Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7BoF	12241	2024-08-11	2021-01-25	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32814	1238	13	1070	129	0	0	logfile
✘	7NAS	12246	2024-08-11	2021-01-25	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32390	1454	15	974	43	0	0	logfile
✘	7LH2	23334	2024-08-04	2021-01-21	3.43	4.01	—	3.9	0.003	0.56	0.0	0.04	13.02	0.00	2.030	7.06	0.18	2.7	97.3	0.0	0.96	0.66	0.82	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10528	1360	4	0	4	0	0	logfile
✘	7LGQ	23328	2024-08-10	2021-01-20	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27718	3508	16	0	16	0	402	logfile
✘	7LGJ	23325	2024-08-09	2021-01-20	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27277	3492	16	0	24	0	185	logfile
✘	7DWB	30880	2024-08-08	2021-01-17	3.15	3.84	—	3.7	0.003	0.62	0.0	0.04	14.17	0.00	2.194	6.72	0.00	11.0	88.7	0.2	-1.95	0.58	0.74	1.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23464	2947	7	0	0	0	0	logfile
✘	7LF6	23300	2024-08-03	2021-01-15	3.5	2.65	—	3.0	0.003	0.71	0.0	0.05	13.86	0.01	2.220	17.06	0.00	3.2	96.8	0.0	1.00	0.71	0.71	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6288	814	2	0	0	0	0	logfile
✘	7BH9	12187	2024-08-02	2021-01-11	2.9	3.58	2.91	3.4	0.007	0.77	0.0	0.05	13.18	0.00	2.021	5.17	0.33	4.9	95.1	0.0	-3.10	0.85	0.88	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5876	730	3	0	4	0	0	logfile
✘	7LB8	23251	2024-08-04	2021-01-07	3.4	3.48	—	3.5	0.002	0.62	1.0	0.04	14.95	0.00	2.093	9.76	2.66	4.7	95.0	0.3	-1.98	0.58	0.72	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10439	1405	4	0	0	0	0	logfile
✘	7DTV	30855	2024-08-04	2021-01-06	3.5	3.53	—	3.5	0.008	0.94	0.0	0.07	14.96	0.01	2.189	5.29	0.00	9.8	90.1	0.1	-4.67	0.75	0.83	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11276	1560	10	0	22	0	0	logfile
✘	7L8Y	23240	2024-08-06	2021-01-01	4.2	4.30	4.00	4.2	0.021	1.67	1.0	0.14	11.27	0.02	2.188	2.09	0.00	2.4	97.6	0.0	1.02	0.71	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15903	1739	27	0	292	0	0	logfile
✘	7L70	23209	2024-08-08	2020-12-24	2.8	3.44	—	3.3	0.003	0.58	0.0	0.07	14.39	0.00	1.824	4.90	2.66	3.7	96.2	0.1	-2.14	0.79	0.80	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24187	3136	10	0	0	0	0	logfile
✘	7L1U	23118	2024-08-03	2020-12-15	3.2	3.71	—	3.7	0.011	1.00	0.0	0.06	13.51	0.01	2.202	3.03	0.78	3.6	96.4	0.0	-3.21	0.67	0.85	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8723	1148	7	0	1	0	0	logfile
✘	7DNY	30790	2024-08-04	2020-12-11	3.4	4.13	—	4.0	0.009	1.25	1.0	0.07	15.29	0.01	2.203	9.38	1.04	5.4	94.6	0.0	-1.83	0.56	0.74	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9221	1146	4	0	6	0	0	logfile
✘	7KZZ	23093	2024-08-07	2020-12-10	3.42	3.96	3.42	3.9	0.015	2.40	30.0	0.13	16.85	0.03	1.701	2.40	3.85	12.1	84.7	3.2	-4.38	0.72	0.77	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20864	1364	8	0	8	0	10404	logfile
✘	7KY9	23072	2024-08-04	2020-12-07	4.05	4.67	—	4.5	0.004	1.14	0.0	0.05	14.17	0.00	2.206	15.79	0.00	8.3	91.7	0.0	-1.25	0.67	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10354	1275	7	0	14	0	0	logfile
✘	7KVC	23046	2024-08-08	2020-11-27	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.46	—	—	—	4.8	0.004	0.74	0.0	0.04	14.31	0.00	2.464	14.67	0.00	6.0	94.0	0.0	-0.28	—	0.81	0.79	—	21920	2660	10	0	0	0	0	logfile
✘	7KU5	23034	2024-08-02	2020-11-24	3.76	3.63	—	3.9	0.006	1.29	0.0	0.07	14.85	0.01	2.420	3.63	0.00	12.8	87.2	0.0	-5.41	0.23	0.65	-0.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	750	88	2	0	4	0	0	logfile
✘	7KS9	23016	2024-08-09	2020-11-21	4.75	5.64	4.96	4.9	0.005	0.80	0.0	0.05	11.62	0.01	2.222	3.57	0.07	1.9	98.1	0.0	-0.64	0.82	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25380	3189	20	0	59	0	0	logfile
✘	7KRR	23011	2024-08-09	2020-11-20	3.5	3.55	—	3.4	0.016	1.97	18.0	0.15	14.46	0.01	1.621	7.32	2.53	7.1	92.1	0.8	-2.17	0.81	0.80	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27192	3310	35	0	95	0	0	logfile

• ← previous
• Page 29 of 39
• next →