Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7JVC	22506	2024-08-10	2020-08-20	3.3	3.50	3.41	3.4	0.013	1.42	0.0	0.09	10.64	0.01	2.428	0.97	0.13	2.3	97.6	0.1	0.71	0.78	0.78	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29562	4272	27	0	66	0	0	logfile
✘	7CRo	30453	2024-08-08	2020-08-14	3.75	3.86	—	3.8	0.006	0.74	1.0	0.04	27.72	0.00	1.421	10.71	1.45	8.7	91.3	0.0	-5.38	0.78	0.83	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14797	999	12	336	4	0	0	logfile
✘	7JR9	22444	2024-08-04	2020-08-11	2.95	3.21	—	3.1	0.008	0.82	0.0	0.05	8.26	0.01	2.235	4.11	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.53	0.84	0.89	5.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10021	1300	7	0	14	0	0	logfile
✘	7CQ7	30438	2024-08-05	2020-08-08	3.55	3.95	—	4.0	0.008	1.07	0.0	0.06	10.35	0.01	1.915	5.84	0.07	9.3	90.7	0.0	-4.47	0.39	0.42	0.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13810	1766	8	0	9	0	0	logfile
✘	7CP9	30421	2024-08-03	2020-08-06	3.0	3.22	—	3.2	0.007	1.24	0.0	0.04	17.40	0.00	2.183	8.57	7.05	6.5	93.5	0.0	-2.50	0.57	0.74	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8530	1021	16	0	11	0	0	logfile
✘	7A02	11591	2024-08-07	2020-08-06	3.0	3.22	—	3.2	0.008	0.74	0.0	0.05	12.61	0.00	2.323	8.00	0.00	8.2	91.8	0.0	-1.94	0.60	0.85	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18699	2576	23	0	0	0	0	logfile
✘	6ZWo	11492	2024-08-09	2020-07-28	3.0	3.30	3.09	3.2	0.004	0.58	0.0	0.04	14.57	0.00	2.167	6.24	1.26	3.7	96.3	0.0	-2.70	0.70	0.84	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24994	3126	7	0	5	0	0	logfile
✘	7JK3	22360	2024-08-08	2020-07-27	3.4	4.04	3.41	3.5	0.005	0.87	0.0	0.05	17.81	0.01	1.709	3.67	0.18	3.1	96.9	0.0	-3.87	0.89	0.87	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21661	2528	13	66	8	0	0	logfile
✘	7JK4	22361	2024-08-08	2020-07-27	3.4	3.91	3.47	3.6	0.006	0.95	0.0	0.05	17.94	0.01	2.102	4.61	0.32	4.1	95.9	0.0	-2.88	0.87	0.88	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21717	2531	13	68	8	0	0	logfile
✘	7CKY	30394	2024-08-05	2020-07-20	3.2	3.28	—	3.3	0.003	0.48	0.0	0.04	14.49	0.00	2.154	17.29	1.51	4.3	95.7	0.0	-2.84	0.46	0.50	0.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8128	1038	6	0	2	0	0	logfile
✘	6ZS5	11388	2024-08-02	2020-07-15	3.5	4.02	3.66	3.8	0.008	1.09	1.0	0.07	21.40	0.01	2.202	4.52	0.00	4.7	95.3	0.0	-2.98	0.67	0.80	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2036	257	4	0	7	0	0	logfile
✘	6XS6	22301	2024-08-07	2020-07-15	3.7	2.21	—	2.2	0.004	0.83	0.0	0.05	14.26	0.01	2.240	4.49	0.00	6.1	93.9	0.0	-1.99	0.57	0.59	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18294	2357	3	0	0	0	0	logfile
✘	7CH0	30367	2024-08-06	2020-07-03	3.7	3.78	—	3.8	0.008	1.11	0.0	0.06	16.22	0.01	1.910	4.94	6.24	10.7	89.0	0.2	-6.21	0.64	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15856	2092	14	0	2	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2024-08-04	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.12	—	—	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.71	—	—	—	2.05	10791	1397	4	0	2	0	0	logfile
✘	6XM5	22256	2024-08-09	2020-06-29	3.1	3.30	3.13	3.2	0.008	0.86	0.0	0.06	14.53	0.01	2.275	3.77	0.51	6.8	93.2	0.0	-4.06	0.82	0.88	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25393	3149	22	0	58	0	0	logfile
✘	6XKJ	22219	2024-08-04	2020-06-26	3.54	3.39	—	3.4	0.009	0.83	0.0	0.05	14.92	0.00	2.246	12.86	0.00	2.4	97.6	0.0	0.54	0.62	0.85	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11056	1360	16	0	0	0	0	logfile
✘	6ZGG	11205	2024-08-09	2020-06-18	3.8	4.33	4.00	4.0	0.001	0.41	0.0	0.04	5.80	0.00	2.231	3.83	1.00	12.4	87.1	0.5	-2.52	0.84	0.74	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25096	3207	3	0	0	0	0	logfile
✘	7CCR	30340	2024-08-10	2020-06-17	4.9	6.57	—	4.8	0.007	0.96	0.0	0.06	24.75	0.01	1.593	7.02	0.11	4.4	95.6	0.0	-2.64	0.83	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29722	2202	22	588	0	0	0	logfile
✘	6ZDG	11173	2024-08-10	2020-06-14	4.7	4.97	—	4.8	0.004	0.50	0.0	0.04	9.08	0.00	1.891	7.24	2.41	3.9	96.1	0.0	0.05	0.71	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28548	1884	12	0	3	0	13995	logfile
✘	7CAE	30328	2024-08-05	2020-06-08	3.44	3.81	—	3.7	0.005	0.88	2.0	0.05	14.47	0.00	1.985	13.72	0.43	10.1	89.7	0.2	-5.42	0.73	0.83	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13365	1763	5	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 31 of 39
• next →