Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6QVU	4657	2024-08-04	2019-03-05	4.2	6.05	4.20	6.9	0.006	1.31	0.0	0.06	12.34	0.01	2.191	10.73	1.99	9.3	90.7	0.0	-4.21	0.65	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9272	1198	2	0	0	0	0	logfile
✘	6QVD	4649	2024-08-04	2019-03-01	4.34	5.50	4.28	6.0	0.010	1.81	8.0	0.10	12.96	0.01	2.193	12.88	3.61	9.6	90.1	0.3	-4.01	0.68	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9212	1192	2	0	0	0	0	logfile
✘	6QS4	4621	2024-08-10	2019-02-20	4.2	7.28	4.28	6.5	0.009	1.07	0.0	0.06	11.03	0.01	2.235	8.01	0.10	8.4	91.6	0.0	-3.77	0.83	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28839	3622	13	0	11	0	0	logfile
✘	6NZK	0557	2024-08-10	2019-02-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29268	3525	39	0	105	396	0	logfile
✘	6NUR	0520	2024-08-03	2019-02-01	3.1	3.25	3.17	3.3	0.016	1.55	0.0	0.09	10.59	0.01	2.270	2.28	0.52	1.4	98.6	0.0	-0.12	0.64	0.81	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1087	5	0	2	0	0	logfile
✘	6NUD	0516	2024-08-07	2019-01-31	3.5	3.80	—	3.7	0.002	0.43	0.0	0.03	13.14	0.00	2.290	4.84	0.29	15.0	83.5	1.5	-5.22	0.53	0.46	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20831	2420	13	68	1	0	0	logfile
✘	6NEF	9357	2024-08-10	2018-12-17	3.4	3.55	—	3.5	0.021	1.83	0.0	0.07	16.56	0.01	1.696	41.21	0.04	24.1	72.2	3.7	-6.35	0.42	0.36	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29457	3663	18	0	63	0	0	logfile
✘	6NDY	0443	2024-08-05	2018-12-14	3.6	3.70	—	3.6	0.005	0.89	0.0	0.05	14.71	0.01	2.037	4.67	0.00	5.9	94.1	0.0	-3.78	0.66	0.54	0.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12531	1596	12	0	20	0	0	logfile
✘	6N9U	0379	2024-08-03	2018-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8822	1063	7	18	4	0	0	logfile
✘	6N9W	0381	2024-08-07	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19576	2410	15	30	12	0	0	logfile
✘	6N9X	0382	2024-08-07	2018-12-04	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19658	2419	14	31	12	0	0	logfile
✘	6N9V	0380	2024-08-08	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21526	2651	15	33	14	0	0	logfile
✘	6N7W	0365	2024-08-03	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	0	logfile
✘	6iRS	9721	2024-08-03	2018-11-14	3.3	3.44	—	3.4	0.011	1.36	0.0	0.07	14.19	0.01	2.150	13.11	3.66	8.8	90.3	0.9	-5.69	0.62	0.77	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7337	926	7	0	10	0	0	logfile
✘	6MN7	9166	2024-08-08	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	17.86	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	6MLM	9139	2024-08-06	2018-09-27	3.5	3.57	3.71	3.5	0.013	1.31	0.0	0.06	11.42	0.01	2.276	2.53	0.33	3.0	96.7	0.3	0.37	0.72	0.74	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16701	2121	18	0	9	0	0	logfile
✘	6iFZ	9659	2024-08-07	2018-09-21	3.58	3.57	—	3.5	0.008	1.15	2.0	0.07	17.37	0.01	1.258	12.63	0.96	10.7	88.8	0.5	-5.16	0.72	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19185	2254	11	62	1	0	0	logfile
✘	6MEC	9106	2024-08-07	2018-09-06	3.6	3.69	—	3.6	0.010	1.21	0.0	0.06	25.56	0.01	1.659	15.45	0.00	13.7	86.3	0.0	-4.93	0.86	0.80	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21276	414	5	832	52	0	0	logfile
✘	6M7J	9047	2024-08-09	2018-08-20	4.4	5.36	—	4.4	0.008	1.07	2.0	0.05	13.78	0.01	1.543	73.63	0.22	12.3	87.5	0.2	-4.19	0.92	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27183	3349	10	57	4	0	0	logfile
✘	6AGB	9616	2024-08-09	2018-08-10	3.48	3.60	—	3.5	0.003	0.84	0.0	0.04	18.49	0.01	1.877	5.10	0.18	5.9	94.1	0.1	-3.53	0.69	0.68	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27190	2404	12	369	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 37 of 39
• next →