	2.9	3.18	—	3.2	0.008	1.05	4.0	0.08	15.89	0.01	1.932	16.42	5.25	9.5	88.8	1.7	-5.89	0.57	0.62	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25344	3074	28	0	46	8	0	logfile
✘	6VTK	21380	2024-08-04	2020-02-12	2.82	3.35	—	3.3	0.005	0.82	0.0	0.05	9.13	0.01	2.287	3.10	0.00	3.2	96.8	0.0	-4.44	0.71	0.81	4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10686	1338	6	0	6	0	0	logfile
✘	6LX3	30004	2024-08-04	2020-02-10	3.15	3.29	3.08	3.2	0.016	1.20	0.0	0.07	15.57	0.01	2.266	5.25	1.40	10.5	89.5	0.0	-3.73	0.72	0.85	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11503	1490	6	0	0	0	0	logfile
✘	6VPC	21308	2024-08-06	2020-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16309	1633	9	154	5	0	0	logfile
✘	6LVD	0990	2024-08-09	2020-02-02	3.2	3.35	3.22	3.3	0.009	0.93	0.0	0.06	9.36	0.01	2.223	3.32	0.31	6.1	93.9	0.0	-3.48	0.80	0.87	4.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27628	3464	8	0	0	0	0	logfile
✘	6Voi	21265	2024-08-09	2020-01-30	4.03	3.85	—	3.9	0.005	0.95	0.0	0.05	15.35	0.01	2.142	13.49	0.24	7.7	92.0	0.3	-3.86	0.73	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27497	3575	14	0	5	0	0	logfile
✘	6VoG	21263	2024-08-09	2020-01-30	4.35	4.16	—	4.1	0.007	1.08	0.0	0.06	16.40	0.01	2.242	15.25	0.49	8.8	91.1	0.1	-3.94	0.75	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27137	3562	14	0	5	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2024-08-05	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.471	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	6XXD	10647	2024-08-05	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.647	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	6VKS	21228	2024-08-08	2020-01-22	3.02	3.41	—	3.4	0.007	0.89	0.0	0.05	15.55	0.01	1.946	8.72	0.00	3.2	96.8	0.0	-3.88	0.74	0.79	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24034	3131	6	0	18	0	0	logfile
✘	6VK3	21224	2024-08-03	2020-01-18	3.7	3.81	—	3.8	0.006	0.93	0.0	0.06	14.84	0.01	2.013	12.45	0.00	5.1	94.8	0.1	-2.61	0.68	0.80	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7784	954	3	0	7	0	0	logfile
✘	6LQH	0945	2024-08-06	2020-01-13	2.94	3.06	2.73	3.0	0.008	0.83	0.0	0.05	17.09	0.00	2.268	12.84	9.05	9.3	90.7	0.0	-2.73	0.72	0.85	3.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16623	2160	18	0	0	0	0	logfile
✘	6VGK	21197	2024-08-07	2020-01-08	3.1	3.32	—	3.4	0.020	1.84	0.0	0.09	9.91	0.01	2.394	0.31	0.00	3.4	95.8	0.8	-0.29	0.54	0.69	4.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19222	2513	14	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 33 of 39
• next →