Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6RQJ	4983	2024-08-06	2019-05-15	3.5	4.14	3.49	3.7	0.006	0.74	0.0	0.11	14.35	0.00	2.041	11.05	0.06	6.9	92.9	0.2	-4.28	0.84	0.75	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14971	1899	6	0	2	0	0	logfile
✘	6K0A	30036	2024-08-08	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.003	0.70	0.0	0.04	22.49	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile
✘	6RKV	4912	2024-08-06	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	13.18	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile
✘	6RJU	4906	2024-08-02	2019-04-29	3.2	4.49	2.14	10.0	0.007	0.93	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	6oPC	20149	2024-08-10	2019-04-24	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	6oo4	20145	2024-08-07	2019-04-22	3.3	3.45	3.23	3.5	0.013	1.10	0.0	0.06	10.41	0.01	1.858	2.96	0.00	3.4	96.6	0.0	-2.86	0.47	0.64	4.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18452	2440	8	0	4	0	0	logfile
✘	6RH3	4882	2024-08-09	2019-04-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26300	3207	9	58	4	0	0	logfile
✘	6oMB	20124	2024-08-08	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	6oMF	20090	2024-08-10	2019-04-18	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.28	—	—	1.43	3.7	0.005	0.67	0.0	0.04	19.29	0.00	2.024	9.05	5.01	6.5	93.4	0.0	-1.38	—	0.72	0.76	1.06	30251	3616	10	92	3	0	0	logfile
✘	6RD8	4809	2024-08-06	2019-04-12	3.08	3.22	3.08	3.2	0.008	0.90	0.0	0.05	14.78	0.01	1.790	6.40	0.45	2.3	97.5	0.1	-2.59	0.58	0.86	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17312	2309	26	0	1	18	0	logfile
✘	6oHW	20070	2024-08-10	2019-04-07	2.9	3.07	—	3.0	0.026	1.80	9.0	0.12	15.32	0.01	2.085	0.64	0.39	1.9	98.1	0.0	0.44	0.80	0.85	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28917	3525	39	0	96	186	0	logfile
✘	6R9B	4769	2024-08-09	2019-04-03	3.8	3.76	—	3.6	0.003	0.88	1.0	0.06	9.76	0.01	2.296	4.54	0.70	8.0	91.8	0.2	-4.57	0.63	0.51	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25880	3401	7	0	0	0	0	logfile
✘	6R93	4767	2024-08-08	2019-04-02	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23009	775	10	290	0	0	10171	logfile
✘	6R94	4768	2024-08-08	2019-04-02	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22443	803	10	290	0	0	10071	logfile
✘	6R7G	4740	2024-08-08	2019-03-28	2.2	2.28	—	2.3	0.006	0.85	0.0	0.05	14.94	0.01	1.880	1.89	3.05	4.3	95.7	0.0	-2.46	0.58	0.88	6.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22012	2717	27	69	0	92	0	logfile
✘	6oER	20035	2024-08-07	2019-03-27	3.29	3.60	—	3.4	0.007	0.78	0.0	0.05	20.06	0.01	1.709	13.72	0.30	9.5	90.3	0.2	-4.65	0.85	0.84	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19482	1952	11	206	6	0	0	logfile
✘	6oDJ	20021	2024-08-09	2019-03-26	3.5	3.75	—	3.7	0.009	1.50	0.0	0.07	11.32	0.01	2.438	2.03	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.81	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25415	0	17	0	5083	0	0	logfile
✘	6o9Z	0664	2024-08-09	2019-03-15	3.03	3.58	—	3.6	0.008	0.93	0.0	0.05	12.41	0.01	2.192	12.43	0.48	4.2	95.8	0.0	-3.03	0.65	0.81	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25788	3605	12	0	0	0	0	logfile
✘	6oA9	0665	2024-08-10	2019-03-15	3.9	4.07	4.02	4.0	0.004	0.99	1.0	0.05	15.45	0.01	1.585	10.21	0.45	6.5	93.2	0.2	-5.28	0.75	0.67	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29006	3718	17	0	12	0	0	logfile
✘	6o6C	0633	2024-08-11	2019-03-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30166	3660	19	52	9	0	0	logfile

• ← previous
• Page 36 of 39
• next →