Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7KR5	23002	2024-08-04	2020-11-18	3.3	3.93	—	3.9	0.004	0.57	0.0	0.04	12.42	0.00	2.197	12.00	0.77	5.0	95.0	0.0	-0.04	0.59	0.75	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10534	1438	13	0	1	0	0	logfile
✘	7DH5	30678	2024-08-03	2020-11-12	3.16	3.27	3.08	3.3	0.008	0.80	0.0	0.05	14.10	0.00	2.005	10.57	0.00	5.6	94.4	0.0	-3.78	0.66	0.81	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7850	1027	6	0	1	0	0	logfile
✘	7KPX	22991	2024-08-07	2020-11-12	4.4	4.52	4.58	4.3	0.006	1.07	5.0	0.07	16.34	0.01	1.894	6.32	17.46	7.8	91.9	0.4	-1.80	0.79	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20762	2875	4	0	0	0	0	logfile
✘	7DDD	30651	2024-08-09	2020-10-28	3.0	3.36	—	3.3	0.003	0.71	0.0	0.05	8.16	0.01	2.248	5.97	0.00	3.6	96.4	0.1	-3.86	0.67	0.64	1.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25503	3264	3	0	0	0	0	logfile
✘	7KJX	22901	2024-08-03	2020-10-26	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8589	948	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJV	22899	2024-08-03	2020-10-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8361	941	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJW	22900	2024-08-03	2020-10-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8561	949	5	44	2	0	0	logfile
✘	7ARM	11887	2024-08-04	2020-10-25	3.6	3.73	—	3.7	0.003	0.70	0.0	0.05	13.16	0.01	2.328	2.77	0.17	4.8	95.2	0.0	-5.79	0.68	0.72	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10971	1438	7	0	2	0	0	logfile
✘	7KiF	22886	2024-08-10	2020-10-23	2.94	3.78	—	3.6	0.009	0.87	0.0	0.05	18.24	0.01	1.489	4.33	6.85	7.1	92.9	0.0	-2.80	0.82	0.84	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.33	—	—	—	1.88	30322	3592	13	118	4	0	0	logfile
✘	7KiM	22887	2024-08-10	2020-10-23	3.38	4.28	—	3.9	0.008	0.88	1.0	0.05	18.44	0.01	1.482	7.47	7.44	7.3	92.6	0.1	-2.59	0.88	0.85	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29573	3572	13	90	4	0	0	logfile
✘	7KE8	22834	2024-08-08	2020-10-10	3.26	3.87	—	3.7	0.014	1.73	1.0	0.10	12.88	0.01	2.519	0.11	1.20	6.3	93.6	0.1	-0.97	0.81	0.81	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23994	2957	21	0	63	0	0	logfile
✘	7KDE	22820	2024-08-09	2020-10-08	3.55	3.68	—	3.6	0.009	1.06	0.0	0.06	17.74	0.01	2.097	9.71	0.00	12.5	87.1	0.4	-3.58	0.73	0.86	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25487	3069	48	0	134	0	0	logfile
✘	7KC0	22803	2024-08-07	2020-10-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19553	2334	10	47	4	0	0	logfile
✘	7KBB	22788	2024-08-03	2020-10-01	4.02	2.37	4.07	2.0	0.006	1.16	0.0	0.06	14.88	0.01	2.073	14.81	1.58	5.4	94.1	0.5	-1.59	0.57	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6422	812	7	0	0	0	0	logfile
✘	7AKD	11812	2024-08-09	2020-09-30	4.0	3.98	—	4.0	0.004	0.72	0.0	0.05	15.68	0.00	2.126	2.92	0.21	2.7	97.3	0.0	-1.66	0.74	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27358	3404	29	0	79	0	0	logfile
✘	7AFK	11768	2024-08-07	2020-09-19	4.9	5.45	4.72	3.0	0.007	0.89	1.0	0.05	23.87	0.00	1.519	42.37	0.00	8.4	91.6	0.0	-2.88	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18521	1108	11	456	13	0	0	logfile
✘	7AFH	11765	2024-08-07	2020-09-19	3.59	4.69	6.65	2.8	0.009	0.89	2.0	0.05	22.89	0.01	1.752	32.75	0.00	7.5	92.5	0.0	-2.59	0.88	0.82	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18482	1103	11	456	12	0	0	logfile
✘	7D06	30525	2024-08-07	2020-09-09	3.1	3.23	—	3.2	0.012	1.54	0.0	0.06	19.88	0.02	2.021	10.56	4.91	10.4	88.6	1.0	-5.86	0.75	0.85	3.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18328	2374	15	0	12	0	0	logfile
✘	7D03	30524	2024-08-09	2020-09-09	3.2	3.36	—	3.2	0.011	1.03	1.0	0.07	17.93	0.01	1.919	22.75	12.53	10.6	87.3	2.1	-3.92	0.73	0.77	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27519	3412	28	0	69	0	0	logfile
✘	7ABR	11707	2024-08-09	2020-09-08	3.7	3.80	—	3.7	0.011	1.09	0.0	0.05	15.37	0.00	2.066	19.60	0.51	9.6	90.1	0.2	-3.56	0.86	0.83	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27209	3419	13	0	37	0	0	logfile

• ← previous
• Page 30 of 39
• next →