Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZB5	11145	2024-08-09	2020-06-07	2.85	2.93	2.86	2.9	0.009	0.77	1.0	0.06	18.16	0.01	1.985	2.81	3.76	7.6	92.4	0.0	-3.22	0.77	0.85	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24499	3096	9	0	29	0	0	logfile
✘	7C8K	30306	2024-08-03	2020-06-02	3.2	3.18	—	3.1	0.002	0.51	0.0	0.05	13.49	0.00	2.001	4.88	0.00	3.2	96.8	0.0	-1.52	0.82	0.78	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4853	596	3	0	6	0	0	logfile
✘	7C8D	30305	2024-08-04	2020-05-29	3.0	2.79	—	2.8	0.003	0.53	0.0	0.04	17.37	0.00	1.998	9.03	6.05	3.6	96.4	0.0	-2.80	0.71	0.76	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6359	792	3	0	1	0	0	logfile
✘	7C79	30296	2024-08-09	2020-05-24	2.5	3.14	—	3.0	0.002	0.59	0.0	0.04	18.30	0.00	1.974	8.78	0.09	5.7	94.2	0.1	-2.99	0.74	0.68	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27324	2519	14	331	2	0	0	logfile
✘	7C7A	30297	2024-08-09	2020-05-24	2.8	3.32	—	3.1	0.002	0.58	0.0	0.04	18.47	0.00	2.157	8.79	0.04	5.9	94.0	0.1	-2.84	0.79	0.71	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27500	2519	16	339	4	0	0	logfile
✘	6X2C	22001	2024-08-08	2020-05-20	3.2	3.70	3.21	3.6	0.013	1.81	6.0	0.09	13.39	0.02	2.550	0.20	3.17	5.3	94.4	0.3	-1.74	0.79	0.81	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22800	2913	3	0	0	0	0	logfile
✘	7C2K	30275	2024-08-04	2020-05-07	2.93	3.24	3.00	3.1	0.007	0.67	0.0	0.04	15.54	0.00	2.256	7.20	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.91	0.78	0.89	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10692	1256	8	31	3	0	0	logfile
✘	6WVR	21924	2024-08-09	2020-05-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WVM	21923	2024-08-09	2020-05-06	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WVL	21922	2024-08-09	2020-05-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WMT	21852	2024-08-11	2020-04-21	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31942	3741	17	118	150	0	11	logfile
✘	6WKW	21811	2024-08-04	2020-04-17	3.6	3.75	—	3.6	0.017	1.19	0.0	0.06	15.79	0.00	2.066	12.81	0.52	12.6	87.3	0.2	-5.89	0.87	0.91	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10037	1319	8	0	4	0	0	logfile
✘	7BW4	30226	2024-08-03	2020-04-13	3.7	3.92	—	3.8	0.004	0.66	1.0	0.05	15.16	0.00	2.078	16.25	1.68	4.3	95.5	0.2	-2.50	0.77	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8605	1078	5	0	2	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2024-08-07	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.02	—	—	—	—	18362	3700	2	0	0	0	0	logfile
✘	7BoX	30135	2024-08-07	2020-03-20	3.8	3.29	—	3.8	0.012	1.46	5.0	0.07	12.93	0.01	2.236	9.53	0.05	8.1	91.5	0.5	-4.94	0.78	0.81	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18618	2334	12	0	0	0	0	logfile
✘	7BoK	30131	2024-08-10	2020-03-19	3.7	3.80	3.93	3.7	0.009	0.92	0.0	0.05	14.40	0.01	2.036	8.66	0.00	4.6	95.4	0.0	-3.42	0.78	0.82	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29112	3708	24	0	12	0	0	logfile
✘	6YBS	10772	2024-08-10	2020-03-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28732	2330	21	501	30	0	0	logfile
✘	6W6J	21557	2024-08-10	2020-03-17	3.2	3.50	—	3.4	0.007	0.89	0.0	0.05	15.85	0.01	1.459	11.27	0.82	12.4	87.5	0.2	-4.72	0.82	0.84	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29240	3725	13	0	38	0	0	logfile
✘	6M67	30115	2024-08-06	2020-03-13	3.6	3.14	—	4.0	0.006	1.14	0.0	0.06	14.95	0.01	2.247	6.79	0.00	10.3	89.7	0.0	-4.86	0.54	0.64	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14938	1855	7	0	0	0	0	logfile
✘	6M5R	30090	2024-08-04	2020-03-11	3.5	3.68	—	3.6	0.005	0.77	2.0	0.05	15.65	0.00	2.015	11.54	5.29	9.2	90.7	0.1	-3.65	0.61	0.80	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11055	1440	4	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 32 of 39
• next →