Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6U6i	20666	2024-08-11	2019-08-29	3.12	3.43	—	3.4	0.006	0.49	0.0	0.07	13.20	0.00	2.029	6.12	0.00	7.6	92.4	0.0	-3.59	0.80	0.80	4.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21701	1496	9	0	11	0	10337	logfile
✘	6SKo	10230	2024-08-11	2019-08-16	3.4	3.87	—	3.6	0.014	2.11	21.0	0.11	16.94	0.02	1.887	1.04	0.24	6.0	94.0	0.0	-3.05	0.73	0.69	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31553	1955	12	16	10	0	15838	logfile
✘	6KPF	0744	2024-08-03	2019-08-15	2.9	3.03	—	3.0	0.007	0.91	0.0	0.05	14.93	0.01	2.215	5.40	0.00	4.4	95.4	0.2	-4.46	0.67	0.82	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8775	1135	6	0	1	0	0	logfile
✘	6SHJ	10199	2024-08-09	2019-08-07	3.2	3.72	—	3.7	0.010	1.04	6.0	0.07	14.70	0.01	2.114	4.81	3.58	7.0	92.9	0.1	-4.39	0.49	0.56	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25934	1664	8	0	4	0	12832	logfile
✘	6PZA	20530	2024-08-04	2019-07-31	3.74	3.92	—	3.9	0.008	1.06	0.0	0.06	11.13	0.01	2.252	3.22	0.00	8.0	92.0	0.0	-4.29	0.51	0.50	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9659	1441	3	0	2	0	0	logfile
✘	6KLB	0705	2024-08-08	2019-07-30	4.1	4.14	—	4.0	0.004	0.90	1.0	0.05	12.49	0.01	2.015	8.05	0.31	9.0	90.8	0.2	-5.01	0.66	0.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21384	2467	11	50	4	11	0	logfile
✘	6PW6	20500	2024-08-06	2019-07-22	4.5	4.56	4.36	4.5	0.022	1.83	0.0	0.11	13.61	0.01	2.200	1.61	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✘	6PVM	20493	2024-08-07	2019-07-21	4.5	4.24	—	4.3	0.006	1.18	0.0	0.06	12.60	0.01	2.154	6.75	0.87	15.6	84.1	0.3	-6.13	0.49	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21006	2576	6	0	2	0	0	logfile
✘	6KiV	9999	2024-08-09	2019-07-20	4.0	4.16	—	4.0	0.007	0.90	0.0	0.05	22.70	0.01	2.263	5.24	0.00	9.6	90.4	0.0	-3.80	0.75	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20719	1865	17	290	1	0	0	logfile
✘	6PUT	20481	2024-08-04	2019-07-18	2.9	3.22	2.96	3.2	0.007	0.82	0.0	0.05	19.07	0.01	0.000	5.13	0.20	2.5	97.5	0.0	-3.43	0.73	0.90	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10976	1170	28	68	8	308	0	logfile
✘	6KHJ	9990	2024-08-11	2019-07-15	3.0	3.14	—	3.1	0.009	1.30	0.0	0.06	17.68	0.01	2.258	6.87	0.41	7.8	92.1	0.0	-4.07	0.73	0.86	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31027	3877	26	0	20	0	0	logfile
✘	6PQP	20450	2024-08-08	2019-07-09	3.06	3.46	3.03	3.4	0.012	1.29	0.0	0.23	21.82	0.01	2.132	8.72	0.19	4.3	95.7	0.0	-3.28	0.74	0.82	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20492	2460	12	0	36	0	0	logfile
✘	6PP5	20419	2024-08-11	2019-07-05	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32118	2063	13	0	18	0	16112	logfile
✘	6S3K	10092	2024-08-03	2019-06-25	3.7	4.09	3.85	4.1	0.008	1.12	0.0	0.06	15.38	0.01	2.276	5.87	0.62	10.7	89.3	0.0	-4.54	0.57	0.75	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8902	1146	4	0	6	0	0	logfile
✘	6S1M	10080	2024-08-07	2019-06-19	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	6S1N	10081	2024-08-07	2019-06-19	4.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	6PBX	20294	2024-08-08	2019-06-14	4.0	4.12	—	4.0	0.006	0.83	0.0	0.05	14.04	0.01	2.264	6.03	0.00	3.8	96.2	0.0	-3.07	0.68	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23028	3152	8	0	0	0	0	logfile
✘	6PB1	20285	2024-08-03	2019-06-12	2.8	3.39	—	3.4	0.003	0.79	0.0	0.06	9.37	0.01	2.288	4.32	0.00	1.9	98.1	0.0	-2.93	0.56	0.75	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8785	1069	7	0	9	0	0	logfile
✘	6P7W	20271	2024-08-09	2019-06-06	4.1	4.34	4.07	4.1	0.007	0.94	0.0	0.05	15.40	0.01	1.961	6.90	0.07	11.1	88.6	0.3	-3.77	0.84	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25800	1542	5	0	0	0	12936	logfile
✘	6P19	20234	2024-08-09	2019-05-19	3.8	3.94	3.94	3.8	0.008	0.92	0.0	0.06	16.83	0.01	2.061	7.97	0.46	6.1	93.9	0.0	-3.93	0.84	0.82	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27416	3323	10	66	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 35 of 39
• next →